隨著“暗星計劃”被挫敗，迷霧星上的戰斗落下帷幕。特別調查部隊與聯盟聯合攻擊部隊的英勇事跡，迅速傳遍了整個宇宙。各個星系的文明對他們的壯舉贊不絕口，聯盟為表彰他們的貢獻，舉行了盛大的慶典。
然而，特別調查部隊並沒有沉浸在勝利的喜悅和榮譽之中。他們深知，這場危機雖然解除，但宇宙中隱藏的威脅依然存在。戰後的迷霧星滿目瘡痍，特別調查部隊主動承擔起協助清理和重建的工作。在這個過程中，他們發現神秘組織雖然遭到重創，但似乎仍有殘余勢力在暗中活動。
通過對神秘組織基地遺留的資料和通訊記錄進行深入分析，特別調查部隊發現了一些令人擔憂的線索。這些線索指向了宇宙深處的一個神秘區域，據說那里隱藏著一股古老而強大的力量，神秘組織似乎一直在試圖探尋並利用這股力量，以實現他們不可告人的目的。
與此同時，聯盟收到了來自遙遠星系的求救信號。這個星系遭受了一種未知能量的侵襲，星球生態遭到嚴重破壞，居民生命受到威脅。特別調查部隊意識到，這或許與神秘組織殘余勢力的活動有關，也可能是那股隱藏的古老力量開始產生影響。
面對新的情況，特別調查部隊沒有絲毫猶豫，毅然踏上了新的征程。他們肩負著雙重使命，既要調查神秘區域隱藏的古老力量，防止其被不法勢力利用，又要前往受襲星系，幫助那里的居民解決危機。在這充滿未知的宇宙中，特別調查部隊將再次迎接挑戰，書寫屬于他們的傳奇，為守護宇宙的和平與安寧繼續奮斗。
特別調查部隊兵分兩路。一路火速趕往遭受未知能量侵襲的星系，另一路則朝著宇宙深處那神秘區域進發。
前往受襲星系的小隊抵達後，眼前的景象觸目驚心。整個星系的星球被一層詭異的紫霧籠罩，生命跡象在迅速消逝。隊員們立刻展開調查，發現這股未知能量具有強烈的腐蝕性和滲透性，常規的防護手段很難抵御。
他們在一顆星球的廢墟中找到了一些幸存者，從幸存者口中得知，這股能量是突然出現的，伴隨著一陣刺耳的尖嘯聲。為了找到能量源頭，隊員們深入紫霧彌漫的區域。在探索過程中，他們發現了一些奇怪的能量波動痕跡，這些痕跡似乎指向了星系中心的一顆巨大黑洞。
與此同時，前往神秘區域的小隊遭遇了重重困難。神秘區域被一層強大的能量場包圍，任何常規的探測手段都無法穿透。隊員們嘗試了多種方法，終于找到了能量場的一處薄弱點，成功進入其中。
進入神秘區域後，他們發現這里的空間和時間都呈現出一種扭曲的狀態。在一片荒蕪的星空中，懸浮著一座古老的遺跡，遺跡散發著神秘的光芒。隊員們靠近遺跡，發現上面刻滿了奇怪的符號和圖案。經過一番努力，他們成功解讀出部分信息，這些信息暗示著這座遺跡與一種能夠改變宇宙秩序的強大力量有關，而神秘組織似乎一直在尋找激活這股力量的方法。
兩支小隊都面臨著巨大的危險和挑戰，在遭受未知能量侵襲的星系中，他們能否找到消除這股邪惡能量的辦法？在神秘區域的古老遺跡前，他們又能否阻止神秘組織殘余勢力激活那股可能顛覆宇宙秩序的力量？