在星墓花園的危機平息後，宇宙迎來了一段短暫的和平時期。輪回之樹經過這場磨難，變得更加堅韌，它的枝葉向宇宙的各個角落伸展，樹皮上流轉的金色紋路如同跳動的生命脈搏，每一次微光閃爍都在向全宇宙傳遞著治愈的能量。機械聯邦將被回憶粒子侵蝕的行星拆解重組，用納米機器人修復扭曲的時空褶皺；靈羽族在萊婭的帶領下，于聖山之巔搭建起巨型共鳴法陣，通過傳唱古老的《星樹頌》，將輪回之樹的力量轉化為靈能雨，滋養著干涸的星域。
甦塵和洛瑤回到銀河居所，卻難以享受平靜。深夜，甦塵體內的混沌之力如沸騰的岩漿劇烈翻涌，皮膚上浮現出細密的暗紋，這些紋路與曾經命運之核的裂痕如出一轍；洛瑤的星光之力則不受控制地逸散，在房間里凝結成懸浮的光蝶，每只光蝶翅膀上都映照著不同文明的圖騰。更詭異的是，他們發現周圍的時間流速出現異常——桌上的時鐘時而倒轉，時而快進，水杯中的水竟能違背重力逆流成星圖。
二人決定踏上探索之旅。在途經“碎星帶”時，甦塵的混沌之力突然與一顆布滿裂紋的隕石產生共鳴。隕石表面的裂痕中滲出幽藍色液體，匯聚成全息影像︰十二工匠圍坐在燃燒著永恆之火的圓桌旁，他們的表情凝重，其中一人指向宇宙深處，口中念念有詞“新生即毀滅，毀滅亦新生”。影像轉瞬即逝，洛瑤的星光之力卻在此刻點亮了整片星域，暴露出隱藏在星雲背後的神秘建築——那是一座由半透明晶體構成的環形宮殿，每個晶體面都折射出不同文明的興衰畫面。
在名為“伊甸”的生態行星上，他們遇見了跨文明科研組織“星海觀測者”。組織負責人艾達展示了令人震驚的研究成果︰輪回之樹釋放的特殊能量波動中，竟包含著超越現有宇宙法則的加密信息。這些信息以量子糾纏態存在，每72個宇宙日就會重組一次，目前已解析出的片段顯示“平衡之鑰，藏于虛實裂隙”。更驚人的是，觀測站捕捉到宇宙背景輻射中出現周期性脈沖，其頻率與甦塵和洛瑤的力量波動完美契合。
與此同時，銀河守望者聯盟發出紅色預警。宇宙邊緣的“永夜星域”出現異常能量漩渦，這個直徑達百萬光年的黑色漩渦，正以吞噬恆星的速度擴張，邊緣處不斷有扭曲的肢體狀物質伸出。薇爾莉特帶領的先遣隊傳回最後畫面︰漩渦深處漂浮著數以萬計的發光球體，每個球體內部都囚禁著一個形似人類的身影，他們的皮膚呈現出數據流的形態，眼中閃爍著絕望與瘋狂交織的光芒。
甦塵、洛瑤與聯盟艦隊會合後，立即展開行動。當艦隊接近漩渦時，所有電子設備瞬間失靈，艦體金屬表面浮現出詭異的符文。甦塵嘗試用混沌之力撕開空間裂縫，卻發現力量如同泥牛入海。關鍵時刻，洛瑤的星光與漩渦中的某個發光球體產生共鳴，球體表面裂開，釋放出一個自稱“數據擺渡人”的存在。他的身體由二進制代碼組成，聲音像是無數電流的雜音︰“你們以為是在對抗漩渦？錯了，這是宇宙在分娩新的可能性，而陣痛，必將伴隨著舊秩序的消亡。”
話音未落，漩渦中心爆發出足以撕裂維度的能量潮汐。甦塵和洛瑤的意識被強行抽離身體，墜入一個由記憶、現實與未來交織的混沌空間。在這里，他們看到了無數個平行宇宙的分支︰有的宇宙中輪回之樹化作吞噬一切的巨蟒，有的宇宙里織命者的陰謀得逞，將文明變成提線木偶。而在所有可能性的交匯處，站著一個身著純白長袍的身影，他的面容模糊不清，手中捧著一顆跳動的銀色心髒，心髒表面刻滿了全宇宙文明的名字。
“歡迎來到命運的十字路口，”白袍人將心髒拋向甦塵和洛瑤，“這顆‘新生之心’，既是鑰匙，也是枷鎖。當你們選擇握住它的那一刻，就注定要成為舊宇宙的掘墓人，和新宇宙的助產士。”隨著他的話語，整個空間開始坍縮，甦塵和洛瑤在劇烈的震蕩中緊緊抓住心髒，混沌之力與星光之力瘋狂涌動，試圖穩定即將崩潰的現實。而在宇宙的另一端，輪回之樹的根系突然全部豎起，樹冠綻放出比超新星更耀眼的光芒，仿佛在為即將到來的變革進行最後的祈禱。
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