這故事發生在歸墟古籍館，就像一個神秘的書蟲王國。黃凱這小伙子，剛接手這古籍館才第三天，就被一堆破事兒纏上了。
這館里的書啊，堆得像小山似的，每本都有蟲洞，看著就可疑。前任管理員陳默失蹤都三年了，這書就這麼一直堆著。
這天，黃凱正蹲在地下室，手指摸著《林氏族譜》的封皮。這封皮是深棕色的絹布，上面爬著幾條帶金色紋路的書蟲，就像有人用細筆在蟲背上畫了指紋，怪滲人的。
突然，門口傳來王伯的聲音“小同志，我昨天看的那章咋沒了？”王伯是這館里的常客，天天來查《林氏族譜》，說是要找他父親當年在晚清縣衙當差的記錄。
黃凱趕緊翻開族譜，嘿，原本標著“光緒二十三年”的頁面真就空了，紙頁邊緣還有整齊的啃痕，就像被啥東西精準咬掉了一樣。
黃凱含糊地解釋“可能是我整理時放錯了？”王伯搖搖頭，從口袋里掏出幾粒金色顆粒“剛才翻書時掉出來的，像蟲屎，你瞅瞅。”黃凱接過，這顆粒在手心燙得厲害，就像藏著一團沒熄的火。
到了後面，黃凱在顯微鏡下看到書蟲，觸角上刻著極小的“陳”字，翅膀的紋路和陳默的指紋一模一樣。他翻出陳默的入職資料，照片里的陳默戴著圓框眼鏡，指尖沾著墨漬，笑得那叫一個溫和。黃凱就納悶了“陳哥，你留下的蟲，到底想告訴我啥？”
下午，古籍修復師李姐來取書，翻開《晚清冤獄錄》就叫起來“這章‘林秀沉塘’咋沒了？我上周還幫你補過頁呢！”黃凱湊過去一看，書頁上全是規則的蟲洞，就像有人用圓規畫了圈。李姐摸著蟲洞邊緣，臉色發白，說“這不是普通書蟲咬的，像在啃記憶。”
當晚，黃凱在書堆里發現一個鐵盒，里面裝著陳默的日記。最後一頁寫著“書蟲在吃《林秀冤獄》的內容，趙元不讓我恢復。他們要殺我。”頁腳還沾著暗褐色的血漬，看著就像個警告。
再後來，黃凱發現自己對童年照片里和陳默的事兒完全沒印象，就給母親打電話。母親沉默半天說“陳默是你爸的朋友，當年幫過我們。後來他失蹤了，你爸說別問了。”
掛了電話，黃凱發現手心沾著早上從《林氏族譜》里掉出來的金色顆粒。他鬼使神差地放進嘴里，突然就想起小時候陳默蹲下來給他水果糖，還說“小凱，等你長大，要幫我守住這些書。”
黃凱握著照片走進地下室，在牆角的舊書堆里發現了陳默的尸體，手指上還戴著圓框眼鏡。突然，尸體旁邊的書蟲動了起來，金色紋路拼成陳默的臉，傳來聲音“小凱，你來了。林秀的冤情被篡改了，趙元收了地主的錢，把她寫成蕩婦。我試圖恢復，他害死了我。書蟲是我的冤魂，我要讓趙元付出代價。”
黃凱服用了一顆蟲糞藥丸，看到了林秀的記憶。原來光緒二十三年，林秀拒絕了地主周福的追求，被周福誣陷通奸，綁到池塘邊，村民們扔石頭罵她，她喊著“我沒做”被推進水里，最後一眼還看見周福拿著《晚清冤獄錄》冷笑。
黃凱找到《林秀冤獄》的原本，上面有陳默的批注，他把原本掃描發給市博物館的研究員。研究員說這是重要史料，如果是真的，林秀的冤情能平反。
第二天早上，古籍館亂成一團，讀者們抱著書哭，說自己記不得論文，族譜里沒了爺爺名字。黃凱一翻，發現所有關于林秀的章節都被啃光，蟲洞拼成“真相”二字。
趙元來了，挺著個大肚子，不耐煩地指責黃凱。黃凱把陳默的日記扔給他，說“你害死了陳哥，篡改了林秀的冤情，現在書蟲在復仇！”
趙元嘴硬說黃凱瘋了，可剛要走就被無數書蟲爬上腿，金色紋路拼成林秀的臉，喊著要他付出代價。趙元被書蟲咬得滿地打滾，只好哭著承認罪行。
陳默的怨靈出現，書蟲回到他身邊。他對黃凱說“小凱，謝謝你。林秀的冤情就要平反了，我可以安息了。”
趙元被警察帶走，黃凱把《林秀冤獄》的原本交給博物館，研究員說林秀的冤情能平反。當晚，古籍館里蟲鳴像歌聲，被啃光的章節又回來了。窗外，陳默和林秀的鬼魂朝黃凱揮手後消失在月光里。
三個月後，歸墟古籍館重新開館。黃凱站在門口笑著迎接讀者。一個小讀者舉著《格林童話》跑過來說有蟲洞，黃凱翻開，蟲洞拼成“加油”二字。他笑著摸摸小讀者的頭。
晚上，黃凱坐在地下室翻開陳默的日記，在最後一頁加了一行字“陳哥，林秀的冤情平反了，你可以安息了。我會守住歸墟館，守住所有的記憶。”窗外蟲鳴響起，像陳默的笑聲，黃凱抬頭，看見月亮里有個戴圓框眼鏡的男人朝他揮手。故事到這兒，也就完咯。
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