靈能潮汐退去後的宇宙看似重歸平靜，創生之樹的枝葉間卻凝結出暗紅色的“熵寂之露”。這些露珠墜落至各大星域，所接觸的靈能矩陣瞬間崩解，化作黑色塵埃。萊婭的佔卜水晶映出不祥畫面︰靈幻星的靈能核心再次躁動，而這次浮現的不再是十二工匠的殘影，而是一個由純粹熵能構成的巨型沙漏，沙子正以肉眼可見的速度流向底部。
阿雷克斯的量子監測網絡捕捉到異常波動，整個宇宙的靈能與熵能平衡正在被打破。機械聯邦的深空望遠鏡顯示，在靈幻星的地心深處，竟然隱藏著一座由熵能結晶構成的“逆創生祭壇”，祭壇中央懸浮著十二工匠的骸骨，每具骸骨都握著一塊刻滿毀滅符文的黑色石板。“這是十二工匠的‘終末預案’，”阿雷克斯的聲音帶著震顫，“當靈能失控時，他們打算用熵能徹底重置宇宙。”
甦塵與洛瑤的力量再次產生異變。甦塵的混沌之力與熵能產生共鳴，手掌觸踫到的物體瞬間老化成灰燼；洛瑤的星光之力則被熵能污染，光芒中摻雜著詭異的暗紫色，治愈傷口時竟會同時滋生腐敗的黑蘚。兩人的意識被強行拽入靈幻星的地心，在這里，他們听到了十二工匠臨終前的對話︰“靈能與熵能本是孿生雙子，若無法掌控，不如同歸于盡。”
銀河守望者聯盟的特遣隊在靈幻星地表建立防線，卻遭遇“熵寂生物”的襲擊。這些生物由熵能凝聚而成，形態如同流動的陰影，觸踫到物質便會引發快速熵化——士兵的盔甲銹蝕成粉末，戰艦的能源核心冷卻成固態。薇爾莉特帶領隊員們用靈羽族的淨化靈能構築屏障，卻發現屏障在熵能侵蝕下逐漸變成吞噬生命的黑洞。
萊婭通過靈羽族的“魂靈共鳴”儀式，連接到了十二工匠殘留的意識。她看到，在宇宙誕生初期，靈能與熵能的平衡本就脆弱，十二工匠為了防止靈能潮汐毀滅一切，才埋下了熵寂祭壇。但他們臨終前的猶豫，讓祭壇的啟動程序始終缺少最後一道密鑰——那便是“創世者的鮮血”。如今，創生之樹的熵寂之露，正是激活祭壇的催化劑。
阿雷克斯帶領科研團隊啟動“靈熵中和計劃”，試圖用機械聯邦研發的“平衡核心”重新校準兩種能量。然而，當核心接觸熵能時，卻觸發了祭壇的防御機制，整座星球的地殼開始劇烈震動，無數道熵能柱破土而出，將天空染成漆黑。靈羽族祭司們燃燒生命本源發動“萬靈歸靈”儀式，卻只能延緩熵能擴散，無法阻止祭壇的啟動。
甦塵與洛瑤在地心深處找到了熵寂祭壇的核心——那是十二塊熵能石板組成的環形裝置，每塊石板都對應著一種文明的毀滅方式。當兩人試圖摧毀裝置時，石板突然發出刺耳的尖嘯，釋放出能吞噬靈魂的熵能風暴。千鈞一發之際，甦塵想起創生之樹賦予的力量，他與洛瑤將混沌之力、星光之力與創生之力融合，形成一道能逆轉熵流的“時光之錨”。
時光之錨擊中祭壇的瞬間，熵能風暴開始逆向旋轉，十二工匠的骸骨逐漸化作塵埃，祭壇底部露出一條通往宇宙之初的時光隧道。在隧道盡頭，甦塵與洛瑤看到了靈能與熵能的本源——它們本是同一種能量的兩面，如同光與影般不可分割。當他們將平衡之力注入本源，整個宇宙的靈熵平衡終于恢復，創生之樹的熵寂之露化作滋養萬物的靈能雨。
戰後，靈幻星的地心被改造成“平衡聖殿”，十二塊熵能石板被重新雕刻成文明的警示錄。甦塵與洛瑤的力量化作守護聖殿的雙生星，永遠照亮靈能與熵能的交界。而在宇宙的某個角落，新的危機正在熵能與靈能的交匯處孕育，等待著文明們去揭開下一段未知的篇章……
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