此後崇禎帝以議餉為由，再次召見袁崇煥、祖大壽、滿桂等人。
崇禎帝當著眾人的面，質問袁崇煥之前擅殺毛文龍，而如今卻不能抵御建奴。
袁崇煥對此惴惴不安，許久後才回答道，“是誠臣罪，是皆臣做出來的罪，臣甘領受。”
見袁崇煥認罪，崇禎帝遂命錦衣衛的張懋忠等人將他拿下，押送大牢，等候處分。
在場的諸位大臣，雖然有勸諫崇禎帝不可臨陣換帥的，但崇禎帝不為所動。
但崇禎帝為了安撫滿桂、祖大壽等人，並沒有難為他們，而是令其還營，並以滿桂接替袁崇煥統領諸軍。
當袁崇煥被捕的消息傳開後，關寧將士聞訊大哭。
因為在這些士兵的眼中，袁崇煥從不拖欠他們的軍餉勝利，是個好官，至于上層的權力斗爭，普通士兵並不在意。
此後京城中，陸續發生了京城守軍猜忌、殺害關寧軍的事情。
因此關寧軍的普通將士更加對崇禎帝不滿，都說，“以督師之忠尚不能自免，我輩在此何為？”
最後，祖大壽、何可綱率關寧軍一萬五千人私自跑回了遼東。
崇禎帝得知後大驚，召見大臣等商議對策，司禮太監王永祚向崇禎帝建議，此時只有袁崇煥的手書才能平息事態。
于是崇禎帝讓錦衣衛指揮使劉僑到大牢中，要求袁崇煥給祖大壽寫信。
袁崇煥起初並不肯，甚至說道，“我一死耳，何又作死？”
但劉僑說這是崇禎帝的旨意，也許袁崇煥寫了後，崇禎帝就會放他一條生路。
袁崇煥信以為真，邊哭邊叩頭，答應了崇禎帝的要求。
崇禎帝在得到袁崇煥所寫的“勤王贖罪”的信後，派快馬追上了私自東歸的祖大壽所部。
祖大壽在看到袁崇煥的親筆信後，再加上多方勸說，最終听旨，帶著士兵又回到了京城，繼續保衛北京。
經過這件事之後，崇禎帝對袁崇煥的態度算是有所好轉，將他從錦衣衛的大牢移到了刑部的大牢。
還派人給他治病、送他錦被。
雖然崇禎帝對袁崇煥的態度有所好轉，但仍舊是拒絕听從釋放袁崇煥的建議。
不僅如此，崇禎帝還下令，將替袁崇煥喊冤最賣力的一個叫程本的門生處死。
在袁崇煥下獄後，原本準備撤軍的皇太極再次卷土重來。
並又在永定門外大敗明軍，取代袁崇煥的大將滿桂陣亡。
危急時刻，幸虧祖大壽帶著私自東歸的關寧鐵騎回師西援。
收復了遵化、永平、灤州、遷安四城，將後金軍全部趕出長城外，取得“遵永大捷”。
此時的袁崇煥仍在獄中，但當遵永大捷的消息傳開後。
崇禎帝對袁崇煥的態度有所松動，還曾嘆道，“守遼非蠻子（袁崇煥是廣東人，在當時屬于蠻夷之地）不可”。
雖然崇禎帝對袁崇煥的態度有所松動，但當時的內閣首輔溫體仁因為黨爭的原因，曾多次與袁崇煥結仇。
因此十分厭惡袁崇煥，非要置袁崇煥于死地。
溫體仁一系的官員，不斷的上書請求崇禎帝誅殺袁崇煥，還讓袁崇煥的部將謝尚政，提供袁崇煥通敵的罪證。
最終，崇禎帝命刑部核實言官彈劾袁崇煥，“擅殺逞私、謀款致敵、欺藐君父、失誤封疆”這些罪行。
袁崇煥在受審的過程中，承認自己在“斬帥”（殺毛文龍）問題上是屬于越權。
但自己曾事先與時任內閣次輔錢龍錫，及已故的時任兵部尚書王洽，商議過此事。
至于說自己私通建奴，袁崇煥拒不承認。
但刑部、都察院、大理寺等三法司，仍舊以謀叛罪判處袁崇煥斬首。
被崇禎帝駁回後，又以謀反大逆罪，判處袁崇煥凌遲。
此次又被崇禎帝駁回，但三司再次維持了袁崇煥凌遲的判決，這一次崇禎帝並沒有駁回。
就這樣，袁崇煥被判處凌遲處死。
由于朝廷將此次建奴入侵北京的責任，推到了袁崇煥的身上。
使得京師的百姓只知袁崇煥通敵，而不知道袁崇煥率領關寧鐵騎救援京師，擊敗建奴解除了北京城的危機。
袁崇煥之凌遲酷刑之下，慘叫了整整數個時辰後才死去。
而在大明朝廷的宣傳之下，北京城內的百姓不僅沒有人同情袁崇煥。
那些有親人死于此次建奴入侵戰爭的百姓們，爭相購買袁崇煥被割下的肉吃。
人們不僅吃他的肉，而且在吃之前還要再罵他一遍。
此外，袁崇煥在寧遠的妾室、兩名幼女以及族佷袁兆晰以及十五名家僕，都被大明朝廷抓起來流放，但于流放途中不知所蹤。
袁崇煥在廣東老家的近親們，除了他的母親，因年老被免于流放，他的妻子投水殉夫而死之外。
袁家所有的族人，也都被判流放，但于在寧遠的幾人一樣，袁崇煥的族人們，也于流放途中不知所蹤。
有人說，袁崇煥的族人都被他的老部下救走了，也有人說，袁崇煥的族人都被崇禎帝派錦衣衛秘密殺害了。
袁崇煥究竟是忠是奸，或許只有他自己才知道。
但從袁崇煥之死的整個過程，以及朝廷與民間的反應。
可以看出，官員或者說所謂的政治家是沒有一個好人。
一個人不管他的官多大，地位多高，都是一個人，是人就有對有錯，有自己的短板。
之所以會覺得某一個官員多麼厲害，多麼好，其實都是因為宣傳而已。
將一個人的優點或者說所謂的一些政績，拿出來反復的講，這個人或者說這個官，就厲害得不行。
若是將他做過的所有事，都拿出來講，那就會發現其實他也不過如此。
但若是將他做過的所有壞事拿出來講，這個人就又變成了一個十足的壞人。
對于大多數的大明老百姓而言，一個官員好與不好，他們的認知並不準確。
因為官員對于大多數的大明百姓來說，是一個非常“神聖”或者說神秘的職業。
人們只覺得自己身邊似乎官員無處不在，又似乎沒有一個官員。（www.101novel.com）