傅斯年是幸運的，他從北大預科升入本科是一九一六年夏，而半年後，就迎來了引領北大脫胎換骨的新校長蔡元培。
一九一七年一月四日，嚴冬的北京，北京大學的大門口，校工們列好了隊站在道上靜靜等著。過來了一輛馬車停在大門口，門簾掀開後，下來了一個戴眼鏡的瘦瘦的儒雅中年人，沉靜地走到了大家面前。
這就是他們的新校長蔡元培。
校工們馬上齊刷刷地鞠躬致敬。誰也沒想到，這位校長大人馬上也脫下頭上的禮帽，鄭重地向校工們深深地回鞠一躬。這突如其來的動作，簡直讓大家又是錯愕，又是受寵若驚。
如前所說，北大的前身是京師大學堂，本身充滿了官氣，而且官本位的劣習一樣不拉。也難怪校工們對校長這個大學衙門里“最大的官”給他們這些听差回禮要感到錯愕了。
此後蔡元培每天出入校門，當校衛向他行禮時，他照樣脫帽鞠躬。
這一“脫帽鞠躬”的尋常舉動，很快在北大的校園傳開。後來很多北大人回憶說，此舉給北大帶來的卻是強勁的震撼，如陣陣春風，在北大的校園蕩漾。
傅斯民早就听說蔡元培這位如雷貫耳的的人物來北大當校長，和很多的北大人一樣，可以說是充滿期待。听說了“脫帽鞠躬”這件事後，傅斯年久久沒有作聲，更加對這位新來的校長刮目相看。
蔡元培（1868年1月11日－1940年3月5日），字鶴卿，又字仲申、民友、孑民，浙江紹興府山陰縣（今浙江紹興）人。清光緒進士 。是公認的教育家、革命家、政治家。曾任國民黨中央執委、中華民國國民政府委員兼監察院院長、中華民國首任教育總長，是國民黨四大元老之一。
蔡元培同孔子、墨子、朱熹 、老子、王詡、王守仁、陳獻章、何子淵、厲麟似等十人，被稱為“影響中國歷史的十位教育大家”。
毫無疑問，蔡元培的一生是偉大的一生，而當北大校長的經歷，則是他人生中精彩的篇章。
蔡元培對北大的全面的整頓和改革，有一系列的舉措，最引人矚目的是他提出的“囊括大典，網羅眾家，思想自由，兼容並包”的辦學方針。正如他的一句名言︰“大學者，‘囊括大典、網羅眾家’之學府也。”
凡是有人的地方，總要有不同的人，不同的思想和觀念。對同樣一件事，看法也很難沒有分歧。要使這些不同的人，不同的思想，不同的觀點，能夠在相處在一起，這便是“兼容並包”。不僅僅是求同存異，而是不同的人，不同的思想，不同的觀點能夠互相包容，進而能夠在一起和諧相處。
何為共和，或許共和真諦就是“兼容並包”。
所謂我不同意你的觀點，但我誓死捍衛你發表意見的權力。毫無疑問，一個社會能實現兼容並包，標志這個社會已發展到了民主社會的較高階段。
一個兼容並包的社會肯定是個偉大的社會，一個對自己充滿自信的社會。
蔡元培提出“囊括大典，網羅眾家，思想自由，兼容並包”的辦學方針。其意義可不止是使不同的人，不同的思想和觀念的人，能夠相處在一起，不是的。其更大的意義在于學術方面。
正是在這個“囊括大典，網羅眾家，思想自由，兼容並包”十六字的辦學方針指導下，北大的思想和學術呈現出繽紛萬象、百家齊鳴的景象。
“囊括大典，網羅眾家，思想自由，兼容並包”十六字的辦學方針，鼓勵師生學術爭鳴，培養學生的思辨力，開創學術自由的風氣，促進新思潮的傳播。
當年蔡元培時代的北大學生，後任國立中央大學、清華大學校長的羅家倫這樣說︰“以一個大學來轉移一時代學術或社會的風氣，進而影響到整個國家的青年思想，恐怕要算蔡孑民時代的北京大學。”
胡適、陶行知的老師，美國著名教育家、哲學家、社會學家、實用主義學派創始人約翰?杜威也說過這樣一段話︰“拿世界各國的大學校長來比較，牛津、劍橋、巴黎、柏林、哈佛、哥倫比亞等等，這些校長中，在某些學科上，有卓越貢獻的，不乏其人；但是，以一個校長身份，而領導那所大學對一個民族、一個時代，起到轉折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二個。”
肯定地說，曾經潛心于國學的傅斯年，所以能積極投身新文化運動，一個重要原因，是受蔡元培的影響。
為了打破北京大學舊有沉重的暮氣，蔡元培上任北大校長之後，積極羅致具有新思想的人才。到校不到十天，他便聘陳獨秀到北大任文科學長，並把當時開一代新風的《新青年》雜志也遷到北京大學。又聘請最早的馬克思主義者李大釗擔任圖書館主任，兼經濟學、歷史學教授。還聘請魯迅兄弟、錢玄同、劉半農、沈尹默、楊昌濟等到北大任教，同時又羅致了一批剛從國外學成歸國的新型學者，如胡適、李四光等充實北大教師隊伍。一時之間，北京大學成為新式人才的匯聚之地，也同樣成為新文化運動的策源地。
置身這樣的洪流之中，像傅斯年這樣的愛學習，肯思考，追求進步的青年，怎麼可能置身事外呢？
一九一八年八月，傅斯年上書蔡元培，對當時大學分科提出了不同意見。題目是《論哲學門隸屬文科之流弊》。提出︰“哲學不應隸屬文科，而應隸屬于理科，其根據是哲學與自然科學聯系更為密切。”
他論述說︰“中國人之研治哲學者，恆以歷史為材料。西洋人則恆以自然科學為材料。考之哲學歷史，凡自然科學作一大進步時，即哲學發一異彩之日。以歷史為哲學之根據，其用甚局，以自然科學為哲學之根據，其用至博。美國研治科學，得博士位者，號‘哲學博士’。英國牛津諸大學，研治哲學得博士位者，號‘科學博士’。于是可知哲學與科學之關系長，而與文學之關系薄也。”
蔡元培接到傅斯年的上書，認真進行了考慮，專門加以按語，發表于《北京大學日刊》，蔡元培在按語中說︰“案傅君以哲學門隸屬文科為不當，誠然。”但蔡元培自己認為哲學隸屬理科也不合適，其結論是“似皆不如破除文理兩科之界限，而合組為大學本科之為適當也。”
從此以後，傅斯年就與蔡元培建立了密切聯系，經常受到蔡元培的關懷和幫助。在這期間，蔡元培曾親自題寫條幅給傅斯年，內容是︰“山平水遠蒼茫外，地闢天開指顧中”，意境深遠，希望殷切，勉勵之情，盡在其中。
傅斯年自從在北京大學與蔡元培結成師生關系，用他自己的話說︰“受師訓備僚屬有二十五年之久”。
他對蔡元培推崇備至，其獻身學術、積極參與社會和政治，都與蔡元培的影響有很深的淵源關系。傅斯年曾把蔡元培比作孔子，把自己比作子路，足見師生之情。很多年後，他曾深情的寫下《我所敬仰的蔡元培先生》一文。