以城都聯盟為目標的小智一行人現在來到一處鄉間。
三人走在路上，遇到一個帶著長尾怪手戴著紅頭巾的女訓練家。
你是神奇寶貝訓練家吧？
我是真新鎮的小智
小生名叫小剛請問你的芳名？
我叫小凌，那小智能否和你來場對戰？
要怎麼辦呢？小智
送上門的對戰沒有拒絕的道理。
去吧，小鋸鱷
拜托你了，布魯皇
布魯皇用咬住！
跳舞的技巧躲開！
小鋸鱷躲開了布魯皇的攻擊
跳起來使用水槍！
水流沖擊下布魯皇倒地。
接下來，麒麟奇
去吧，菊草葉。
麒麟奇使用踐踏。
躲開後使用藤鞭。
菊草葉靈活避開了攻擊並用藤鞭抓住了它的腳讓它摔倒。
使用幻象光
超能力系光束從角發射而出。
菊草葉避開了攻擊。
趁現在用飛葉風暴
無數葉子攻擊下麒麟奇倒地。
……
雙方6v6對戰，最後以小智勝利為這場對戰畫下句號。
對戰之後幾人一起吃午餐
小智你們真的好厲害，我們也要加倍修行不可。 小凌斗志還挺高昂的
還好了，我們也有很多不足。
這個星期經歷好幾場戰斗，大家早就都累了，也要適當休息
小凌小姐附近有神奇寶貝中心嗎？
穿過森林後的綠色園野有。
幾人一起前往綠色原野，路上小凌講述綠色原野的特別之處。
穿過森林是一片花海，一行人在花海上奔跑前往神奇寶貝中心結果發現了結晶塔。
周圍一切也在不斷結晶化
君莎小姐騎著摩托疾馳而過，電視台的人也來到這里進行報道。
遠在真新鎮的大木博士和花子也看到了電視的報導，兩人一致決定要前往，畢竟是自己的同學、學生可能遇到了危險。
結晶化在不斷蔓延，房子里一大群未知圖騰在圍繞著轉。
在綠色原野神奇寶貝中心門囗，商討委員已經過來。
大木博士，我們恭候多時
博士！
皮卡丘跑了過去，花子也從車上下來
媽媽
你們也在這里啊
好久不見了大木博士。
我就知道您一定會過來的。
幾人坐下來聊秀力博士的事情。
原來如此啊。
花子他的家變成這樣我也很擔心。
這時皮卡丘突然擺出戰斗架勢。
炎帝！x3
瑪夏多出現訓斥干什麼，你想造反嗎？
花子你想干什麼？
你是…媽媽…
花子一愣
你就是媽媽
花子眼神無光暈了過去，“炎帝”把她抓走，皮卡丘抓住“炎帝”跑了很遠，小智他們也在追。
一直來到結晶塔外圍
皮卡丘用了十萬伏特一點用都沒有。
這時影子球打來。
炎帝抵擋住了攻擊
瑪夏多冒牌貨！
“炎帝”不以理會直接逃走。
皮卡丘！瑪夏多！小智他們跑了過來。
瑪夏多心電感應對不起，勇者大人沒能攔住它，但我發現它不是真的炎帝，甚至它根本不是生命。
什麼意思啊？
只有進到里面才知道。
小智不要沖動里面都不知道有什麼危險。小剛拉著小智說道
可是…
回去再商量對策吧。
一行人回到神奇寶貝中心。
大木博士根據瑪夏多的描述，整件事情和另一個神奇寶貝有關一一未知圖騰。
沒錯，就是那個。
我想未知圖騰就在那房子里。
果然是這樣。
傍晚噴火龍山谷。
小智的噴火龍看了電視上的報道，看向天空下定了決心。
夜晚推土機想去除結晶但被看著新聞的小美盡收眼底。未知圖騰把她的想法具象化，阻止了推土機的前行。
大木博士那邊突然接到郵件。
爸爸媽媽都回來了，小美覺得很高興，這樣就很好，我的生活不需要有人來打擾。
能發郵件，看來她是沒事。
小霞這女孩的爸爸不是下落不明嗎？
瑪夏多不要忘了那個“炎帝”，它也許就是未知圖騰造出來的假象，炎帝是個很溫柔的家伙被她當做父親也不奇怪。
小智來到外面看向結晶塔
小智瑪夏多有什麼辦法解決問題？
現在只有進入個結晶塔找到未知圖騰。
那就現在走，強攻！
勇者大人你的心情我能理解，但是一大群未知圖騰造成的具象化非常棘手。瑪夏多擋在小智面前說道
那就先潛入吧。
我也要去
也不要拋下我呀
小霞，小剛
這時長尾怪手送來通訊器。
小智你把那個神奇寶貝齒輪帶著吧
小凌
我想你們最好能跟神奇寶貝中心隨時保持聯絡，大木博士那邊我會幫你編個理由的。
謝謝你，小凌。那我們走吧。
一行人朝著結晶塔前進
小霞只有水沒有被結晶化。
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所以只要順著這條河走就能到史諾頓豪宅了。小剛拿著地圖說道
小智他們借助菊草葉和口呆花的藤鞭成功潛入結晶塔。
他們的行為已經被雙方都注意到了。
收回所有精靈後小智一行人進入結晶塔。
小智他們淌著水尋找這時齒輪突然發出信息，是小凌打來的電話。
大家都沒事吧？
小智電視把你們拍的一清二楚。
抱歉大木博士，這次我沒法冷靜，我沒有讓閃電鳥他們強攻已經很穩妥了。
呃，這個，算了既然你們到那里了。我是不會讓你們中途折返的。
小智我是約翰，你們有看到未知圖騰嗎？
沒有發現，應該在房間里面。
根據秀力博士的研究報告，末知圖騰似乎有察覺其他生物意識的能力。
真的有這麼神奇嗎？
就是根據瑪夏多所述，那個“炎帝”可能是未知圖騰感應小美的內心把想法實體化了。
火球鼠、戴魯比雙重噴射火焰。
熊熊烈火從口中釋放，結晶化的牆體被燒出一塊大洞。
正慶幸的時候，牆面又恢復了。
放出貓頭夜鷹和寶石海星用超能力穩住牆面然後用水流沖擊幾人趁機進入。
一行人走在台階上，因為未知圖騰的力量周圍環境發生改變。
三人見狀加速前進來到一處花海。
這是怎麼回事？
未知圖層創造的內心世界。
一行人在花海前進突然“炎帝”突然到訪帶著“小美”一起來了。
你們就是神奇寶貝訓練家嗎？
我們可沒空听你廢話，在我還沒發怒之前就趕緊讓開。
跟我戰斗吧。
我沒有時間跟你做小孩子游戲。
真是無趣。
一個假炎帝而己不要以為自己是真的生命。
不和我對戰就別想到上面去
說的還挺冠冕堂皇的。
小智冷靜點。
小剛你的名字叫小美，對吧？
你知道的還挺清楚。
小美應該是小孩子才對。
末知圖騰把她想長大的想法具象化了，小孩子可沒法當神奇寶貝訓練家。小智解釋道
這個時候還遵紀守法。
你們到底願不願意跟我戰斗？
小智這場戰斗讓我來，畢竟漂亮姐姐作為對手也是一件幸事。
小剛這本來就不關你的事而且她的神奇寶貝肯定具象化的。
我當然知道了，但現在救你媽媽是最要緊的事，沒時間浪費了。
我們走吧，小智
我們走吧，皮卡丘。
小智和小霞還有皮卡丘前往上一層。
使用的神奇寶貝為三只，不過可以隨意變換，你覺得怎麼樣？
當然可以。
瞬間一個戰斗場地形成
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