二世見趙高沒有擅自做主提審已在天牢的李斯，心想這般不管不問也非長久之計，于是便向趙高說道，左丞相李斯涉嫌圖謀不軌之罪，此乃朝中大事，朕要找個偵辦過此類罪案的御史與愛卿一道辦差，待朕想好之後，過兩日會讓御史專程去往天牢訊問李斯。
趙高一看二世這般安排，心里已是有些慌張，看來二世對李斯涉嫌圖謀不軌，還是有些不太相信，而且特意安排御史與自己一道偵辦此案，明顯是對自己一人偵辦李斯圖謀不軌之罪，有些不太放心。
趙高一想到二世心疑李斯之罪，不禁啞然失笑，幸虧自己早有應對之策，要不然二世派出御史前去天牢訊問李斯，李斯死不簽字供認，還真不好給李斯定罪。
趙高找來一名信得過的手下，讓其穿上內宮近侍的官服，前往天牢，說是奉二世指派，前來問詢李斯圖謀不軌之事。李斯一看二世果然派來內宮近侍過問自己含冤之事，連忙舉證自己從未與先皇夫人嬪妃及諸位公子沒有往來，也從未與朝中群臣有過私相教受，更是從未有過欺瞞哄騙二世之事。
趙高一邊看著手下拿來的李斯書寫的自證書簡，一邊審視著李斯書簡中的破綻之處。趙高讓手下拿著李斯親自書寫的自證書簡，當面質問李斯書簡中的破綻。先皇夫人嬪妃及諸位公子皆已奉召自盡，死無對證，李斯再是書寫清白之詞，此刻也是百口莫辯，趙高手下更是按照趙高交代，借著李斯書簡中的死無對證之事，對著李斯就是一頓拳打腳踢。
這趙高手下也是按趙高私下吩咐，只對著李斯腰腹胸背動手，不打臉面，而且毆打之後，就給李斯換上新衣服，讓人看不出李斯被人毆打過。李斯已是年逾古稀之人，幾次三番之後，李斯已是被打得神智失常，一見來人詢問圖謀不軌之事，就嚇得失禁當場，不等來人細細詢問，就連忙親口承認自己卻有圖謀不軌之事。
沒過幾日，二世派出的御史前來天牢提審李斯，御史才是問起李斯有何圖謀不軌之事，李斯不等御史細細詢問過往之事，就連聲說道是自己私下與先皇夫人嬪妃及諸位公子相交，攛掇群臣攔阻陛下。御史初始也是不敢相信李斯之言，再三確認之後，這才拿著李斯親口說出的口供書簡回去復命。
二世接到御史奏報，一臉不可置信，看著手中的李斯親筆簽名的口供書簡，略帶嘲諷地對著趙高說道，朕是何等信賴李斯，李斯焉能做出如此悖逆之事。二世氣憤至極，讓趙高依秦律，嚴懲李斯。趙高見二世已對李斯恨之入骨，便給李斯定了腰斬之刑。
李斯腰斬之後，趙然特意趕到趙高家中，還未落座就急急問道，兄長，李斯被處腰斬之刑，真是陛下親口應允。趙高淡然說道，那還能有假，以李斯之職，非陛下親頒王命，何人敢處李斯腰斬之刑。