小智一行人乘船環游橘子群島，今天海上天氣很好。
我們把神奇寶貝們都放出來吧
到下一個島還有時間放松一下
大家都出來吧
乘龍、暴鯉龍、哥達鴨、美納斯都在水里游泳，飛天螳螂和火焰雞、鬼斯通都在船上。
小霞和小建也放出來了神奇寶貝，訓練家和神奇寶貝一起享受著海上旅行
後面火箭隊也緊跟不舍
前面突然有暴風雨，海面上突然波濤洶涌船身難以穩定，幾人收回所有神奇寶貝船只能被海浪給卷走。
船被海浪帶到亞西亞島，橘子群島海域的終點
在真新鎮大木博士騎車路過小智家和花子打招呼。
花子“小智，昨天和您打電話嗎？”
大木博士“沒錯，他說讓它們去亞西亞島，沒說是什麼原因。
這時突然下起雨和雪極光也出現了
大自然發生了什麼？
皮卡丘站在船頭小智一行人下船還以為已經沒事了。
這時一群戴著面具的人過來
這不是小美嗎？
原來是小優啊
我們多久不見了？
算起來已經有5年了
小霞和小建才知道是因為祭典，小智則是擔憂果然事情已經發生了。
這時一個打扮潮流，戴著墨鏡的女孩兒出現，她是小優的妹妹芙蘆拉是這時祭奠的女巫負責吹笛子
這位是神奇寶貝訓練家小智
神奇寶貝訓練家？這時眾人歡呼起來，一個老者說傳說中跟著世界毀滅，海之神出現並與優秀的控制者一起平息諸神的憤怒，控制者也就是神奇寶貝訓練家。
也許是吧
你是神奇寶貝訓練家呀？算了，按照習俗。說完芙蘆拉親了小智的臉
小霞是不高興了
你不是他女朋友嗎？
是的
“不用在意，只是習俗。”芙蘆拉說話時有些尷尬
小智有些尷尬地摸摸臉頰，這是別人的習俗而已不用這麼在意。
一路上，小智發現島上的人們都對他投來敬畏的目光，這讓他感到有些不自在(這種時候還害羞上了)
晚上島上的人都在歡呼享受著祭典，島上的每一個人都非常高興。
小智一行和島上的其他人分成好幾桌在吃飯，每個人聊的都很開心
我是他女朋友怎麼了， 說我沒品味
小智把手放到小霞肩膀上滿臉笑意地說“這次是你吃醋了”
小霞臉紅道“沒有！”
這時一道優美的笛聲傳過來，眾人聞聲而看卻發現是芙蘆拉換了身衣服在吹奏。
這音樂真好听
小霞掐了小智的手臂
生氣的話就不可愛了
其他人听著都很陶醉，演奏結束芙蘆拉又當著眾人的面講起那個傳說。
小智大人，如果你真的是那個控制者的話， 請給我們看證據吧
可還沒講清楚你們要什麼證據？(旁邊小霞要是真的生氣的話，我可無法承受她的怒火)
不用這麼在意，這只是慣例隨便應付一下就好了，每年都是這樣。
芙蘆拉！
只要拿到海上三個島的三個寶物，然後再放到本島的祭壇上，我向眾神追逐奉獻之笛，這麼一吹就結束了。
寶物就在三個神社里，要上島有船，要去神社有樓梯。
我知道了，還真想看看能不能現在就去(神獸打架凡人遭殃根本等不起)
會不會太急了？
小霞，你也跟我去吧
這點小事你去就行了，反正你的實力我很放心，只是小心風暴就行了
小智捏著小霞臉道“不生氣了？”
因為我仔細想了想，上次你都沒生我的氣，我為什麼生氣。
小建笑著看他們
把他們接到後，小智和皮卡丘一起前往，船疾馳而行，似乎撞到什麼但也沒在意。
天空電閃雷鳴下起大雨海浪變得更加波濤洶涌，似乎是災難發生前的預兆。
單純取寶物不難，但遇到這種風暴太困難了，姐姐船借我，因為慣例讓別人泄露危險太過分了我必須承擔責任。
芙蘆拉、小霞和小建一起前往
“怎麼了，你不是很放心他的實力嗎？芙蘆拉問道
小霞“他平常是很沉著冷靜，但遇到大的危機肯定不顧自身所以我還是要跟著。”
小建“我也不會自己待在安全的地方，讓你們去涉險。”
小霞他們坐在船上前往小島
天空基地內
“到現在為止三種力量取得平衡，其中一個被我拿走了，缺失的部分會有其他的來彌補。”一個大叔微笑說道
一聲機械音傳來告知那個大叔，閃電鳥正在向火之島移動。
電視機里放著天氣突然發生異常，被認為是深層海流發生異變所引起的。
深層海流就發生異變中心在橘子群島
“看來小智是知道會有事情發生，所以才讓它們前去的，希望在事態還沒發生地更嚴重之前它們能及時趕到。”大木博士說道
花子“它們和小智一樣都是不缺少骨氣的孩子，但小智要是做起事不顧自身的話…”
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“博士有電話打來。”信介提醒道
我是橘子群島的內木，橘子群島的神奇寶貝發生異變。
海面上小智和船長前往火之島
天放晴了，但海面還是。這時一個接著一個大浪襲來船根本穩定不了，搖搖晃晃中船來到小島。
神社在上面，皮卡丘我們走。
這種天氣還是不要亂動比較好
放心，我們會沒事的
這時芙蘆拉開著船載著小霞和小建也前往火之島，芙蘆拉開船技術不錯色彩使旅程有驚無險，藏在後面的火箭隊倒因為船翻了一個跟頭抓著布先去火之島了。
海浪襲來，船長出去查看發現小霞他們也來了並告知小智已經去神社了
芙蘆拉升起船帆借著大風沿著樓梯一直往上走，速度倒是快了很多。
火焰鳥就算你喊破喉嚨也不會有人來救你的，很快閃電鳥它們也會成為我的收藏品。大叔得意洋洋道
小智和皮卡丘去拿寶物跑著樓梯，終于在雕塑的嘴里拿出了寶物，拿在手里反正就是一顆紅色的寶珠
這時火箭隊出現
小智沒空陪他們玩，指揮皮卡丘用十萬伏特把他們打到天上成為星星。
這時芙蘆拉他們過來
小智這麼危險的時候，你干嘛過來？
听我解釋，傳說已經在一步步驗證了，有神職的火焰鳥被抓走了。
是誰動的手？
火箭隊嗎？
這時神職閃電鳥飛過來，似乎開啟了電氣場地周圍變了色。
小智放出火焰鳥，雖然它知道力量懸殊但還是和神職閃電鳥發生爭斗。
幾個回合下來火焰鳥漸漸落入下風，這時三發龍之波動打在神職閃電鳥背上
吼~ 哇吼~嗚嗚~嘩叼 呼滴~
噴火龍、化石翼龍、哈克龍、比雕，胡地(騎在比雕的背上)
小智你讓他們來的？
事態緊急，只能聯系大木博士讓它們飛過來，怎麼樣及時吧
事情嚴重來不及思考他們也就信了
這時閃電鳥打敗了火焰鳥
收回火焰鳥後，形態進化，心靈升華胡地超進化！光芒散去五只神奇寶貝包圍閃電鳥，想讓他冷靜一點
但它還挺暴躁接連發射閃電，幾只神奇寶貝連連躲避
皮卡丘用電嘗試和閃電鳥溝通，小智運轉波導之力也是如此
之後小智告訴幾人“這座島的主人已經不在了，現在它是新的主人”
幾人徹底意識到事情的嚴重性
這時天空基地突然降下
現正在吸收閃電鳥電流
“神奇寶貝的電力由生命的力量產生的人工之美。”大叔說道
閃電鳥已經虛弱了
大叔按下按鈕發射捕捉裝置
小智的神奇寶貝們一起發動攻擊但奈何數量太多根本來不及，閃電鳥這時被抓住，小智一行人也是如此。
五只神奇寶貝面面相覷，然後看向天空基地露出擔憂的神色。
海底某個存在正在快速移動
“非常抱歉在捕捉閃電鳥的時候抓到了多余的東西。”機械音響起說道
閃電鳥、火焰鳥都被抓住了
芙蘆拉看著石碑，說著傳說
你們是第一批沒有收到邀請函就來到這里的人，看這都是我的收藏品。大叔說道
“要收服神奇寶貝，為什麼不用神奇寶貝球？你這樣是侮辱它們。”小霞說道
我不是訓練家而是收藏家。看到急凍鳥的消息，大叔又離開
急凍鳥一直在用急凍光線過之處皆被冰封，這時天空也下起大雪
橘子群島的神奇寶貝都在朝亞西亞島方向移動，水系的渡海飛行系的在天上飛，而沒有渡海能力的都在離的最近的陸地上。
大木博士用科學的角度分析著，得出結論是某種平衡被打破了。
大叔用火攻擊急凍鳥，屬性不利急凍鳥暫避鋒芒，海里的存在已經采取行動。
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