在寶可夢中心柔和的燈光下，小智將目光投向噴火龍。這只強大的寶可夢陪伴他經歷了無數戰斗，此刻卻要暫別。
“噴火龍你要在噴火龍山谷好好特訓哦，幫我給紀柯小姐問好。”小智的聲音里帶著不舍與期待。
噴火龍發出一聲豪邁的“吼∼”，巨大的翅膀展開，帶起一陣勁風，隨後騰空而起，飛向遠方。
“小建，我需要甲賀忍蛙、小巨鱷、火球鼠、風速狗、菊草葉和赫拉赫羅斯還有貓頭夜鷹。”小智迅速將注意力轉回接下來的行程。
“沒問題。”小建熟練地操作著交換裝置，很快，幾只寶可夢出現在小智面前。
“菊草葉你打算怎麼帶啊？”莎莉娜好奇地看著正在圍著小智打轉的菊草葉，這只可愛的草屬性寶可夢似乎格外依賴小智。
“她啊比較爭寵我自有辦法。”小智笑著摸了摸菊草葉的頭，眼中滿是寵溺。
小智和莎莉娜來到了阿露福遺跡。古老的遺跡散發著神秘的氣息，周圍的一草一木都仿佛在訴說著過去的故事。
“那是什麼骨頭？”小霞指著地上一塊巨大的骨頭，眼中充滿疑惑。
“那是化…”小智剛要開口。
“那是化石翼龍的化石。”大木博士的聲音從身後傳來。
小智和莎莉娜同時扭頭，驚喜地喊道︰“大木博士。”
“化石翼龍的尾巴的尖端是像那個樣子尖尖的。”大木博士走到骨頭旁，耐心地講解著。
在大木博士的帶領下，小智、莎莉娜和小霞朝著峽谷盡頭走去。
“我的出現是不是讓你們多走遠路了。”大木博士略帶歉意地說道。
“沒那回事，這樣走比較有趣，而且，擴展對神奇寶貝的見聞也是成為神奇寶貝大師的必經之路。”小智臉上洋溢著興奮的笑容，對前方未知的探索充滿期待。
“博士，你說過有東西讓我們看是不是。”莎莉娜迫不及待地問道。
“我的學生在這里，他說有驚人的發現，讓我不管怎麼樣，一定要抽空過來看一下。”大木博士解釋道。
不一會兒，眾人走進了峽谷盡頭的研究所。
“大木博士，太好了，您終于來了。”一個年輕的研究員迎上來，他就是佐竹。
“真是好久不見了，佐竹同學。我來介紹一下，這位是在彩虹大學選修我的課的佐竹同學。”大木博士向小智和莎莉娜介紹道。
“你好。”小智和莎莉娜齊聲說道。
“大木博士，這些孩子是…”佐竹有些疑惑。
“你說有驚人的發現，我就順便帶他們來看看。”大木博士笑著說，“別那麼見外嘛，讓他們擴展對神奇寶貝的見聞，也是成為神奇寶貝大師的必經之路啊。而且小智也是博士啊。”
“請讓我們看看你的大發現。”小智眼神中閃爍著渴望。
“拜托你讓我們看。”莎莉娜也在一旁附和道，皮卡丘也跟著“皮卡∼”叫了一聲。
“既然你們是博士的朋友，好，那就破例。”佐竹最終答應了他們的請求。
“佐竹先生，謝謝你。”小智感激地說道。
就在這時，莎莉娜看到旁邊有一位工作人員正在拿一個噴水的裝置沖洗骨頭。
“那是在做什麼？”莎莉娜好奇地問道。
“他現在在清洗化石上面的泥土，用毛刷也刷不掉的泥土與不純物質，就用那個噴射水流來去除，然後用電腦分析洗干淨的化石，調查看看是哪個生物的哪個部分。”佐竹詳細地解釋道。
然而，工作人員手上的儀器突然有幾秒間斷不出水。
“無奈）啊，又故障了。”佐竹皺起眉頭，一臉無奈。
“怎麼了？”大木博士關切地問。
“最近的水流不太穩定，水是采掘作業中，非常重要的東西呀。”佐竹解釋道。
“水源在哪里？”大木博士繼續追問。
“在後面的森林深處，那里有個地方有豐富的地下水，是從那邊引過來的。”佐竹回答。
在解決了水流問題的小插曲後，小智等人開始正式參觀研究所。
研究所內擺滿了各種古老的化石和研究資料，仿佛是一個神奇寶貝古代史的寶庫。
“佐竹專研的是神奇寶貝的古代史吧。”大木博士看著忙碌的佐竹，說道。
“是的，怎麼樣，是不是很多呢，這些都是古代神奇寶貝的全身骨骼。”佐竹自豪地展示著自己的研究成果。
“是鐮刀盔耶。”小剛仔細端詳著一具鐮刀盔的化石，驚嘆道。
“有人說神奇寶貝的出現，大概從兩百萬年前開始，這個理論的依據來自發鐮刀盔化石的那個地層的年代，所以我的看法是出現的時間應該更早才對。”佐竹開始闡述自己的研究觀點。
“如果我沒記錯的話，你的畢業論文好像也是類似的主題。”大木博士回憶道。
“嗯，從那個時候開始，我提倡的海洋神奇寶貝的起源說一直都沒有改變。”佐竹堅定地說。
“海洋神奇寶貝起源說！”小霞听到這個新奇的理論，眼楮一亮。
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“一切生命的起源就在大海，所以代表神奇寶貝的路徑的根源一定也在大海里面。”佐竹繼續解釋。
“很早之前，海洋中蘊含著大量的營養物質，在漫長的歲月里，這些物質不斷發生化學反應，逐漸產生了生命所必需的物質。最初，單細胞生物在海洋中誕生，它們在適宜的環境下不斷進化，隨後多細胞生物出現。隨著時間的推移，植物、動物乃至人類也逐步演化而來。神奇寶貝同樣是生命體，它們的誕生過程與人類有著相似之處，所以海洋神奇寶貝起源說是一個極具說服力的假說。” 佐竹
小智認真听完佐竹的講解，沉思片刻後說道︰“很早之前，水中會有較多的營養物質，隨著演化，會產生很多生命所必須的物質，單細胞的生物就因此出現了，後來逐步出現多細胞生物、植物、動物和人類，當然這中間會有許多不為人知的事情發生，也是很多研究學者所探究的問題。神奇寶貝也是生命體，所以和人類的誕生過程差不多，海洋神奇寶貝起源的確是一個很實際的假說。”
“你懂得還真多耶。”佐竹驚訝地看著小智，眼中滿是贊賞。
“哪里。”小智有些不好意思地撓撓頭
佐竹站在建築前，身姿挺拔，眼神中透著興奮與期待，他看向身旁的大木博士、小智、小剛和莎莉娜，聲音中滿是自豪地說道︰“那麼現在，我來帶領各位到兩百萬年前的世界。”
眾人跟隨著佐竹，腳步不自覺地加快。來到一扇厚重的門前，佐竹伸手握住門把，輕輕一推，門緩緩打開，一股清新而又帶著遠古氣息的風撲面而來。
眾人踏入房間，眼前的景象讓他們瞬間屏住了呼吸——一個生機勃勃的世界展現在眼前。
廣袤的土地上，奇異的植物肆意生長，高大的蕨類植物如同綠色的巨傘，隨風輕輕搖曳。遠處，連綿的山脈巍峨聳立，山頂雲霧繚繞，仿佛隱藏著無數的秘密。
就在這時，一聲尖銳的鳴叫劃破長空，一只化石翼龍從眾人頭頂飛過。它矯健的身姿在空中劃出一道優美的弧線，不過它的背上有兩根繩子，顯得有些奇怪。
莎莉娜瞪大了眼楮，驚訝地指著化石翼龍說道︰“那個是…”
佐竹微笑著解釋道︰“這是依照古代神奇寶貝的最新資料，以及最先進的動畫電子技術做出來的化石翼龍。”
“也就是機器人咯。”莎莉娜恍然大悟地點點頭。
大木博士仔細端詳著化石翼龍，贊嘆道︰“做得太好了。跟小智的化石翼龍有得一拼。”
小智則好奇地四處張望，忍不住問道︰“這里到底是…”
佐竹的神情變得莊重而自豪，他緩緩說道︰“這里就是古代神奇寶貝公園，是重造古代神奇寶貝生活環境的娛樂兼學術的空間。由于調整系統要花很多時間，所以還沒有對外開放。”
話音剛落，一聲巨大的轟鳴聲響起，地面微微震動。小智等人急忙循著聲音傳來的方向望去，只見不遠處的一座火山爆發了。
火紅的岩漿如洶涌的河流，從火山口噴涌而出，熾熱的火焰照亮了半邊天空，滾滾濃煙直沖雲霄。
“火山！”小智驚呼一聲，眼神中充滿了震驚與興奮。
佐竹看著火山，語氣沉穩地說道︰“我說過要重現那個環境的，古時候的大陸受到頻繁的火山活動的影響，大地有時候會沉入或是冒出大海。”
大木博士若有所思地點點頭，補充道︰“由于那個變動，也給生命的進化帶來非常巨大的影響。”
眾人帶著滿心的震撼，繼續向前走去。不一會兒，他們來到了水邊。突然，莎莉娜指著水面，驚訝地說道︰“那個岩石在發光耶，好不可思議哦。”
大木博士蹲下身子，仔細觀察著發光的岩石，臉上露出了欣慰的笑容︰“這個是發光青苔。”
“發光青苔？”莎莉娜充滿好奇地問道。
佐竹也蹲下來，耐心地解釋道︰“太古時候的海邊有很多這種東西，這是我們從化石分析中了解的。”
小智這時想起了之前佐竹提到的大發現，迫不及待地問道︰“話說回來，你說的大發現是指……”
佐竹笑著擺擺手︰“你們未免也太性急了吧。”
大木博士也笑著說道︰“不瞞你說，我也很想趕快知道。”
佐竹神秘地笑了笑︰“啊…不用太著急，只要站在這里，那個大發現就會自己出現的。各位，這里是完全仿照兩百萬年前的海岸的地方，你們要仔細看清楚了。”
就在眾人翹首以盼的時候，平靜的水面突然泛起了陣陣漣漪。
緊接著，從水里緩緩出來了兩只菊石獸和一只多刺菊石獸。它們可愛的模樣，在水中緩緩游動，仿佛是從遠古走來的精靈。
“那個是…”莎莉娜瞪大了眼楮，滿臉驚喜。
“是菊石獸和多刺菊石獸！”小智興奮地喊道。
莎莉娜仔細端詳著它們，驚嘆道︰“做得好像真的。”
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小智眼神堅定，語氣肯定地說道︰“不，是真的神奇寶貝，這應該就是大發現了。”
佐竹驚訝地看著小智︰“你居然看出這是真的神奇寶貝！”
小智自信地點點頭︰“嗯，我能感覺得出來。而且我也有收服過。”說著，他的腦海中不禁浮現出曾經與自己的神奇寶貝並肩作戰的畫面。
大木博士蹲下身子，和藹地和菊石獸、多刺菊石獸打招呼。隨後，他抬起頭，看向佐竹問道︰“佐竹同學，你是在哪里發現的這個菊石獸跟多刺菊石獸的？”
佐竹神情有些疑惑，回憶道︰“其實，當我注意到的時候，它們已經跑進這里了，不知道是不是這里住起來太舒服了，它們都沒有離開的意思，既然它們中意這個環境，我就決定在這里觀察它們這些活化石。”
小智皺起眉頭，擔憂地說道︰“可是，要是這里開放的話…”
佐竹無奈地點點頭︰“對，我想會引起大騷動的，也就是因為這個原因，才請博士過來，想要商量整個對策。”
大木博士站起身，目光柔和地看著菊石獸和多刺菊石獸，說道︰“這個地方剛好成了培育它們的最佳環境。”
隨後，佐竹帶著眾人來到了監控室。房間里，一排排監視器整齊排列，屏幕上實時顯示著公園各個角落的畫面。
大木博士看著監視器，說道︰“你就是在這里進行菊石獸跟多刺菊石獸的觀察啊。”
佐竹點點頭︰“是的，這些監視器本來是用來做保全的，現在成了24小時使用的觀察攝影機。”
莎莉娜看著屏幕中可愛的菊石獸和多刺菊石獸，臉上露出了溫柔的笑容︰“看到它們那可愛的模樣，我的心也跟著好安祥哦。”
突然，小智指著其中一個監視器的顯示屏，激動地喊道︰“啊！這個！這個！”
大木博士順著小智指的方向看去，只見屏幕中又多了一只菊石獸和多刺菊石獸。
“啊！”大木博士也忍不住驚呼出聲。
“還有另外一只菊石獸！”莎莉娜興奮地說道。
“多刺菊石獸有兩只！”小智滿臉驚喜。
大木博士沉思片刻，轉頭問佐竹︰“水是從哪引來的？”
佐竹回答道︰“剛才跟您提過的後山的水源。”
就在這時，一位工作人員慌慌張張地跑了進來，氣喘吁吁地說道︰“佐竹主任，糟糕了！”
佐竹連忙問道︰“怎麼了？”
工作人員焦急地說︰“設施內全部的供水完全都中斷了。”
大木博士神情嚴肅地說道︰“佐竹同學，帶我們到水源去。”
“知道了。”佐竹應道。
眾人迅速跟著佐竹來到停車場，坐上一輛越野車。佐竹發動車子，越野車在崎嶇的山路上快速行駛。
一路上，車子顛簸得十分厲害，大木博士忍不住抱怨道︰“這條路是怎麼搞的嘛！”
“我快咬到舌頭了。”大木博士苦著臉說道。
佐竹解釋道︰“這附近很少有人進來的。”
終于，越野車抵達了水源處。佐竹把車停好，眾人下車後，眼前的景象讓他們憤怒不已。
只見火箭隊三人組——武藏、小次郎和喵喵正在忙碌著，水池邊散落著許多寶特瓶，而水池里，許多菊石獸和多刺菊石獸被火箭隊抓住，它們掙扎著，發出無助的叫聲。
“火箭隊！你們不是挑戰道館去了嗎？”小智憤怒地喊道。
佐竹看著火箭隊，一臉疑惑地問道︰“你們是什麼人啊？”
火箭隊三人組擺出標志性的姿勢，大聲念起了開場白︰“既然你誠心誠意地發問了！”
“我們就大發慈悲地告訴你！”
“為了防止世界被破壞！”
“為了守護世界的和平！”
“貫徹愛與真實的邪惡！”
“可愛又迷人的反派角色！”
“武藏！”
“小次郎！”
“我們是穿梭在銀河的火箭隊！白洞，白色的明天在等著我們！”
“就是這樣！喵~”
莎莉娜指著水池說道︰“你們看，好多菊石獸被抓了。”
“還有多刺菊石獸。”小智心疼地看著被抓的神奇寶貝。
小次郎繼續炫耀道︰“你們羨慕吧，水池里面多的抓不完。挑戰道館也不耽誤我們捕捉寶可夢。 ”
武藏做了個鬼臉，囂張地說道︰“我們不會送給你們的。”
佐竹看著火箭隊用來裝水的寶特瓶，疑惑地問道︰“那些寶特瓶是…”
喵喵得意地說道︰“我們要在全國銷售阿露福的名水，為我們創造光明的未來喵。”
“什麼！”佐竹憤怒地握緊了拳頭。
大木博士皺起眉頭，分析道︰“佐竹同學，古代神奇寶貝們可能是因為他們破壞了水源，才逃到神奇寶貝公園的吧。”
“居然做這種事！”佐竹怒不可遏。
武藏冷笑一聲，喊道︰“為了明天我們美好的感覺，今天你們就得體會討厭的感覺了。去吧，阿柏怪！”她拋出神奇寶貝球，一只阿柏怪瞬間出現在眾人面前，它吐著信子，眼神凶狠。
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小次郎也不甘示弱，喊道︰“雙彈瓦斯也去吧！”雙彈瓦斯搖搖晃晃地出現，身上散發著難聞的氣味。
小智毫不畏懼，眼神堅定地喊道︰“貓頭夜鷹就決定是你了！”他拋出神奇寶貝球，一只帥氣的貓頭夜鷹展翅飛了出來。
戰斗一觸即發。阿柏怪率先發動攻擊，它快速地沖向貓頭夜鷹，身體如同一道黑色的閃電。
貓頭夜鷹敏捷地閃避，然後迅速飛到空中，發出尖銳的鳴叫，使用了“空氣斬”。強大的氣流如同利刃般向阿柏怪和雙彈瓦斯襲去。阿柏怪和雙彈瓦斯連忙躲避，但還是被氣流擦傷。
武藏和小次郎見勢不妙，指揮著神奇寶貝繼續反擊。雙彈瓦斯噴出大量的煙霧，試圖迷惑貓頭夜鷹。
然而，貓頭夜鷹憑借著敏銳的視力和听力，在煙霧中準確地捕捉到了對手的位置。它俯沖而下，用利爪狠狠地抓向雙彈瓦斯。雙彈瓦斯疼得發出一聲慘叫。
這時，阿柏怪繞到貓頭夜鷹身後，想要發動偷襲。小剛見狀，大喊道︰“小心後面！”小智立刻反應過來，指揮貓頭夜鷹使用“電光一閃”。
貓頭夜鷹瞬間消失在原地，下一秒出現在阿柏怪身後，狠狠地撞擊在阿柏怪身上。阿柏怪被撞得飛了出去，重重地摔在地上。
在激烈的戰斗中，莎莉娜也在一旁為小智加油助威。經過一番激烈的較量，火箭隊的神奇寶貝漸漸體力不支。
小智抓住機會，指揮貓頭夜鷹發動了最後的攻擊。貓頭夜鷹使出全力，發出一道強大的“勇鳥猛攻”。巨大的力量將阿柏怪和雙彈瓦斯直接擊飛，火箭隊三人組也被波及，摔倒在地。
“我們一定會回來的！”火箭隊三人組不甘心地喊道，然後乘著熱氣球灰溜溜地逃走了。
眾人看著火箭隊離去的背影，松了一口氣。他們急忙跑到水池邊，解救被抓住的菊石獸和多刺菊石獸。
看著重新獲得自由的神奇寶貝們歡快地游回水中，大家臉上都露出了欣慰的笑容。
莎莉娜看著水中的神奇寶貝，有些不舍地說道︰“不知道這些神奇寶貝還會不會再來公園玩。”
佐竹搖搖頭，眼神中帶著一絲遺憾︰“不，這里恢復平靜以後，它們可能不會再回來了。”
“啊？”莎莉娜滿臉驚訝。
佐竹望著遠方，緩緩說道︰“因為它們有它們該呆的地方，這底下不知道是一個什麼樣的地方。”
小智沉思片刻，說道︰“讓它們一直這個樣子或許挺好的，讓研究所的也都放到這里吧。”
大木博士贊同地點點頭，語重心長地說道︰“也可以，就讓這保持原樣吧，我們現代的人踫到這種情況很難不像剛才那樣引起騷動的，為了保護菊石獸們的生活環境，什麼都不做是最好的方法，我們絕對不可以去破壞過去還有現在的平衡。”
佐竹恭敬地說道︰“是，您說的對，大木博士。”
夕陽西下，余暉灑在這片神奇的土地上，小智和莎莉娜帶著滿滿的收獲和對神奇寶貝更深的敬意。
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