故事也由此慢慢展開。
椿和湫決定把大魚送往海天交界之處，既能讓它自由生長，對神界的影響也會降到最低。卻被村民當作他們要帶著大魚逃跑，于是給鼠婆解開了封印，讓她帶路去尋大魚。
等到他們要攻擊這條大魚時，湫站出來大聲阻止“不能殺魚，靈婆已經把椿的命和這條魚連在了一起！”
村長後土這才意識到整件事的來龍去脈，他們都被靈婆和鼠婆算計了。
八百年前，靈婆同樣逆天而行，救了鼠婆。只是從此之後，他和鼠婆一個在如升樓上，一個在地底深淵，永世不得相見。
——直到椿吹起來自人間的陶笛，讓他看到了能帶鼠婆回到人間的希望。
他們現在已經得到了陶笛作為信物，解開了鼠婆不見陽光的封印，只差最後一步，打開海天之門。但這同樣也是椿的最後一絲希望，她的生命早已和鯤的靈魂連在了一起，只有讓她和大魚一起前往人間，才能獲得一線生機。
後土嘆了一口氣，面對椿和湫交代，讓他們攔截鼠婆，同時讓椿和那條大魚盡快通過海天之門去往人間，此後永不相見。
“但鯤已經沒有人間的信物了。”椿有些猶豫，她不知道大魚是否能做到這件事。
“它本就是人，自然會找到前往人間的路。”
听了後土爺爺的回答，椿點了點頭，在所有人不舍的注視之下，溫柔地放出了大魚，最後看了看湫，眼中帶淚。
湫卻只是對她微笑，摸了摸大魚。接過奶奶遞來的手杖，親自為他們打開這道門送行。
大魚也明白了她的意思，用身體去撞著半成的海天之門，因為失去了人間信物，它撞擊得格外艱難，遍體鱗傷，直到化為飛鳥，不再受到規則的束縛。
海天之門打開，洪水倒灌，妖物作怪，等待已久的鼠婆也大笑著想要前往人間。
“快走！”
在後土的催促下，早已化為鳥的鯤帶著椿飛向天際，湫仍在努力維持著海天之門，祝融、赤松子等長于戰斗的神獸追擊著鼠婆，而其他村民們努力控制著傾瀉而來洪水。
椿坐在鵬背上回頭，卻只能看到無窮無盡的海水和被毀的家園，淚水終于流了下來。
在湫覺醒的天神之力與所有村民的合力之下，洪水被控制，荒廢的家園重新復甦，奶奶化作的鳳凰繞著爺爺變化的海棠花飛舞，雨水落下，花葉生長，嫘祖重新織出雨後的陽光與彩虹，溫柔的風吹過樹葉發出沙沙聲。
椿的父母一邊幫忙一邊也在暗自神傷，祝願自己的女兒在人間安好。
在村莊的眾人為了劫後余生舉辦了慶祝晚宴時，湫獨自一人，靜悄悄地前往了如升樓。
這一段劇情的背景音樂林夏用了純音樂《風居住的街道》。
輕柔的鋼琴聲響起，像是溫柔的風吹過，撫慰著所有人的內心。而二胡的聲音愁思不斷，溫柔而又哀傷，像是最後的告別與不舍。
兩種樂器纏綿在一起，一個聲音空靈，一個如泣如訴，就這樣交錯著，像是海天相接卻又永不重疊。
……
故事到最後，他們回到人間，鯤看著嫘祖織出的一輪滿月，和妹妹講述著他奇妙的夢境。
而紅色的小魚卻一個擺尾，趁著夜色悄無聲息地游開了，蕩起一圈圈的漣漪。
她已經還清了欠鯤的，卻因要救他又欠下了太多。
日升月落，冬去春來，岸邊的房屋也從茅草屋變成了木屋，最後變成了高樓，唯一不變的是那尾紅色的小魚仍然在游著。
她要留在人間追尋鼠婆的蹤跡和她帶來的災厄，哪怕終其一生，她也要追尋到底。
鋼琴再次響起，這次是片尾曲《大魚》，陸然空靈的聲音開始訴說著這個故事。
“海浪無聲將夜幕深深淹沒，漫過天空盡頭的角落。”
屏幕上也回放著一系列的鏡頭，椿和鯤的相遇，他們和大魚的玩鬧，椿背著中毒的鯤走著，直到最後大魚化鳥，振翅高飛。
“大魚的翅膀，已經太遼闊，我松開時間的繩索……”
畫面陷入黑暗，但幾乎沒有觀眾離場，有的觀眾想看看有沒有彩蛋，有的單純只是想听完這首歌。
果然，屏幕再次亮起，新的畫面出現，是湫跟蹤著偷溜出來的椿到了靈婆面前，靈婆標志性的聲音出現
“壽命可不能憑空生成，它只能轉移。”
“這次漲價了，我要讓你用一整條命來換。”
“你們這些小家伙，對待生命就像路邊的一塊石頭。”
“……記住你的承諾。”
畫面一轉，只是這次不是靈婆，而是湫，獨自守在如升樓，在窗邊日復一日地等著那尾記憶中紅色小魚。
自從她走之後，窗外的海棠花再也沒有了香氣。
他想象著，如果有一天，那條額頭上有著海棠花印的小魚再次回到如升樓時，這一次輪到他來問那一句
“人間的世界好玩嗎？”
“怕你飛遠去，怕你離我而去，更怕你永遠停留在這里……”
“每一滴淚水，都向你流淌去，倒流回最初的相遇……”
歌聲再次響起，但這首歌究竟唱的是誰呢？
陳楚悅現在有些拿不準了，剛看到動畫短片的時候，大家都認為這首歌是以椿的視角在唱大魚，但這首歌放在彩蛋的劇情來看，唱湫和椿也是可以的。
友情？愛情？還是一種報恩與虧欠的輪回？
電影並沒有明說，這首歌唱的既是椿和大魚，也是湫和椿之間微妙懵懂的感情。
一個留在如升樓守望，一個去往人間追尋，等待著下一個漫長輪回的相遇和重逢。
陳楚悅覺得很有趣，這部片子明明無論是名字還是開頭，都用了《逍遙游》里的詞句，但偏偏整部電影的劇情完全相反。
寫作“逍遙”，讀作“宿命”，整個片子都找不到一個真正的逍遙之人，從主角到靈婆鼠婆，他們都被困住了。
甚至是自己心甘情願地選擇成為命運的奴隸。
……
對于《北冥有魚》這部電影，林夏沒有做太多改動，還是沿用了原本的故事架構，但唯一的內核卻變了，從忠于本心的自由變成了甘願被命運困住的不自由。
莊子在妻子去世之後鼓盆而歌，他認為死生本是一體，應該順應自然，她只是回到了最初的本源，但大多數人無法理解這種境界，甚至會覺得他很冷漠。
但如果他真能忘情，只需要平靜面對這件事即可，又何必非要大費周章地高歌？
同樣，如果他對于生死真的看得這樣開，惠子死後，又為何整日閉目不言？
一死生為虛誕，齊彭殤為妄作，這才是華夏人真實的想法。
沒有人能無憑無依地逍遙游，即使是神仙也是如此。
我聞神仙亦有死，天若有情天亦老。華夏的神仙，大多也會被賦予一半去不掉的人格，有自己的執念。
從這個角度來看，《北冥有魚》雖然開篇就講《逍遙游》，但其實是一部內核完全相反的電影。
恰恰強調了屬于“人”的那一面執著，而這才是華夏人骨子里的浪漫。
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