“而第二代測序是運用il堿基進行標記,根據熒光信號確認新合成的dna單鏈時連接上去的堿基。”
“說起來復雜,其實很簡單,就是將大片的分成小片,然後完成測序後根據序列信息進行拼接。”
“而第三代測序技術則在前兩種測序技術上又有了突破,無需進行pcr擴增,直接在單分子上進行測序。我之前所運用的srt或nanopore技術就是基于邊合成邊測序的思想,通過四種熒光標記四種堿基,然後通過光的波長和峰值判斷是何種堿基。”
說到這里,陸時羨已經簡單把前三代的測序原理都簡單介紹了一下。
他這當然不是在浪費時間,而是為了有的放矢,為後面的敘述進行鋪墊。
“通過與水稻基因組相似性的比較過程中,我們發現如果這種新型禾本科植物的葉綠體基因功能非常出色,而葉綠體的功能大家都很清楚,是通過光合作用合成澱粉的場所,但在生長發育分化基因方面的功能卻遠不如水稻。”
“因此,我們小組有了一個設想,是不是能夠通過第三代測序技術,將這種禾本科植物的高質量染色體水平基因組重新進行組裝。通過夜以繼日的努力,我們初步組裝了1個212gb大小的染色體級別基因組,其中包含有12條偽染色體和29098個編碼蛋白質的基因。”
說到這里,很多人臉上已經變得有些莫名。
因為很多人意識到,不提陸時羨得到的實驗結論,光憑這個實驗方法就已經是一個極大的科研成果。
沒錯,在科學研究中,不僅僅只有實驗結果可以發論文,一種可以被廣泛使用的研究工具或者說方法也可以。
既然這種禾本科植物可以用三代測序技術進行重組,那我換成豆科、木蘭科、薔薇科,或者說直接改換成動物或者微生物,豈不是也能使用這個組裝方法?
這一刻,幾乎所有人眼前都仿佛看見論文在朝自己招手。
不過此時並沒有到提問時間,所有人都在等著陸時羨說完。
“通過系統發育和比較基因組比較分析,發現這種植物與水稻分化後經歷了一次全基因組復制。與此同時,我們鑒定了這種植物葉綠素四個階段主要化合物以及它們的合成途徑,發現了谷氨酸1半醛轉氨黴(gsaat)基因的拷貝數大大增加”
“最後,我還是想補充一句,根據我的判斷,這種植物不是蘆竹屬,而是芒屬。”
此言一出,熱議又起。
不僅很多研究生對此發表了質疑,甚至也有教授們在竊竊私語。
“這也太離譜了吧?”
“如果是近屬,我還能理解,但蘆竹屬與芒屬的性狀差的也太遠了。”
“不知道,有沒有可能是這位陸博士判斷失誤了?”
不過,這時曼倫老頭出場了,他少有地笑眯眯看著此時鬧騰騰的會議室,想到幾天之前,他也是這種表情,不由得心生感嘆。
“看來大家似乎有很多問題要問陸博士,既然這樣,不如現在開始提問環節。”曼倫的這個提議得到所有人的認可,現場的秩序也得到有效控制。
很快,一位叫格威的副教授第一個站起來向陸時羨詢問道“請問你運用三代測序技術進行基因重組的方法具有普適性嗎?”
相較于所謂的新物種之爭,這個才是最為關鍵的問題,這位教授問的一針見血。
陸時羨也隨之站起來表示敬意,用嚴謹但不顯枯燥的話語說道“就目前的情況而言,還存在一定的難度。”
就在所有人失望之際,卻又听見他繼續說道“除非能夠熟練掌握第三代測序技術操作。”
眾人哪里想得到還有這種峰回路轉,臉上重新泛起笑容來。
這是問題嗎?
壓根算不上。
操作而已,只要下得了功夫,總有熟練掌握的一天,對比于科學研究的未知性,這簡直太良心了。
不過,陸時羨此時又出手降低了他們的期望值。
“經過這些天的嘗試與觀察,第三代測序技術對比于二代在測序讀長和測序速度等方面有明顯優勢,但在成本和準確率方面還是有很大的缺憾。”
“如果pacbio能夠在後續進行改進,我已經預感到學界對于全基因組的研究將邁入高速發展期。”
陸時羨的陳述非常中肯,既沒有夸夸其詞,也沒有故作低沉。
格威副教授仍然非常滿意的點點頭“謝謝你的解惑,雖然三代測序技術並非你創造,但關于這個技術上的應用,你已經走在所有人前面了。”
這已經是非常高的評價了,不過此時在所有人眼中看來是這麼自然。
沒辦法,誰讓技術剛出現,就連儀器制造者都還在不斷摸索。
很多人甚至連操作都還沒弄清楚,讓他們去研究深層次的運用,那完全是不可能的事情。
此時,不提菲斯心情如何,站在他身後的歐文心里同樣不太好受。
說實話,在內心他一直認為自己是要比陸時羨要強的。
自己已經是耶魯大學的助理教授,而陸時羨還只是一個博士後研究員。
歐文死死盯著此時顯得萬眾矚目的陸時羨,心里不斷盤旋著幾個問題。
他為什麼總有新成果拿出來?
他的進步為什麼能這麼快?
難道他真是個天才?
現在的歐文已經開始逐漸認清現實,因為他並沒有道听途說,而是親眼目睹陸時羨一步步在實驗室里嶄露頭角。
他心里倒有些解脫了,這還有啥好說的,陸時羨的水平就是比自己要高,而且還在不斷精進。
後面又回復了兩位教授關于追問高質量基因重組的問題,終于有人問起了關于新物種的判斷問題。
一位叫做路易斯的博士生終于按捺不住站起來問道“陸博士,我曾經全文研究了新西蘭大學關于這種禾本科植物在arxiv網站的研究成果,根據我們拿到的樣本做性狀判斷,也完全符合他們的結論。”
“請問您是出于什麼考慮做出這樣的判斷的呢?”
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