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崇禎九年（天聰十年）二月二十四日，後金使臣一行抵達朝鮮首都漢城。
後金八旗旗主及漠南蒙古台吉給朝鮮國王的書信各一封，朝鮮官員以不合規矩為由拒絕。
英俄爾岱便口頭要求朝鮮為皇太極勸進。此言一出，朝鮮上下嘩然，成均館儒生金壽弘率138人聯名上疏，請求“斬虜使、焚虜書”。
仁祖雖不至于如此極端，但也不接見後金使臣，只讓後金使臣去議政府議事，並派兵晝夜防守。
英俄爾岱等人擔心留在朝鮮有性命之憂，趕緊搶了朝鮮人的馬匹，奪門撤走，途中觀者塞路，群童或擲瓦以辱之。
仁祖一面派人追上英俄爾岱，遞交答復，表示後金的要求是朝鮮“不敢聞之語”。
一面于三月一日向朝鮮八道下達以“絕和備御”為要旨的諭書。英俄爾岱接受這些文件，回國後呈給皇太極。後金眾臣建議討伐朝鮮，皇太極則指示繼續交涉。
隨後，朝鮮春信使羅德憲、李廓來到盛京。皇太極于四月十一日舉行登極大典，宣布建元崇德、國號大清。羅德憲、李廓在大典上拒絕向皇太極跪拜，皇太極沒有問罪他們，只在十五日將他們禮送出境。
皇太極給他們一封國書，自稱“大清皇帝”，稱朝鮮為“爾國”。回顧歷史恩怨，駁斥朝鮮巧言飾非，諷刺朝鮮對明的愚忠，最後要求朝鮮國王立即送子弟為人質，否則將興師問罪。
羅、李兩人在進入朝鮮前丟棄該國書，但謄寫內容呈給仁祖。朝鮮再次舉國嘩然。
六月十七日，仁祖向清朝發出“檄書”，強調“敗盟”責任在清方，兩國關系瀕臨破裂。
此時皇太極尚未入侵朝鮮，因為他正派軍隊入侵明朝。
崇德元年五月，皇太極派阿濟格等領兵攻打明軍，這是第一次入口之戰。俘人畜十七萬九千八百二十，生擒總兵巢丕昌。
十月，征明大軍凱旋，皇太極就著手籌劃出征朝鮮，並派人前往蒙古會盟。查戶口、編牛錄，抽調外藩蒙古之兵力從征。
皇太極親征朝鮮的目的，從政治上來說，是通過親自降服號稱“小中華”的朝鮮來樹立自己的正統性。
從軍事上來說，是解除攻打明朝的後顧之憂。
從經濟上來說，當時清朝糧食歉收，皇太極希望通過征服朝鮮來確保物資供應。
而朝鮮內部也分化為金尚憲、洪翼漢為代表的斥和派和金 、崔鳴吉為代表的主和派。
前者佔絕大多數，以台諫官員為主，後者則以仁祖反正功臣為主，兩派爭論不休。
仁祖起初偏向斥和派，後來在崔鳴吉的反復勸諫下傾向“守和”，按照崔鳴吉的建議派遣譯官去清朝，溝通緩和雙邊關系，力圖維持兄弟之國。
十月，譯使樸仁範等所攜國書被皇太極拒絕接受，隨後對朝鮮下最後通牒，要求十一月二十五日前送來王子，更定和議，否則將大舉東搶。
仁祖痛苦地說︰“欲為守御之備，則形勢如此。欲為羈縻之策，則名士輩皆曰不可。賊來而已，將如之何？”
最終，仁祖頂住朝中斥和派的壓力，又派樸蘭英出使清朝。不巧的是在北上途中，丙子之役就爆發了。
崇禎九年十一月十九日，皇太極命兵部貝勒岳托，召集眾臣于篤恭殿，宣布將親征朝鮮，以懲其“敗盟逆命”之罪。
每牛錄各選騎兵15人、步兵10人、護軍7人、共甲32副。石廷柱漢軍每甲士1人箭50枝，甲12人備長槍1桿，2牛錄備雲梯、挨牌各1副，並攜半月行糧，于二十九日集合。
十一月二十五日（冬至），皇太極祭告天地、太廟。列舉了朝鮮在薩爾滸之戰時“助明來侵”，在遼沈之戰後“招誘遼民”，在丁卯之役後“屢敗盟誓”等罪狀。
十二月一日，外藩蒙古的兵馬趕到盛京會合，參與討伐朝鮮。
皇太極安排鄭親王濟爾哈朗留守盛京，武英郡王阿濟格駐牛莊、饒余貝勒阿巴泰駐海城，以防備明軍。
翌日，皇太極誓師，正式出發。其部署如下︰
第一隊戶部承政馬福塔、前鋒大臣勞薩，前鋒300人。
第二隊豫親王多鐸、貝子碩 、貝子尼堪，護軍1000人。
第三隊貝勒岳托、超品公揚古利，3000人。皇太極統帥中軍，隨後出發。
十二月三日，馬福塔、勞薩等率領300名偽裝成商人的清軍率先從沙河出發。
十二月八日，這支清軍渡過結冰的鴨綠江，揭開了丙子之役的序幕。
朝鮮軍龜縮山城，不敢阻截，致使清軍前鋒部隊一路高歌猛進，如入無人之境。
十二月十二日，朝鮮朝廷接到義州府尹林慶業驚呼鴨綠江邊“賊兵彌漫”的急報，但未引起足夠重視，判斷清軍在邊境耀武揚威的“脅和之計。
十二月十三日，都元帥金自點馳啟︰“賊兵已到安州。”朝鮮仁祖這才緊急召見大臣，商討對策。
領議政金 主張火速征兵，並請仁祖臨幸江華島。但仁祖還是認為清軍不會深入，金 堅持請求，仁祖才勉強答應，但不同意世子分朝。同時奪情起復沈器遠為留都大將，留守漢城。
十二月十四日，清軍前鋒已過開城，仁祖終于“定去 ”之議，安排金 之子金慶征、李敏求等護送世子嬪姜氏和鳳林、麟坪兩大君以及廟社神主先行出發。
史稱其時“上下皇皇，罔知所為，都城士大夫扶老攜幼，哭聲載路”。
未時，仁祖及昭顯世子等出發前往江華島，剛到崇禮門，就听說清軍前鋒已抵達漢城西郊。朝鮮訓練都監李興業率領的80多人的小股騎兵被清軍擊敗。
吏曹判書崔鳴吉請求去清營周旋，仁祖同意。崔鳴吉和都承旨李景稷便設宴歡迎馬福塔、勞薩等。仁祖一行趁機轉進，到了漢城南四十里的南漢山城。
翌日清晨，仁祖在金 等人的勸說下打算從南漢山城前往江華島。然而風雪甚緊，一路顛僕，被迫折返南漢山城。
其後仁祖擔心中途被清軍俘虜，听從南漢山城守御使李時白的建議，不再考慮逃往江華島，決定死守南漢山城。
南漢山城防守部署是︰
訓練大將申景 ，負責東城望月台。
總戎使具宏，負責南城。
守御使李時白，負責西城。
軍器寺提調李曙，負責北城。
十二月十五日，崔鳴吉從清營回來，轉告了馬福塔等提出的王弟與大臣為人質的議和條件。于是仁祖派遠房王族李� 俺渫醯塴 灘芘惺檣蛑[作為大臣前往清營。
清軍逼問兩人是否是真王弟、真大臣時，沈 不敢回答，遂被清軍識破。朝鮮使臣樸蘭英堅稱二人為真，為清軍所殺，清軍揚言必須送出世子才能議和。
十二月十七日，仁祖派左議政洪瑞鳳、戶曹判書金藎國、都承旨李景稷前往清營，清方還是堅持必須世子出來當人質，仁祖本有意答應。
但遭到禮曹判書金尚憲、駙馬東陽尉申翊聖和台諫兩司為首的斥和派官員的堅決反對而未果，雙方首次交涉就此破裂。
十二月十六日，皇太極緊接著派遣的多鐸、岳托等人所率部隊與馬福塔會師，初步包圍南漢山城，“立柵困之”。
仁祖面對這種局面痛心疾首，曾哭著對群臣說︰“三百年血誠事大，受恩深重，而逢廢朝時所未有之事，諸卿諸卿，此何為哉？居人君之位、行人君之事者，今十四年矣。豈料終歸犬羊禽獸也哉？諸卿諸卿，奈何奈何！”
十二月十八日，仁祖出行宮南門，頒布教書，宣布“君臣上下，同守一城，和議已絕，唯有戰耳”，正式確立了“戰守”的方針。
其後他拒絕了清軍使者的和談要求，並主張趁清軍尚未完成包圍之際“宜一番決戰”。
從十二月十八日至二十九日，朝鮮軍屢次出城作戰。
初七日，清軍戰勝朝鮮全羅、忠清兩道援軍，南漢山城“勢窮情迫”，稱臣請罪。
皇太極要求嚴懲朝鮮挑起釁端的大臣，同時造船發兵攻入江華島，獲朝鮮王妃、王子及閣臣等人。
三十日，李�親至皇太極面前伏地請罪，史稱“丁丑下城”。舉行受降儀式後，留下其長子及次子為質，其余被俘妻子家口二百余人遣送還京。
二月初二日，皇太極自朝鮮班師。從此清朝代替明朝把朝鮮變成了藩屬。朝鮮對清朝由以前的兄弟之稱，更執藩臣之禮。
不久阿濟格領兵攻克皮島，斬明將沈世魁等，徹底解除了攻向關內的後顧之憂。