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明治二年（69年）4月9日。
新政府軍到達北海道，開始登陸作戰。新政府軍人多勢眾，加之武器精良，在一個月之內已經攻克江差、木古內等重要據點。
土方歲三和本武揚的軍隊被逼到函館，敗局已定。同本武揚一起離開江戶，一直充當軍事顧問的法國顧問布利奈也無力回天。他最終辭別了土方歲三和本武揚，登上法**艦離開了北海道。
五月七日，函館灣海戰中，本軍最後一艘完好無損的軍艦回天也被新政府軍的艦隊擊毀。幕府軍只能堅守函館，進行陸地攻防戰。
5月日，新政府軍發動了函館總攻擊。新政府軍分三路同時沖擊本軍的陣營，同時，停泊在七重 的新政府軍軍艦“朝陽”、“丁卯”還不斷向本軍陣地發射火炮，以掩護新政府軍前進。但是，新政府軍萬萬沒有想到，本軍還有一艘名為“蟠龍”的軍艦，它在函館灣海戰中因正在維護而未能出戰，因此攻擊力並未被破壞。在政府軍的“朝陽”、“丁卯”向陸地密集發射火炮之時，“蟠龍”突然出現，並一炮擊中猝不及防的“朝陽”艦。“朝陽”艦因炮擊而爆炸，轉眼陷入一片火海。正在沖鋒的新政府軍軍士看見“朝陽”艦不但起火，還冒著濃煙不斷下沉，不禁被嚇得目瞪口呆。
此時，土方歲三率著援軍剛剛趕到七重 ，看到新政府軍士氣受挫，頓時覺得是一個千載難逢的機會。他立刻離開七重 ，前去支援地勢最為險要的函館一本木關門。
土方歲三命在一本木關門鎮守的原幕府陸軍奉行添役大野右仲將殘兵集合，從另一方向出擊。自己則率領50名敢死隊隊員死守一本木關門，與新政府軍激戰。
土方歲三端坐馬上，在槍林彈雨之中指揮自如，新政府軍看到敢死隊員悍不懼死，陣腳大亂。
但縱然千般英武，畢竟還是肉身，穿行在槍林彈雨中的土方歲三終于被流彈擊中腹部，傷重落馬。
身邊的新選組隊員島田魁、相馬主計等前去援助，將身受重傷的土方歲三扶起。滿身是血的土方歲三慢慢抬起眼楮，輕聲說了句︰
“對不起”，便停止了呼吸。享年35歲。
游戲中土方歲三依舊是新選組副組長。有著像武士一樣嚴格的性格，雖然冷漠且笨拙，但也有為隊員著想的一面。雖然自詡劍術的水平很差，但實戰中以不敗自豪。對女人無趣，愛好是吟詠俳句。
數年前與謎之少女rr契約得到偽真看破的geass。（唉你是在批發geass嗎）
這種力量可識破任何謊言，即使對方閉嘴也毫無意義。
而且不僅能看穿他的真心，連偽裝的樣子都能識破。
深得新選組局長近藤勇的信賴，經常向他請教新選組的方針。
因為所有的建議都被采納，所以實際上是土方率領新選組，但他本人始終滿足作個參謀。
攜帶自動機巧人偶“和泉守兼定”。自動機械人偶可以依賴心電回路獨立活動，無需操縱。
從巨大的身體揮下的豪爽劍法擁有壓倒性的馬力，能斬殺進入範圍內的所有人。
非常喜歡吃腌蘿卜，在飯桌上一定要擺上一排。屯所的倉庫里儲藏著大量裝滿腌蘿卜的木桶，隊士們以為是土方在添置。
土方確實買了一些，但方法是從腌菜店整桶的購買腌蘿卜，用自動機械人偶一口氣運進來。
ps︰土方的名字和沖田一樣，名字片假文是ЬЁМル而非ЬЁМヨ，所以我不清楚漢字能不能寫成歲三，但是約等于新選組實質支配者的新選組鬼副長、“和泉守兼定”、喜好俳句和腌蘿卜的元素，還是很明顯cg的土方ЬЁМル對應otl的土方歲三。
以及，雖然知道code在cg里是爛大街的白菜貨色，但怎麼又出現了r.r.了。