一天後
nerv總部地表
飛行器緩緩降落，機門打開，在等待的碇源堂和冬月耕造兩人踏上放下來的階梯。
他們這次行動是要前往俄羅斯伯大尼nerv分部基地。
其實碇源堂和see的意念早就不合，雙方彼此之間都在維持在一個微妙平衡點。
seee組織的計劃是“人類補完計劃”。其目的是利用莉莉絲的力量，讓人類擺脫肉體的束縛，升華成為一種新的存在形式，以另一種形態繼續存在。
seee認為人類存在著許多無法改變的問題，如戰爭等，而通過該計劃，所有人類的靈魂將融合為一個整體，不再有孤獨、不安等情感，也不再有個體之間的隔閡，以此實現人類的進化。
但碇源堂卻在see的計劃基礎上另外做出自己的計劃。
和see想要完成的目標背道而馳。
碇源堂的計劃目的是自己成神並復活碇唯。
碇源堂深愛著碇唯，碇唯在初號機試驗中消失後，他為了達成自己的目的，主動向seee的基爾議長提議，全力執行人類補完計劃。他的計劃是打敗一切使徒，引發第三次沖擊，開啟人類補完。在這個過程中，他試圖通過特定的方式進入只有靈魂共存的世界，找到碇唯。然後使用朗基努斯槍等手段“弒神”，讓自己和碇唯一起成為神，從而實現永遠在一起以及或許能帶著碇唯回到過去生活的願望。
可碇源堂萬萬沒想到，碇唯從始至終都沒有想和他見面。
在《新世紀福音戰士︰終》里，碇源堂進入負宇宙的假想空間里尋找碇唯的身影，卻找來找去都是綾波零的復制體身影。
這讓他很是絕望，但最後在碇源堂直面自己的兒子碇真嗣後，才恍然大悟。
碇唯一直就在自己身邊，留給他的正是兒子。
現在碇源堂要做的就是和冬月耕造在伯大尼基地里做好應對後面突發準備。
冬月耕造在伯大尼基地里的所有研發項目全部完善落實。
四把鑰匙和其他復制使徒的量產都要一套完整工業流水線制造。
其中一把鑰匙現在還放在nerv總部那里，以總部現在的防御線一點都沒法應對後面到來的使徒。
這是碇源堂計劃的一部分，一把鑰匙被拿走後，後面還是自己上門拿的。
只不過以初號機作為動力源的希望號，還是先暫時分離，太容易被得到反而太容易被察覺。
畢竟加持還在，以加持老辣眼光不難發現這其中的貓膩。
nerv總部司令辦公室
渚薰穿著司令服，坐在碇源堂平時坐的位置上。
加持則是站在落地窗面前，看著外面破敗不堪的戰場。
渚薰背靠在椅子，微笑道︰“接下來我們要做的事情很多了。”
加持︰“從哪一步開始？”
渚薰︰“等封印下面中央教條區域的時候。不過很不幸，它來了。”
話音剛落，正式應上渚薰的話。
滴滴滴——嗡！！！
整個nerv總部警鈴大響
黃哲田推門進來，對兩人說︰“使徒又來了，我們該前往地下中央教條區域，外面的聯合國防御線根本抵擋不了！”<ark.06機體還在外面！那我們趕緊走，加持你來坐鎮指揮室，我和天啟過去就行。”
初號機在昨天就被封印帶走離開日本，碇源堂的離開就注定初號機不會就在日本。
nerv總部指揮室
美里下令眾人把第十二使徒坐標顯示出屏幕，卻發現第十二使徒在總部的機庫內，由藍色圖標變成橘色圖標！
美里心中一驚，對日向等人說︰“把中央教條區域的層層禁閉門全部封鎖！給天啟他們拖延時間！”
青葉茂雙手止不住顫抖，冷汗直冒︰“不行！下降速度太快了！來不及！”
加持出現在司令樓位置上，神情穩重對下面的眾人安撫道︰“不要亂了陣腳！按照葛城上校的指揮，把禁閉門全部關上，能關多少層就關多少層！”
加持內心還是感到詫異，這一切發生的太快了，根本沒給他反應的時間。完全是剛好撞上一樣。
碇源堂他們前腳剛帶著被封印的初號機離開前往伯大尼基地，後腳就被新的使徒趕上了。
不對，事情的前後發生太怪了！
這未免算的太準了！
和黃哲田在趕往機庫的路上，渚薰突然停住了腳步，眼神犀利道︰“不對，我和ark.06機體切斷聯系了。”
黃哲田轉過頭對渚薰說︰“你現在去往指揮室，六號機被奪取就讓我下去阻攔。”
渚薰嘆息道︰“來不及了，它已經到地下的中央教條區域，現在做的只有疏散人群。總部在黑之月內不會被反at.立場核化波及到……”
nerv總部地下核心
<ark.06機體正用絕對領域把關閉上的緊閉門一扇一扇打開，慢慢降落到下面。
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nerv總部能被第十二使徒這麼快入侵且輕而易舉的，還是因為總部探測設備被摧毀的差不多，再加上六號機被停留在nerv總部外面，正好被第十二使徒趁虛而入。
預留給六號機機庫的位置其實是有的，但總部有限的維修和資源都用在戰損的特號機和二號機的機體上。
再加上六號機是碇源堂要求渚薰留在外面，說是可以填補防御線。
渚薰也沒有料到第十二使徒會這麼快就過來，這是他想不到的。
其實也不怪渚薰，畢竟他怎麼能和碇源堂這種老狐狸比呢？
黃哲田對渚薰說︰“我先下去阻止，後面就看你們的。看能不能聯系的上碇司令他們，不然新的第三次沖擊又要重新開始！”
說完，黃哲田快速趕往中央教條區域的通道。
指揮室內
加持把消息傳給了在飛行器上的碇源堂兩人。
兩人給出的回復是︰“無論如何，都要拖延時間等分部的人過來。”
听到這話的加持，瞬間明白——nerv總部被拋棄了！
新的第三次沖擊儀式又要開始！
青葉茂把地下的中央教條區域圖標放出來，對大家匯報︰“不行了！它已經到達下面的人核心區域，正在靠近……”
話還沒有說完，整nerv個總部發生劇烈的上下震動！
大家很明顯感覺到整個總部在上升，這種直觀的感受讓美里知道，第十二使徒已經接觸到莉莉絲！
可nerv總部想要按下自爆程序引爆卻沒有辦法，根本沒有探測到第十二使徒的信息。<ark.06機體！
美里看向司令樓上方的加持，只見對方臉色陰沉，加持朝美里搖搖頭。
加持對著下方的眾人說出事情的真相，他要攤牌了。
“在場的所有人都听好了，接下來我說的事情你們要做好心理準備。”
指揮室內所有人員抬起頭看向加持。
加持臉色少有的嚴肅和認真︰“nerv的目的較為復雜，nerv表面上的任務是開發、研究eva以及對使徒進行調查、研究，同時將之捕獲、殲滅，以預防第三次浩劫。實質上，它是seee的執行機構，按seee的指示執行“人類補完計劃”，通過殲滅所有使徒，完成人類補完。
nerv與seee皆被碇源堂完全架空，成為其實現個人野心的工具。碇源堂的目的可能是通過引發第三次沖擊等方式，實現自己個人願望！
還有另外一個組織——seee！它是一個神秘且具有巨大影響力的組織。
seee早在“第二次沖擊”之前就已存在，是不為世人所知的秘密結社組織，觸手遍及世界各地，能干涉聯合國事務。其中心人物是基路•洛侖茲，最高層成員人數不明。
seee的目標是遵循“死海古卷”的劇本，通過引發“沖擊”事件來啟動人類補完計劃。他們想 exterinate a ife on eartace it itifefors born itife”，即消滅地球上的所有生命，用帶有“生命之果”的生命形式取而代之，人工促進人類進化為完全的神。
與nerv的關系，seee是nerv的幕後操縱者，通過掌控nerv來推行人類補完計劃。”
說完這些，加持停頓一下，對大家說︰“怎麼？是不是覺得很荒謬？但這就是事實，我手上的證據多的是。畢竟我是在你們碇司令身邊的人，事到如今我不得不說出這些。所以大家趕緊組織起來，把總部能用的上東西轉移走，這里已經不能再待下去！”
整個指揮室的人們議論紛紛，但看到加持拿出一份補完計劃的復制文件u盤放上屏幕，大家這才相信。
赤木律子呆呆看著屏幕上的一句一言，她內心的大廈瞬間崩塌。
中央教條區域入口
特號機x從入口一躍而下，背後的兩個渦輪噴氣發動機一聲轟鳴，在留下一個團霧氣直接加速沖下去！
轟！！！
黑之月核心處，黃哲田感受到腳底下的地面正在明顯上升！
<ark.06機體拔出來。
此時的六號機手上拿著一把渚薰從月球帶來的卡西烏斯之槍，另外一只手拎起被它砍下莉莉絲的頭顱。
失去頭顱的身體，脖頸缺口的鮮血像瀑布一樣，嘩啦啦流下來。
黃哲田看後發現還有一把朗基努斯之槍沒有出現，掃描眼一看，長槍插在莉莉絲的腳底面上。
體型有些變大的六號機頭頂處呈現一個大型光環，六號機被十二使徒控制後整個機體硬生生鑽入莉莉絲的脖頸里！
它要開啟第三次沖擊！
生命果實和獻祭一個使徒以及回歸亞當融入莉莉絲各種條件都具備，接下來就是打開guf之門！
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黃哲田控制特號機x飛向莉莉絲腳下的朗基努斯之槍，一把撿起來來到巨型化的六號機面前，對準六號機腦門用力一戳！
叮—— ！！！
特號機x全力一擊被六號機手中握住的卡西烏斯之槍一個撞擊錯開，緊接著六號機眼手掌粒子變形，亮起一個十字架光柱！
轟——轟！！！
從六號機變形的手掌發射出的一道鐳射激光擦著特號機x頭部打向後方，爆炸的熱浪在特號機x身後牆壁升起！
特號機x把朗基努斯之槍抽回來，後退一步後觀察四周。
原著中的加持能用飛行器來阻止被第十二使徒控制的六號機發起第三次沖擊，那一定有原理。
那時候的渚薰很可能參與進來，就算六號機被第十二使徒控制。加持也沒那個能力封印得了，肯定是有渚薰的幫助下才能完成！
只不過自己到來後出現了蝴蝶效應，劇情大概有偏差改動。
用卡西烏斯之槍轉化為朗基努斯之槍，兩把長槍對應封印住六號機和莉莉絲。
停止第三次沖擊儀式，就要從六號機手上奪取卡西烏斯之槍！
nerv總部地上新第三東京城市
大地裂開，紅色反核污染急劇佔領日本每一寸土地，綠色的十字架靈魂之光）密密麻麻拔地而起。
被第三次沖擊儀式召喚出的guf之門遮住整個天空，並且還在不斷擴大範圍！
在新第三東京城市下方的nerv總部同樣也不能被幸免，黑之月從地下慢慢升空破土而出。
nerv總部最後懸浮在空中，這時的nerv總部露出最終的面貌。
一個倒立的巨型三角體，三角底面上就是如今的總部！
黑之月被地底下吸出來，這片區域的重力不再是正常化。
地面一切物體都被吸入上空的guf之門，整個天地都是一片血紅色！
太空的月亮漸漸靠近地球，月亮整體出現紅色的經緯線。
被沖擊的境界浪潮席卷整個世界，淨化到的人類都進化成‘infinity’，它們是人類靈魂的物質化。
模樣是以初號機的模樣來作為新的進化生命，但到最後也就是進化失敗的新生命。
這個時候的infinity的頭部還沒有自動斷掉，因為guf之門還在開啟，它們要匯聚guf之門形成最終生命。
一個個infinity從地面浮現成型，然後統一往guf之門的方向走去，也就是黑之月。
nerv總部
加持帶領眾人來到nerv總部的封閉機場。
巨門緩緩打開，燈光亮起。
一架巨型飛艦出現在大家眼中，那是希望號！
長長的雙翼，機身底部下的多個紅色眼楮的頭顱。肋骨環繞的機身和尾部，還有機身有多台炮塔和三個巨型雷達。
加持轉過身對美里一行人說︰“你們駕駛這架under戰艦離開這里，總部的資料也一並帶上。等第三次沖擊儀式中止後，你們就在沒有被淨化的地方作為總部，來對抗碇源堂和see他們。”
在這一路上，自己暗中組織的成員好不容易拿下nerv總部，清除掉記錄碇源堂的爪牙一舉拿下總部。
安放under戰艦的機場被加持打開，雖然under戰艦上的動力源初號機被碇源堂帶走，但內部還有一個仿生核心在。
啟動和使用還是可以足夠他們一行人離開的，至于怎麼操作under戰艦自然是加持組織的成員來。
加持拿出一根煙，愉快的吐吸後，對美里和赤木律子說︰“幸存者必須安排妥當，那是我們人類最後的希望。你們現在背負著人類的希望，這里遲早會被nerv殺回來，不宜久留。”
美里似乎感應到了什麼，握住加持的手問︰“你現在是不是有事什麼要去做？”
加持撫摸美里的臉，咧嘴笑道︰“什麼都瞞不過你，我要去幫天啟了。他還在下面苦戰呢。他現在需要我的幫忙……”
美里慢慢松開放在加持的手，眼神擔憂看著對方。
加持從自己胳膊上拿下一塊沾有鮮血的藍色布條遞給美里︰“這是希望和不屈的意志，我建立起來的組織ie今後就交給你了。至于我們還能不能活著出來，還不好說，所以……再見。”
說完，加持戴上頭盔走向飛行器。
機門蓋上，加持啟動飛行器向裸露出來的中央教條區域飛下去。
而渚薰呢？
在一旁觀望，他並沒有出手，也沒有出手的意義。
他不僅不阻止。還要幫助加持他們再一次終止第三次沖擊儀式。
後面的他只要看好nerv總部等待碇源堂他們回來就行，總部現在的一切都不用管。
這也是碇源堂的意思，同時也是碇源堂計劃的一部分。
中央教條區域
特號機x雙手握住兩把長槍——朗基努斯之槍和卡西烏斯之槍。
六號機被特號機x用朗基努斯之槍死死釘在莉莉絲身上貫穿，可另外一把槍卻沒法插入另外一邊。
一旦特號機松開，六號機就會重新掌握回朗基努斯之槍。
就在這時候，上空傳來飛機發動機的轟鳴聲。
抬頭一看，是加持駕駛飛行器過來了！
而且飛行器下方還有個機械爪！
不對！加持能中止第三次沖擊肯定是少不了渚薰的幫助，那渚薰去哪里了？！
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