以豐緣聯盟為為目標持續旅行的小智一行人在乘船游歷各個島嶼
“我們下一站要到的地方是伊呂波三島。”
“這是把伊島、呂島、波島三個島整合起來的稱呼。”
“三座島只有伊島有神奇寶貝中心。”
海面上出現兩只吼吼鯨，後方又出現了幾個孩子分別站在獵班魚和櫻花魚身上向伊島前進，不過他們的關系好像並不好在海面上還一直在較勁。
伊島神奇寶貝中心
“你好喬伊小姐。”105
“歡迎你們來到神奇寶貝中心。”
“太美麗了，不愧是海邊的喬伊小姐。”小剛說道
基拉祈用超能力把小剛扔到一邊，這時听到了吵鬧聲
“唉，他們又來了。”
教室
“到此為止，都回到座位上去。”喬伊小姐有些生氣的說道
“是剛才的那些孩子。”
“拜托你們在自己的時候安靜一點。”
“這里也是教室啊。”
“我們中心同時也是所學校，伊島、呂島、波島的孩子在這里上學。”
“這麼說喬伊小姐同時也是老師。”
“是的，接下來大家去上游泳課吧。”
孩子們听到好都很開心
“不瞞你們說，呂島與波島的孩子們關系不和睦。”
“看出來他們在海面上就不和睦。”
“我們附近這一帶有許多珍珠貝棲息，不知道為什麼在呂島就進化成櫻花魚，在波島就會進化成獵斑魚，所以雙方一直在爭吵，到底是櫻花魚好還是獵斑魚好？”
“原來是這樣啊。”
“他們要是能夠和睦一點就好了。”
孩子們在問小田卷博士是櫻花魚好還是獵斑魚好
“我覺得這兩種神奇寶貝都不錯。”在水池里的小田卷博士說道
“小田卷博士你怎麼在這里？”
“我來調查珍珠貝的分支進化。”
“這位就是有名的小田卷博士？我以為他只是喜歡神奇寶貝的怪叔叔。”喬伊小姐說道
“因為小田卷博士平易近人，完全不擺架子。”
“那分支進化有查出是什麼結果嗎？”
“完全沒有，先和他們玩一會兒吧，混熟了自然會知道他們的事。”
“小田卷博士請為孩子們上一堂課吧。”
“傷腦筋，這種事情我不行。”
“我想知道珍珠貝是怎麼進化的？”
“要進化成獵斑魚需要有深海之牙，進化成櫻花魚要有深海之鱗。”小田卷拿出這兩個東西的樣本並說道
小田卷博士帶著小智一行五人打算先前往波島調查，奈美子自願帶路。
奈美子帶幾人前往波島的洞窟，來到一處水潭邊
小田卷喝了這里的水，發現這是充滿礦物質的水。
“先帶一些樣本回去調查吧。”小田卷接了這里的水這時听到踩水的聲音，原來是一個叫菊間的小男孩。
“菊間也對獵斑魚感興趣？”
“誰會喜歡獵班魚，我喜歡的是櫻花魚。”
“接下來是對櫻花魚的研究，請帶我到昌島去。”
“好的。”
菊間帶一行人來到呂島的洞窟內，小田卷同樣帶走了一些水奈美子也跟了過來
在神奇寶貝中心這兩個孩子都很急，其實他們的興趣正好相反。奈美子喜歡櫻花魚，菊間喜歡獵班魚，他們也是因為不想被別人認為是不合群所以不敢說出自己的喜好。
火箭隊想抓櫻花魚和獵斑魚送給阪木，兩只一組的進化形神奇寶貝，喵喵覺得阪木會很喜歡。
“但伊布8只一組的進化形不是更豪華。”小次郎抬杠道
“選擇眼前的現實總比不切實際好。”喵喵反駁道
武藏下決定“那就選擇這個現實吧。”
“博士進化的秘密是什麼？”
“兩個洞窟的水都是從深海里涌出來的，波島洞窟里的水有深海之牙的成份，呂島洞窟里的水有深海之鱗的成份。”
“那兩邊的洞窟里都分別有深海之牙和深海之鱗嘍。”
“那就現在去看看。”
火箭隊出場想用大網子抓住櫻花魚和獵斑魚，但被小智的鐵螯龍蝦阻止
小智下令道“鐵螯龍蝦用破壞光線。”一道有耀眼光芒且駭人的光線從鉗子發射而出打炸了火箭隊的鯉魚王潛水艇並將他們擊飛了。
小智一行人分別在波島和呂島的洞窟里找到了深海之牙和深海之鱗，直接佩戴並沒有讓他們的珍珠貝進化先將他們傳回神奇寶貝中心，在放出來的時候進化了。
“看來佩戴道具是只是第一步，第二步是通訊交換。”
“搞不好是這樣神奇寶貝還是有很多的秘密。”
“先把它放到水池里游泳吧。”
櫻花魚和獵斑魚在水池里快樂的游泳，這是火箭隊又出現了他們駕駛巨大的巨鉗蟹機器人，想抓走櫻花魚和獵斑魚
“過動猿就決定是你了使用真氣彈。”小智扔出一顆精靈球
過動猿雙手快速揮動，凝聚起一個強大的真氣彈朝著巨鉗蟹機器人轟去。巨鉗蟹機器人伸出大鉗子一揮，竟然將真氣彈給拍散了。火箭隊三人在里面大笑，
“小鬼頭今天你的神奇寶貝可對付不了我們的巨鉗蟹機器人。”
小智眉頭緊皺，大喊︰“過動猿，別放棄，使用火焰拳攻擊它的關節部位。”過動猿大吼一聲，沖向巨鉗蟹機器人，雙拳燃起火焰。
巨鉗蟹機器人舉起雙鉗抵擋，卻被火焰拳的力量震得後退了幾步。
過動猿快速移動，一下子出現在巨鉗蟹機器人背後，用力一拳砸下去。巨鉗蟹機器人內部電路瞬間短路，冒起黑煙。
“皮卡丘用打雷。”小智下令道，皮卡丘臉頰閃爍電光隨後發射一道金黃色的雷電打炸了巨鉗蟹機器人火箭隊上天
“好討厭的感覺啊。”x3
索南斯~
夕陽下小智一行人告別小田卷博士他們坐船繼續旅行。
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