故事主角叫黃龍木。有一天，黃龍木來到一座破廟前。他伸手推開那破廟的木門，哎喲，掌心一下子就被門環上的銹刺扎破了，血珠子“滴答”就掉了下來。這血滴到了院子里的那株枯樹上，嘿，你猜怎麼著？那原本虯結的枝干，眨眼間就冒出了翡翠一樣的新芽。更嚇人的是，枝頭垂落著一顆顆赤紅的果實，半透明的果皮下，隱隱約約能看見人類指骨的輪廓，就跟蜷縮在里面似的。
這時候，一個白眉老僧從陰影里走了出來，他腕間的佛珠上串著九顆跟枝頭一樣的果實。老僧說“此乃血菩提。食之可治百病，代價是替人還債。”黃龍木听了，下意識地攥緊了懷里的藥包，想起病榻上咳血的母親。他一咬牙，就把那果實吞了下去。剛一吞下，後背猛然一陣灼痛，皮膚浮出樹根狀的血紋，耳朵邊還響起了萬千怨魂的嘶吼“第九世了……終于找到替身……”
母親痊愈的那天夜里，黃龍木在鏡子里一看，自己居然變成了個穿百衲衣的僧人。這僧人正把信徒往沸騰的藥爐里推呢，那爐壁上刻著《業債錄》，跟老僧手里那本一模一樣！黃龍木發瘋似的沖回破廟，卻看見老僧已經成了干尸。尸身心口插著截菩提枝，枝頭果實里嵌著半塊頭蓋骨。黃龍木扯斷尸身的佛珠，九顆血菩提滾落在地，果肉裂開，露出了森白的骸骨，拼出了一幅殘缺的地圖。干尸突然睜眼，說“你吃的……是渡塵法師的佛骨啊……”
黃龍木後背的血紋日夜灼燒，每道紋路在延伸的時候還顯露出了字跡。上面寫著第一世，假稱聖藥，引信徒溺斃求雨；第四世，哄騙饑民食土，脹死三千人；第七世，散播疫鼠，稱是降魔功德。等血紋蔓到心口的時候，渡塵法師的怨靈在銅缽里顯形了，說“看看你救的母親！”銅缽里映出母親的腹腔，她愈合的肺葉上，正長出跟血菩提一樣的果實！
黃龍木順著佛珠骨片的地圖，找到了黑水潭。潭底沉著百具腰捆經幡的骸骨，正是《業債錄》里記載的求雨信徒。他一踫到水面，前世的記憶“轟”地一下就灌進腦袋里了。原來渡塵法師把信徒踹下懸崖，說龍王要活祭。現實里的潭水突然暴漲，無數青白手臂拽著他往下沉。掙扎的時候，他摸到崖壁上刻著“以命抵命”。潭底的骸骨突然集體昂頭，百道水柱像鎖鏈一樣纏住他，那窒息感差點把他魂魄都刻進去。
荒年祠堂里，供桌上堆著觀音土捏的饅頭。黃龍木掰開饅頭，里面裹著干癟的胃囊，就是渡塵哄騙饑民吃下的致命黏土。怨氣從胃囊里蒸騰出來，凝成了個腹部鼓脹的鬼童，說“法師說吃土能成佛……”鬼童猛地撕開肚皮，泥漿噴濺的地方，地面裂開了巨縫。黃龍木掉進墳窟的時候，看見自己前世笑著在名冊上勾畫，說“又超度四十七人”。墳土一下子像活埋一樣壓實，他肺葉里都擠出了土腥味。
亂葬崗的鼠洞涌出黑霧，霧里還飄著渡塵法師的誦經聲“瘟魔散盡，功德無量……”黃龍木踢開殘碑，碑下壓著疫鼠干尸堆成的塔，塔頂供著半顆還在跳動的心髒。渡塵怨靈從鼠塔鑽出來說“這是你第七世的心。每顆血菩提都結在這心上。”鼠尸突然復活，咬住黃龍木的腳踝。潰爛的傷口里鑽出蛆蟲，蟲體居然組成了《業債錄》缺失的第八頁“弒師奪寺，以師血澆灌初代菩提”。
黃龍木剜出母親肺葉上的果實，按進自己胸膛。血肉交融的時候，他看見了渡塵法師的終極秘密。初代菩提竟然是渡塵的師父！老僧為了鎮壓徒弟的惡行，自願被煉成樹妖。渡塵弒師後，把師父的骸骨碾碎混入樹種，讓每顆果實都藏著師父的骨屑。信徒吃下果實，業債就通過骨屑轉嫁。渡塵在血霧里尖嘯“你母親吃的……是我師父的指骨……現在輪到你了！”
亂葬崗升起了九座墓碑，分別刻著前八世受害者的死法。黃龍木把血菩提按進碑上的凹槽。溺亡碑嵌上果，潭底浮起超度經幡；饑荒碑嵌上果，鬼童吐出帶血黏土；瘟疫碑嵌上果，鼠塔心髒停止跳動。當第八顆果實嵌入弒師碑的時候，渡塵法師的殘魂從碑里剝離出來，說“還差……最後一顆……”黃龍木猛然撕開後背，血紋匯聚的地方，第九顆血菩提正從他脊柱上長出來！
黃龍木摳出脊骨上的菩提，按向第九碑。碑面顯出血字“第九業誘騙九世轉生者食己骨”。渡塵的狂笑一下子就停了。原來黃龍木吞食的果實里，藏著他第一世為求雨溺死的親弟弟的骸骨！九碑轟然炸裂，菩提樹根從地底爆出來，纏住渡塵的魂魄，渡塵喊著“師父……您算計我九世……”樹根刺入渡塵靈體瘋狂吸食，枯樹瞬間花開如血。每朵花蕊里，都坐著個被超度的怨靈。
血菩提樹在晨曦中枯萎了，最後九朵花掉進黃龍木掌心，化作青灰飄散。母親站在廟門外，鬢角新生的黑發間別著朵小白花。母親說“法師留了東西給你。”她指向樹坑。坑底埋著銅缽和《業債錄》，書頁最終頁浮現出新字“業債非贖，唯自渡可解”。當黃龍木捧起銅缽，枯樹樁抽出了碧綠新芽，這次沒有骸骨，只有露珠在葉脈間流轉，就跟梵文似的。遠處山道上，有個咳血的男人正朝著破廟走來，腰間還別著剛摘下的血菩提……這故事啊，也就到這兒結束了。
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