悖論之泉的漣漪尚未消散，宇宙的時間線突然泛起詭異的波紋。萊婭的靈羽族聖地中，所有記錄歷史的星紋石碑同時滲出銀色液體，碑文上的文字開始逆向流動，曾經被歌頌的英雄事跡逐漸被抹除，取而代之的是陌生的黑暗傳說。阿雷克斯的量子監測網絡捕捉到異常的時間震蕩，在距離銀河系三億光年的“時墟星域”，空間正在以螺旋狀的軌跡回溯，恆星從紅巨星逆轉為原始星雲，文明遺跡化作塵埃後又重組為未知形態。
甦塵與洛瑤的身體出現了時間錯位的癥狀。甦塵的皮膚上交替浮現幼年與老年的紋路，混沌之力時而失控地撕裂時空，時而又將破碎的空間強行拼接；洛瑤的星光則分裂成無數個不同時間點的投影，她能同時看到過去的自己在修煉，現在的自己在戰斗，未來的自己卻化作一尊凝固的光雕。兩人在冥想時，意識被卷入一條逆流的時間長河，河水中漂浮著無數被篡改的歷史殘片︰十二工匠成為了毀滅宇宙的暴君，創生之樹化作汲取生命的巨藤，而他們自己，則淪為黑暗勢力的幫凶。
銀河守望者聯盟的偵查艦隊在時墟星域全軍覆沒。幸存者傳回的最後畫面中，艦員們的身體正在經歷不同步的時間侵蝕——有人的骨骼從皮膚下迅速生長又快速腐朽，有人的意識被困在無數個平行時間的記憶夾層中，痛苦地嘶吼著“這不是真相”。薇爾莉特帶領的精銳小隊裝備了新型“時錨穩定器”深入調查，卻發現穩定器在接觸時間波紋的瞬間，反而加速了自身的時間坍縮，隊員們的裝備從高科技產物退化為原始石器，最終只剩下飄散在時空中的塵埃。
萊婭通過靈羽族失傳的“溯命佔卜”秘術，窺見了震撼的真相。在宇宙誕生之初，十二工匠為了防止文明過度干涉時間法則，在各個時空節點埋下了“時墟裂隙”。這些裂隙如同時間的免疫系統，當某個時間段的文明發展威脅到宇宙的時間平衡時，裂隙便會啟動，將該區域的時間強行回溯或加速。然而，隨著宇宙經歷多次危機，時墟裂隙的核心“時墟之眼”產生了自我意識，它偏執地認為所有文明都是時間秩序的破壞者，決定將整個宇宙的時間歸零，重啟一切。
阿雷克斯帶領科研團隊解析出驚人數據︰時墟之眼的運作模式與全宇宙文明的集體潛意識緊密相連。每當文明對時間的探索加深，或是試圖改變歷史的欲望增強，時墟之眼的警戒等級就會提升。機械聯邦啟動“時間防火牆”計劃，用整個星系的能量構建抵御時間逆流的屏障；靈羽族發動“萬靈守時”儀式，以全族的生命能量編織時間穩定網。但這些努力在時墟之眼的力量面前收效甚微，越來越多的星域被卷入時間漩渦。
甦塵與洛瑤在時間長河中艱難前行，他們每穿過一個時間碎片，都要面對一次對信念的考驗。在某個碎片里，他們目睹了自己親手摧毀輪回之樹的場景；在另一個碎片中，宇宙早已在時間亂流中湮滅，只剩下他們兩個孤獨的幸存者。但在最黑暗的時刻，兩人的意識深處響起了全宇宙文明的呼喚，那些微弱的希望之光，成為了他們手中最鋒利的劍。
全宇宙文明在現實中發起總攻，試圖摧毀時墟之眼。機械聯邦的超級戰艦組成矩陣，發射出能斬斷時間線的“量子刃”；靈羽族的祭司們用生命為代價，召喚出遠古守時靈；普通星球的居民們將對未來的憧憬凝聚成希望之箭。甦塵與洛瑤則在時間長河中找到了時墟之眼的核心，那里是一個由無數鐘表齒輪組成的巨型裝置，每個齒輪都刻滿了被抹去的歷史真相。
當混沌之力與星光之力同時擊中時墟之眼，整個時間長河開始劇烈震顫。甦塵與洛瑤引導全宇宙的希望之力，將被篡改的時間線重新編織。時墟之眼在崩潰前發出不甘的怒吼︰“你們終將為破壞時間秩序付出代價！”但隨著最後一個齒輪停止轉動，被囚禁的歷史真相重見天日，時間線逐漸回歸正軌。
戰後，時墟星域被改造成“時間紀念館”，記錄著宇宙歷史上每一次時間危機。甦塵與洛瑤的力量化作守護時間的永恆之光，每當時間法則出現波動，他們的光芒就會照亮混亂的時空。而在宇宙的某個角落，新的危機正在時間的褶皺中悄然孕育，等待著文明們去迎接下一次挑戰。
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