在小智和雪成奮力拯救時拉比的時候，水君出現了。比夏斯想把水君也捉住，但是因為有小剛的大岩蛇幫忙，水君逃過了一劫。小智和雪成借助水君很快爬上了時拉比制造出來的巨大怪物，然後開始嘗試開導時拉比，在兩人的努力下，時拉比終于脫離了比夏斯的操縱。
因為時拉比的逃脫，比夏斯手中的黑暗球爆炸了，巨大怪物也隨著消散，可是時拉比也因為黑暗球的暴走變得極度的虛弱。因為生命之湖被污染了，所以即使再次將時拉比放入湖水中，也依舊沒有好起來。小智一行人想起水君可以淨化湖水，在水君的幫助下，生命之湖的湖水恢復了正常，只是時拉比受到了太多的傷害，即使是生命之湖也不能治愈時拉比，森林內的野生寶可夢都在為時拉比而哭泣。
這個時候，“森林的聲音”再次顯現，許多的時拉比出現在了生命之湖的上空，它們恢復了這只時拉比的生命。當時拉比群離開後，比夏斯再次出現了，他趁機抓住時拉比後想要飛走，小智馬上抓住他的腿。比夏斯怎麼甩都甩不掉小智，皮卡丘使用十萬伏特攻擊阻止了比夏斯的逃跑。
時拉比把空中落下小智和皮卡丘救了起來，而掉下來的比夏斯還想繼續抵抗，但是他的黑暗球寶可夢已經逃跑了，在森林里的寶可夢和永久幾人的包圍中，比夏斯終于被抓住了。
危險結束後，雪成和小智不舍地告別，與時拉比共同回到了40年前，而小智和他的朋友們也離開了生命之湖所在的森林，繼續踏上旅程。
在回想完這部電影的全部劇情之後，翔太原本還想回憶一下《幻之寶可夢 洛奇亞爆誕》還有《結晶塔的帝王 炎帝》還《水都的守護神 拉帝亞斯與拉帝歐斯》這三部電影中的劇情，但是，沒那個必要了。
悟以往之不諫，知來者之可追，現在考慮的，應當是現在以及未來的事。
關于比夏斯這個火箭隊的人員，他是個徹頭徹尾的壞蛋，集結所有反派的特質，邪惡、虛假、完全以自我為中心。即使會傷害他人和寶可夢，他還是會奪取他想要的所有事物。
比夏斯為火箭隊最高干部，在隊里享有很聲望，連位在基層的火箭隊三人組都認了出來，並且馬上為他鞠躬。比夏斯也是個野心很大的男人，表面上是為阪木獻上時拉比，但背地是想利用時拉比的力量進而統治火箭隊和征服世界。為了實現理想，比夏斯願意犧牲隊友和自己的寶可夢。
關于他這一次計劃失敗的最後結局，故事中並沒有明說，但是擅離職守的瑪夏多為他橫插了一腳。
看著手上這張又老又丑的人皮臉，翔太無奈的還是將它和黑暗球一起用空間背包收了起來，畢竟，總有一天能用得上。
在收好這個人皮臉以及黑暗球之後，翔太前往了熔岩隊的資料室當中。
在出示了自己的證件之後，翔太順利的進入了熔岩隊的資料室當中。
在輸入一個人的名字之後，翔太在這里找到了他的相關信息。
在收集好這些資料之後，翔太將這些文件復印了一份交給了火村。
火村的辦公室里，火村看著翔太遞上來的文件，原本以為又是關于海洋隊的一些情報，但是令他大失所望的是，這個文件中的情報，並不是他想要的，而且在基地中中還有。
“火光，你為什麼想要調查巴特勒這個廢物？”
“因為我感覺他不簡單。”
“哦？這樣嗎？不過我還是希望你能花更多的精力在調查海洋隊情報這方面，畢竟，現在是特殊時期了，世界的命運已經快要掌握在我們的手中了。”
“是，不過我還是想知道關于這個人的更多消息。”
看著翔太堅定的眼神，火村也不好多說什麼，在自己的辦公電腦上打出這個字之後，隨後一份文件在打印機中被打印了出來。
“這是關于這個蠢貨的一些其他資料，希望對你有幫助吧。”
說完這句話，火村繼續低頭處理起公務。
在關好辦公室的門之後，翔太第一時間便拿起了這份額外的文件看了起來。
“和動漫中的大差不差，他果然現在還是在法恩斯做魔術師。”
法恩斯是位于豐緣地區的動畫地點，特點為石英砂岩峰林，該地區的崎嶇地形使得想通過此地寸步難行。
山谷下有一道橫穴，基拉祈在此沉睡了千年，它會在千年彗星出現的七天覺醒。據說基拉祈從千年彗星吸收的能量可以保持法恩斯的豐饒美。
在了解以及回憶完這些之後，翔太離開了熔岩隊的基地。
同時，在另一邊，拿著gs球的班納伊三人組已經坐著林氏飛機來到了檜皮鎮。
在這里補充一下關于gs球的某些設計
gs球一直是動畫劇情的一條暗線，原本是作為動畫中時拉比劇情的關鍵道具，但之後因為相關劇情被改編為電影《時拉比 穿梭時空的相遇》，因此動畫相關的劇情就沒有再發展下去了。
在寶可夢特別篇當中gs球當中關押著一只雪拉比，而且這個球能被破壞掉。
翔太也因為回想起這個設定，用大針蜂進行超進化嘗試過進行破壞這個球。
但是，出乎意料的是，這個球十分的堅韌，在超級大針蜂的連環破壞下都沒有被打開。
在動畫當中，寶可夢的橘子群島篇，小智一行人從內木博士那里得到了無法傳送且打不開的gs球，在交給大木博士後又要小智帶著gs球轉交給精靈球行家鋼鐵進行研究。小智將gs球交給鋼鐵後，得知gs球上面有一種很奇異的鎖。
或許，就是因為這個奇異的鎖導致超級大針蜂並不能將這個球給破壞掉。
然而這一切也都只是翔太的猜測而已，至于最後的結果會是什麼？他也不得而知。
言歸正傳，夜晚，樺樹林的禮堂當中，匆匆而來的班伊納三人組在這里踫到了翔太口中的那個長相酷似人類的矮小精靈。
雙方在對視一眼之後，都確定了各自的身份，或許gs球最後的答案將在這個夜晚被揭開。
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