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歷史上的土方歲三生于武藏國多摩郡石田村（現東京都日野市石田）的一個富農家庭。
父母早早因結核病亡故，土方歲三由二哥夫妻養育長大。
土方歲三自少年時代開始夢想成為武士，但生于農家的他注定與武士無緣，于是這位早早被家人遣往江戶，在店鋪里充當學徒。
不過土方歲三這人似乎生來不適合當商人，他脾氣暴躁，經常與其他店員發生沖突，後來居然又鬧出了桃色事件。沒辦法，土方歲三順勢辭掉了工作，開始以倒賣藥材謀生，游歷了很多地方。
因為機緣巧合，土方歲三結識了尚在開設道場的近藤勇，于安政六年（1859年）3月29日正式加入天然理心流。四年之後，土方歲三跟隨近藤勇等人參加了護衛將軍德川家茂的浪士組招募考試，並成為浪士組的一員。
文久三年（1863年）八月十八日，會津藩會同薩摩藩將尊皇攘夷派的長州藩趕出京都，史稱“八一八之變”。本來聲名低微的浪士組在政變中嶄露頭角，被賜名為新選組。
以近藤勇為首的勢力排擠了新選組中的水戶天狗黨勢力，近藤勇坐上了局長的寶座，而土方歲三被任命為副長。土方歲三的排名雖在近藤勇之下，但他長于謀略，是新選組的實際支配者。
慶應四年（1868年），鳥羽伏見的槍聲點燃了戊辰戰爭戰火，新政府和幕府進入對抗狀態。
近藤勇因傷在身，委托土方歲三帶領新選組參戰，但號稱精悍的新選組在新政府軍的西式槍炮面前依舊難逃一敗涂地境地。
土方歲三回到江戶之後，痛感舊式刀槍已然過時，如今已經是洋式軍備的時代。但是，身為效忠于江戶幕府的新選組，明知不敵，也要繼續為幕府而戰。在幕府重臣勝海舟的指令下，土方歲三與近藤勇將新選組殘余隊員改組為甲陽鎮撫隊，並率領甲陽鎮撫隊一路開往甲斐（現山梨縣），試圖阻攔步步緊逼的新政府軍。
敵眾我寡，舊式刀槍也難敵新式軍備，不出意外甲陽鎮撫隊再次敗下陣來。土方見戰事吃緊，曾懇請江戶幕府派遣援軍，但幕府不為所動，任憑甲陽苦苦支撐。
土方歲三雖然機智過人，卻何曾想到鎮撫隊本來就是幕府高官勝海舟和新政府談判的棋子，他們的死活從未被幕府放在心上。
慶應四年4月3日，近藤勇被擒被審問後就判了斬首刑。
土方歲三前往江戶懇請勝海舟聯系新政府，救近藤勇一命，但勝海舟不為所動。
4月11日，勝海舟與東征大總督府參謀西鄉隆盛的努力終于奏效，江戶城無血開城。新政府軍與幕府軍避免了正面沖突，江戶城得以保全，沒有化為一片火海，勝海舟等幕府高官咸與維新，都搖身一變，成為新政府的官員。
而4月25日，曾經為江戶幕府出生入死的近藤勇于板橋刑場執行斬首刑，土方痛失多年的伙伴。
就這樣與新政府結下了血海深仇的土方歲三率領部分隊員前往會津，與堅持作戰的原幕府步兵奉行大鳥圭介的舊幕府軍聯合。
新政府依逐漸向北進攻，土方歲三一邊堅持反抗，一邊向更北方行進。在仙台，土方歲三遇見了原幕府海軍副總裁本武揚。在江戶無血開城之後，新政府要求幕府交出所有軍艦，但幕府海軍副總裁本武揚不甘心幕府就此滅亡，暗自聯系拒絕支持新政府的東北諸藩，私自率領最新型軍艦“開陽丸”等8艘軍艦，帶著同情幕府的法國人顧問離開江戶，途徑會津藩來到仙台。
土方歲三與本武揚目標一致，一拍即合，便帶著手下乘軍艦來到北海道。當時全國的大部分藩國都已經向新政府表示了臣服，土方歲三決意抵抗到底。