實力大損的修奈澤爾被迫啟動計劃，下令日向夏英格從北方基地進發轟炸霓虹，新武器芙蕾雅展現了驚人的威力，北方戰線聯邦元帥在與夏英格交鋒中負傷，未能阻止新武器彈頭落入霓虹。
最終京都伏見、東京租界等各個城市均受到不同程度的損害。
在悲痛和愧疚之中，聯邦霓虹同盟暫緩了作戰，樞木首相和皇神樂耶返還本土安撫民心，然而遠在帝國的魯路修終于意識到事情的嚴重性，在繁雜的情報中找到，修奈澤爾試圖使用絕對制空天空要塞達摩克利斯與搭載的新武器芙蕾雅轟炸帝都潘多拉貢。
為了疏散帝都居民，千鈞一發之際，魯路修與家臣杰雷米亞哥特巴爾德以及地方貴族控制頻道進行電視直播，亮明身份以及揭發二皇子的轟炸計劃請求帝都軍民盡快疏散，然而信者寥寥。
修奈澤爾如願以償消滅帝都潘多拉貢，第一皇子以及諸多皇族也喪生于帝都，然而這一步並沒有讓他握住勝利，皇帝早已離開皇宮召集騎士團準備討伐二皇子；
原屬于二皇子的帝國特別派遣向導技術部在面對轟炸計劃和二皇子的政變時無所適從被軟禁在北方大草原的莊園之中，而這一切早已被魯路修洞察，並在轟炸之時安排eu志士瑛斗和蕾拉潛入作戰救出眾人；被皇帝拋棄的帝都幸存者在浩劫之後也有了不同的想法，權勢的天平開始向第三方傾斜。
雖然已經握有力量，但要討伐皇帝和二皇子仍力有不逮，魯路修內心所追求的答案也未能獲得，為了繼續前進，魯路修只身前往曾經戰斗的地方-霓虹。
皇帝對二皇子的討伐戰中，四大騎士團和十二位圓桌騎士在大西洋登陸歐洲討伐二皇子的新貴族新青年勢力，雖然二皇子手握芙蕾雅但對于正面戰場效果有限只能勉強擊退圓桌騎士，四大騎士團在夏英格的新機體面前付出極大的代價艱難取勝，修奈澤爾為了保存實力向東撤退，皇帝軍則接管西歐各地軍隊。
可是在皇帝入主歐洲的行宮之時，意外的兩人早已等候在御座之前。預想到二皇子敗退的魯路修在eu志士的幫助下一棗等待在行宮中準備刺殺得勝的皇帝，隨行的第一騎士與朱雀展開殊死搏斗。
魯路修此時向皇帝詢問母親死亡的真相，得知其母的死是皇帝為了維護皇室體制需要彈壓新生代騎士的代價，悲傷崩潰的魯路修隨之質問皇帝為何拋棄帝都潘多拉貢的人民，獲得相似的回復。
然而，皇帝沒有意識到，這場刺殺實際上是面向全帝國全世界的電視直播，第一位區域起義的領袖和悲傷的皇位繼承人，為和平的可能性謀劃的刺殺戲劇，精通皇室斗爭的皇帝並不精通如何帶來和平。皇帝和第一騎士去世，帝國首都不存，各地軍隊陷入混亂，這時二皇子同樣獲得了喘息的時機。
為了穩定帝國內部與未來戰後和平，魯路修與樞木首相、聯邦元帥兼總理、eu復興同盟總司令、帝國各地貴族以及各國各地區代表于聯邦人工島上舉行魯路修第99代皇帝加冕以及超合眾國憲章表決儀式，並發表名為零之安魂曲的演講，宣言世界和平與反對武器恐怖主義，決議討伐最後的敵人修奈澤爾，同時二皇子方接收了eu境內多數貴族勢力，並謀劃絕對制空天空要塞達摩克利斯的最終階段。
為了避開魯路修的阻擊，達摩克利斯以西方路線升向天空，然而這時卻受到x的部隊從西面的進攻，從特派口中知悉達摩克利斯升空計劃的x，早已以錄像的方式完成儀式，在刺殺皇帝後發布，並調度三方軍力阻擊達摩克利斯，以太空降落技術投射特戰部隊紅蓮聖天八極式、蘭斯洛特abion、神虎完成合圍，並以新技術破解芙蕾雅彈頭，以極低損失攻破達摩克利斯，終結修奈澤爾勢力。
戰後，皇帝x迎娶平民綠發女性，推進體制改革，在一次芙蕾雅技術民用研究的實驗中失蹤，成為帝國最後一位皇帝。
額……我只能說這位朋友你寫的不錯。下次別寫了……