以豐緣聯盟為目標持續旅行的小智一行人在船上遇到了火箭隊的襲擊，皮卡丘的打雷過于強大，導致小智一行人也被炸飛了。
小智放出了巨沼怪、鐵螯龍蝦，小剛放出了蓮葉童子，借助神奇寶貝的力量小智一行人在海面上支撐著，但一行人同時也在海面上迷失了方向。
這時海面上浮起紅色的潛水艇小智一行人因為海浪來到了潛水艇上面
“說不定可以請這些人救我們。”
“這是火岩隊的潛水艇，因為我感覺到火村的波導了，先把大家收回來。”
一行人把神奇寶貝收回精靈球
“火岩隊！”
“竟然是他們的潛水艇。”
“我們的運氣好像很糟。”
“運氣真差。”
正好看到火村正在和部下談論聲吶有沒有發現目標
蒂雅看到前方有一個耀眼的紅色建築物，幾人覺得那就是火岩隊的秘密基地
潛水艇帶小智一行人進入其中
“第三行動隊，巡邏任務已經完畢。”火村向一個紅發中年匯報道
“火村你好像還帶著客人回來。”赤焰松看著小智一行人說道
火村朝著赤焰松的視角看去“小鬼，怎麼又是你？這次連你的同伴也一起帶來，老大，他就是之前破壞計劃的小鬼。”
“火村好歹也認識挺長時間了，怎麼不歡迎我？之前我記得招待你挺好的呀。”
火村回憶起之前面對小智的種種經歷
火村咬牙切齒的說道“你這個小鬼現在也只能逞口舌之快了。”
赤焰松打斷火村的話說道“原來你就是那個聯盟最年輕的搜查官，真是年少有為啊，對了，忘了自我介紹我是火岩隊的老大赤岩松。”
小智笑著說道“原來你就是火岩隊的老大，不過你的手下真是沒用，在我這里就沒得手過。”
赤岩松也笑著說道“沒想到你是個這麼囂張的小鬼，在我的基地里還能大放厥詞，不過現在很忙，在計劃結束之前你們就留在這里吧。”
小智這時又感受到泉美和渡的波導並心想“一會兒先和渡會合然後一起解決問題。”
瑪夏多去找渡告訴他小智的想法
“很抱歉，赤岩松大人不過這家伙手上的神奇寶貝都挺厲害的。”
“現在最重要的是關注水艦隊的動向。”
“我想他們應該在前行這附近，目前莫斯島附近還有沒有發現他們。”
泉美打暈了看守蓋歐卡的守衛，她進入蓋歐卡關押的地方輸入了密碼放出了蓋歐卡
赤焰松將小智一行人帶到了他的辦公室，以一種最終贏家的樣子讓小智他們坐下，這樣更方便談話。
周圍都是火岩隊的人還不是起沖突的時候于是就讓四人也坐下。
火岩隊的人給他們送上了水
小智給同伴們一個放心的眼神就拿起水杯喝了起來就算火岩隊真下毒正好試試到底是常磐之力治的快還是毒發的快
小剛和蒂雅一口氣全喝光了，小瑤和小勝也喝光了但被大狼犬瞪的有些後背發涼。
喝了發現只是富含礦物質的水，看來他們好像並沒有把我們放在眼里
“你們應該對我們火岩隊稍微有點了解，也知道了我們的最終目的吧。”赤焰松說道
小智一語道破“和你們的死對頭水艦隊本質不是一樣的嗎？你們是想要得到固拉多，他們是想要蓋歐卡。”
“我們火岩隊是為了解開這個星球的謎題，創造更加美好的世界，水艦隊那些只是流氓集團。。”
“說的比唱的還好听，真把自己當成大善人了。”蒂雅憤怒的說道
小智心想“傳說中的神奇寶貝，我這里有很多就陪你們玩玩。”
“傳說中的神奇寶貝我們已經得到了，另外還得到了這個可以控制傳說中神奇寶貝固拉多的靛藍色寶珠”
小剛發現這和之前在湖底遺跡找到的珠子一樣
“這個是假的，真的在我這，朱紅色寶珠也在我這之前在釜炎鎮火山口附近找到的。”小智用超能力傳話道
“在古代固拉多為了拯救人們不再被洪水所禍害驅散雨雲讓火山噴發把大地推壓開來，通過古拉多與之可以擁有無限力量的星球取得接觸，這就是我們火岩隊的目的，與我們為敵的水艦隊在尋找有相反力量的蓋歐卡，可蓋歐卡早就被我們抓到了。”
“要是這樣的話，他們抓住固拉多了，不然的話你還有閑工夫跟我們聊天？”
赤焰松說道“沒想到你這麼厲害，可惜像你這樣人才不能為我所有，我們雙方都得到了不能控制的力量，所以為了交換彼此擁有的神奇寶貝現在正要前往相約會面的地點莫斯島。”
赤焰松讓火村把小智一行人關起來這個時候警報聲響起，泉美弄醒了被火焰隊弄睡著的蓋歐卡
蓋歐卡沖出基地引發了一陣騷亂
“這里是泉美一切正在按計劃進行。”泉美用對講機說道
“不愧是水艦隊的首席作戰隊長行動真是快捷利落。”渡說道
“如果我沒猜錯，你不是火岩隊的人。”
“固拉多在這里的話用朱紅色寶珠也沒法控制它，如果進入海里就有辦法了。”
泉美換上潛水服潛入海里
“水艦隊真是一個麻煩的組織，不過通訊器顯示小智也在這里希望能平安。”
一陣爆炸藍色珠子被爆炸的余波震飛，小智用超能力接住，然後立馬放到背包里呼吁同伴們逃跑。
“超鐵暴龍用岩石炮開路！”
超鐵暴龍發出的岩石炮威力巨大，直接在牆壁上轟出了一個大口子。小智等人趁機逃出。火岩隊眾人忙于應付暴走的蓋歐卡，一時無暇顧及他們。
“我們得趕緊去找渡先生。”小智邊跑邊說。就在此時，水艦隊的船只出現在海平面上，泉美站在船頭，身邊是被暫時控制住的蓋歐卡。
“小智，這邊！”渡的聲音傳來，他正騎著快龍
“辛苦你們拿到藍色寶珠，我們必須阻止火岩隊和水艦隊的交易。”渡嚴肅地說。
渡放出紅色暴鯉龍一行人坐在暴鯉龍的背上前往夢斯島。
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