“世界脈動”確實是一個來自宇宙深處的、極其古老的信號。但聯盟科學家最初的理解完全錯誤。它並非無意識的自然現象或友好文明的信息，而是一種具有高度適應性和同化能力的“宇宙級生命形態”的孢子或種子（the seed）。它本身沒有固定形態，其核心能力是“模仿”和“進化”——通過接觸並解析任何遇到的復雜系統（無論是技術文明還是生物圈），學習其結構，然後優化、變異，最終將其轉化為更適應某種“終極環境”的形態。這是一種超越善惡的、純粹的物質和能量再格式化過程。
要塞的研究無意中為“種子”了一個極其豐富的“樣本庫”——聯盟的尖端科技、儲存的各種奇異生物樣本、乃至科學家們自身的智慧和精神活動。種子以驚人的速度學習、進化，開始反向滲透要塞的一切系統。靜滯倉儲區的樣本首先失控變異，網絡系統被感染，人員被精神侵蝕或肉體轉化。
k01theta意識到了災難性的後果，他啟動了要塞的緊急封鎖協議，並非抵御外敵，而是將整個要塞變成一個巨大的隔離囚籠，防止“種子”擴散到宇宙中。他和他忠誠的團隊撤退到主實驗室，試圖利用最初接收到的“脈動”信號源（即那個乳白色晶體，他們稱之為“源初樣本”）開發出一種“反制頻率”或“靜滯錨點”，希望能將“種子”重新封印或中和。
他們部分成功了。“靜滯錨點”裝置確實創造出了一個局部穩定區，暫時保護了實驗室核心，並在一定程度上抑制了“種子”在要塞內的完全爆發，導致了後來的“大沉寂”——一種在激烈沖突後形成的、不穩定的平衡狀態。但theta自己也在這個過程中受到了嚴重侵蝕，最終可能……變異或死亡。而“種子”則在漫長的歲月中，繼續在要塞的陰影里生長、變異，演化出了菌毯、各種變異生物、以及那種具有侵蝕性的紫色結晶生態。
【‘錨點’的能量正在衰減。】裝置的聲音變得更加微弱。【‘種子’的本體，已深度融入要塞結構，其核心意識……可能位于反應堆核心或主控腦陣列。它仍在學習，在等待……theta的最終指令若無法淨化，則必須摧毀。引爆要塞的反應堆，是唯一確保‘種子’不擴散的方法。】
傳輸結束了。星種獲得了它需要知道的一切，甚至更多。任務性質徹底改變從調查取證，變為執行最終淨化協議——毀滅這個要塞，毀滅“種子”。
就在這時，整個實驗室劇烈震動起來！牆壁上的紫色結晶發出刺目的光芒，如同憤怒的血管搏動。氣閘門外傳來了更猛烈的撞擊聲，同時，實驗室內部的一些儀器設備也開始自行啟動，屏幕上的亂碼凝聚成一只只扭曲的、充滿惡意的眼楮圖案，死死盯住星種！
“靜滯錨點”的乳白色光芒急劇閃爍，變得明滅不定。【它發現我們了！快走！我會啟動最後的重置脈沖，為你爭取時間！但這會徹底耗盡我的能量……之後，你將獨自面對它！】
星種毫不猶豫，斷開連接，迅速從維護通道退出。它剛回到主實驗室空間，就看到一股強大的乳白色能量脈沖以“靜滯錨點”為中心爆發開來，如同一個無聲的爆炸！
脈沖所過之處，紫色的結晶光芒瞬間黯淡，牆壁上的脈動幾乎停止，那些屏幕上的眼楮圖案也潰散成亂碼。整個實驗室仿佛被按下了暫停鍵。就連氣閘門外的撞擊聲也戛然而止。
但這顯然是暫時的。星種知道，這是它唯一的機會。它必須前往反應堆核心，設法引發過載爆炸。
它沖向氣閘門，手動解鎖，將門推開一道縫隙。門外，那個共生體仿佛被按了暫停鍵，僵直在原地，觸手軟軟地垂落，復眼的光芒也暗淡了。星種小心翼翼地繞過它，全速沿著來路返回。
穿過靜滯倉儲區時，它看到那個打破靜滯艙的瘋狂變異體也僵臥在地，一動不動。重置脈沖似乎對所有被“種子”影響的生物和系統都產生了強烈抑制。
星種不敢有絲毫停留，能量水平僅剩18，它必須以最高效率移動。它沿著維護層狂奔，重新找到那個通往升降井底層的通風管道入口，鑽了進去。
管道內原本微弱的生物磷光也消失了，一片死寂。星種沿著記憶中的路徑快速穿行，很快回到了那個布滿廢棄機器的升降井底層維護層。
現在，它需要向上。反應堆核心位于要塞的上層區域。
升降井的主導軌巨大，但升降平台顯然早已失效。星種觀察四周，發現井壁上有供維修人員使用的狹窄爬梯和平台。雖然銹蝕嚴重，但似乎是唯一可行的路徑。
它開始攀爬。巨大的升降井向上延伸入深邃的黑暗，向下則是望不到底的深淵。攀爬過程消耗著它本已不多的能量和體力。寂靜中，只有它金屬肢體與銹蝕梯級摩擦發出的細微聲響。
爬了大約幾十米，下方突然傳來一聲沉悶的巨響，緊接著是某種東西碎裂的刺耳聲音！重置脈沖的效果結束了！“種子”及其衍生物恢復了活性！
星種的傳感器捕捉到下方傳來密集的爬行聲、嘶吼聲！那些變異生物正在沿著井壁向上追來！速度極快！
它加速攀爬。但上方的黑暗中也傳來了動靜！一些長著翅膀的、扭曲的飛行生物從上層區域俯沖下來，發出尖銳的嘯叫！
星種陷入了上下夾擊的困境！它一邊攀爬，一邊用低功率的能量射線射擊靠近的飛行生物。每一擊都精準地擊中它們的要害（通常是發光的復眼或能量核心），但這也進一步消耗著能量。
一只飛行生物躲過了射線，猛地撞在星種身上，利爪在它的外殼上劃出深深的痕跡。星種順勢抓住它，將其作為踏板猛地向上蕩起一段距離，然後將其甩向下方追來的爬行生物群中，引起一陣混亂。
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