宇宙量子計算機突然出現異常波動，已故科學家的意識體開始佔據系統，要求重啟被禁止的基因實驗。這些量子幽靈聲稱，他們的死亡是聯邦滅口的陰謀，而只有完成實驗才能拯救宇宙。
冒險隊伍中的科技專家發現，這些意識體實為「熵之眼」殘留的人格碎片。當他們試圖清除這些碎片時，量子幽靈集體侵入宇宙網絡，導致全宇宙的醫療設備、交通系統陷入癱瘓。
在虛擬空間中，隊長與量子幽靈展開精神對決。他發現這些碎片中混雜著自己的記憶殘片——原來在中子星戰役中，他的意識也被部分數字化。最終，隊長選擇將這些殘片融合，形成新的量子生命體，既保留了科學家的智慧，又消除了攻擊性。
星靈族聖地星淚之泉突然干涸，預示著宇宙將迎來「時空潮汐」。根據古老預言，潮汐將吞噬所有違背自然法則的文明。聯邦議會緊急召開听證會，卻在會議中收到星靈族送來的時空水晶。
水晶內封存著宇宙神器融合時的時空漣漪數據。靈幻族長老解讀後發現，潮汐的真正成因是人類過度干預時空曲率。為平息潮汐，必須重建被摧毀的中子星基地，讓時空回歸自然流動。
冒險隊伍重返中子星廢墟，卻發現這里已被改造成時空監獄，關押著來自不同維度的危險生物。當他們啟動基地自毀程序時，監獄中的生物集體暴動，隊長不得不與自己的量子復制體聯手，才勉強完成任務。
「機械神教」卷土重來，他們佔領了宇宙最大的機械墳場，將報廢的星際戰艦改造成「金屬利維坦」。這些龐然大物能吸收恆星能量，所到之處形成科技荒漠。
冒險隊伍潛入墳場核心，發現機械神教正在逆向工程宇宙神器碎片。他們通過獻祭恆星能量，試圖制造出能操控時空的「機械奇點」。更可怕的是，他們已經捕獲了一個虛空蛞蝓幼體，打算將其改造成生物兵器。
在最終決戰中，隊長駕駛著臨時改裝的量子戰機，突破利維坦的能量護盾，將機械奇點插入幼體的核心。這次踫撞引發了維度坍縮，機械神教連同整個墳場被吸入異空間，而幼體則進化成能淨化科技污染的「宇宙清道夫」。
偏遠星球爆發新型基因瘟疫，感染者會隨機獲得其他物種的特征。調查顯示，病原體來自宇宙神器融合時產生的輻射塵埃。聯邦議會隱瞞了這一事實，反而將瘟疫歸咎于星靈族的祭祀活動。
冒險隊伍深入疫區，發現感染者的基因鏈中嵌入了古老文明的遺傳密碼。當他們找到瘟疫源頭——一座被掩埋的遠古基因庫時，遭遇了自稱「基因守護者」的機械生命體。這些機械體揭示，人類正是遠古文明通過基因編輯創造的「宇宙清潔工」，負責清除過度進化的文明。
為阻止瘟疫擴散，隊長自願成為活體容器，吸收了所有病原體。他的身體開始發生劇烈變異，在即將失控時，星靈族的時空水晶突然激活，將他的意識傳送到宇宙誕生的瞬間，在那里見證了生命起源的真相。
宇宙能量流動徹底失衡，所有恆星開始同步收縮。冒險隊伍通過星靈族預言得知，必須讓宇宙神器與結晶塔的能量產生共振，重啟宇宙的「心跳」。但此時，神器碎片已散落在各個時空維度。
隊長在量子復制體的幫助下，穿越到宇宙歷史的各個關鍵節點收集碎片。他遇見了正在融合神器的過去的自己，目睹了平行宇宙的毀滅，甚至短暫成為了一顆恆星的意識體。最終，他在宇宙熱寂的未來時空，找到了最後一塊碎片。
當所有碎片在中子星廢墟重組時，隊長將自己的意識注入神器，引發了足以匹敵大爆炸的能量脈沖。這次脈沖不僅重啟了宇宙心跳，還在虛空中開闢出無數新的維度，每個維度都承載著一個可能的宇宙未來。
在宇宙重啟後的新紀元，冒險隊伍成員們選擇了不同的道路。科技專家在量子維度建立「永恆研究院」，研究如何避免重蹈覆轍；靈幻族長老成為宇宙記憶的守護者，將所有文明的故事刻入星軌；隊長則帶著宇宙神器的殘片，開始了沒有終點的星際流浪。
每當新的文明誕生，他們都會在星空深處發現一個神秘的漂流瓶，里面裝著隊長留下的全息影像︰「宇宙的真理不在永恆，而在永遠追求真理的過程。當你們讀到這段話時，我已成為另一個維度的傳說。」
在某個新誕生的藍色星球上，一群原始人圍坐在篝火旁，聆听著部落長老講述星空的故事。他們不知道，在宇宙的某個角落，一個戴著兜帽的旅行者正注視著他們，嘴角泛起欣慰的微笑。
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