鏡像宇宙與主宇宙的和解並未帶來長久安寧。輪回之樹的根系突然停止生長，樹皮上浮現出逆向旋轉的年輪紋路，每一圈年輪都對應著宇宙歷史上的重大危機時刻。萊婭的佔卜水晶泛起詭異的青芒，映出破碎的時間沙漏——細沙不再單向流動，而是在過去、現在與未來之間瘋狂穿梭，形成一個永不停歇的死亡循環。
阿雷克斯的量子監測網絡捕捉到異常的時間漣漪。在宇宙邊緣的“溯時之淵”，時空結構出現嚴重扭曲，形成巨大的漩渦狀裂隙。靠近裂隙的星體正在經歷時間逆流︰超新星爆發的光芒逆向收縮回恆星內部，文明的遺跡從廢墟中逐漸復原，直至徹底消失在歷史長河。更可怕的是，裂隙中不斷傳出古老而低沉的咆哮，仿佛有某種存在正在掙脫時間的枷鎖。
甦塵與洛瑤的力量開始與時間法則產生共鳴。甦塵的混沌之力偶爾會撕開空間裂縫，露出某個過去或未來的片段；洛瑤的星光則能短暫凍結周圍的時間流動，但每次使用都會加速自身的“時間熵化”——她的發絲開始出現銀白色紋路，皮膚上浮現出細密的時光裂痕。兩人在冥想時，意識被卷入一條倒流的時間長河，目睹了十二工匠創造宇宙的原始場景︰那時的輪回之樹並非生命的象征，而是一座禁錮時間洪流的牢籠。
銀河守望者聯盟派出的先遣隊在溯時之淵全軍覆沒。幸存者的臨終影像顯示，隊員們的身體正在經歷不同步的時間侵蝕——有人瞬間衰老成枯骨，有人則逆生長為嬰兒，最終都化作飄散在時空中的量子塵埃。薇爾莉特帶領精銳小隊深入調查，他們裝備了由機械聯邦研發的“時錨裝置”，試圖在混亂的時間流中固定自身存在，卻發現裝置反而引發了更劇烈的時空震蕩。
萊婭通過靈羽族的“宿命回溯”儀式，接觸到了宇宙誕生前的記憶殘片。她看到，在十二工匠之前，存在著一個名為“時之先民”的古老種族。他們掌握著操控時間的終極力量，卻因過度濫用導致時間線崩潰。為了修補災難，先民們將自身意識注入輪回之樹，以永恆的囚禁換取宇宙的存續。而如今，時之先民的殘念正在溯時之淵中甦醒，企圖重啟被封印的“時間熔爐”，將一切歸零後重新鍛造。
阿雷克斯帶領科研團隊解析出驚人數據︰溯時之淵的異常波動與甦塵、洛瑤的能量頻率存在量子糾纏。他們推測，兩人作為打破多重平衡的“變數”，無意中觸發了時之先民的警戒機制。為了阻止時間熔爐的啟動，機械聯邦啟動“時空防火牆”計劃，用整個星系的能量構建抵御時間逆流的屏障；靈羽族則發動“萬靈守時”儀式，以全族的生命能量編織時間穩定網。
甦塵與洛瑤在時間長河中找到了時之先民的意識核心。那是一團由無數時間線交織而成的光繭，內部傳來先民們混亂的低語︰“平衡是謊言...只有無盡的輪回...才能抵達完美。”兩人試圖用混沌之力與星光之力穩定光繭，卻遭到先民殘念的激烈反抗。戰斗中，他們看到了先民們的悲劇︰正是對“完美時間”的偏執追求，導致他們親手毀滅了自己的文明。
在全宇宙文明的信念支持下，甦塵與洛瑤將自身意識融入時間長河，引導混亂的時間流回歸正軌。輪回之樹的根系化作巨網，捕獲了逃逸的時間碎片；樹冠綻放出金色的“時之花”，每一片花瓣都代表著一個被修復的時間節點。時之先民的光繭逐漸消散，臨終前，他們將“時間之匙”交給兩人︰“真正的掌控...不是改寫過去...而是守護未來的可能性。”
戰後，溯時之淵被改造成“時間紀念館”，記錄著宇宙歷史上每一次時間危機。甦塵與洛瑤的身體在時間修復中恢復如初，但他們的眼眸中多了看透歲月滄桑的深邃。輪回之樹褪去了禁錮的枷鎖，成為連接過去與未來的橋梁。而在宇宙的某個角落，時間熔爐的余燼仍在閃爍，預示著當文明再次觸踫時間禁忌時，新的挑戰終將降臨。
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