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北京城氣度不凡，明朝燕王朱棣選定北京為都城，他既要用此地理之氣，又要廢除元代的剩余王氣。
當時的風水師便采用將宮殿中軸東移，使元大都宮殿原中軸落西，處于風水上的“白虎”位置，加以克煞前朝殘余王氣。
鑿掉原中軸線上的御道盤龍石，廢掉周橋，建設人工景山。這樣，主山（景山）--宮穴（紫禁城）--朝案山（永定門外的大台山“燕墩”）的風水格局又重新形成了。
北京風水格局的內局，更為細致，以南京故宮為藍本營建的北京故宮，延續了南京故宮的星宿布局，成為“星辰之都”。
古代將天空中央分為太微、紫微、天帝三垣。紫微垣為中央之中，是天帝所居處。明朝將皇宮定名為“紫禁城”。當時的建築師把紫禁城中最大的奉天殿（後名太和殿）布置在中央，供皇帝所用。
奉天殿、華蓋殿（中和殿）、謹身殿（保和殿）象征天闕三垣。三大殿下設三層台階，象征太微垣下的“三台”星。以上是“前廷”，屬陽。以偶陰奇陽的數理，陽區有“前三殿”、“三朝五門”之制，陰區有“六宮六寢”格局。
“後寢”部分屬陰，全按紫微垣布局。中央是乾清、坤寧、交泰三宮，左右是東西六宮，總計是十五宮，合于紫微垣十五星之數。
而乾清門至丹階之間，兩側盤龍六個列柱，象征天上河神星至紫微宮之間的閣道六星。午門在前，上置五城樓又稱“五鳳樓”，為“陽中之陰”。
內庭的乾清宮為皇帝寢宮，與皇後坤寧宮相對，在寢區中的乾陽，為“陰中之陽”。太和殿與乾清宮，雖同屬陽，但地理有別。
太和殿以三層漢白玉高台托起，前廣場內明堂壯闊。而乾清宮的前庭院，台基別致，前半為白石勾欄須彌座，後半為青磚台基，形成獨特的“陰陽合德”的和合。
北京城凸字形平面，外城為陽，設七個城門，為少陽之數。內城為陰，設九個城門，為老陽之數，內老外少，形成內主外從。
按八卦易理，老陽、老陰可形成變卦，而少陽，少陰不變，內用九數為“陰中之陽”。內城南牆屬乾陽，城門設三個，取象于天。
北門則設二，屬坤陰，取象于地。皇城中央序列中布置五個門，取象于人。天、地、人三才齊備。全城宛如宇宙縮影。城市形、數匹配，形同涵蓋天。
還有五行思想。宮牆，殿柱用紅色，紅屬火，屬光明正大。屋頂用黃色，黃屬土、屬中央，皇帝必居中。
皇宮東部屋頂用綠色，屬東方木綠，屬春，用于皇子居住。皇城北部的天一門，牆色用黑，北方屬水，為黑。所有單體建築，也因性質不同而選用了不同的顏色。
藏書的文淵閣，用黑瓦、黑牆，黑為水，可克火，利于藏書。二層的文淵閣室內，上層為通間一大間，下層分隔為六間，體現“天一生水，地六成之”的《易經》思想。天安門至端門不栽樹，意為南方屬火。
建築風水布局，還表現在名稱上合于《易經》之理。南端的麗正門，合于離卦的卦辭“日月麗乎天”。
順承門、安貞門在北部後宮，合于坤卦“至哉坤元，萬物滋生，乃順承天”、“安貞之地，應地無疆”。皇帝的乾清宮，皇後的坤寧宮，合于乾、坤之義。不宜加木，木生火。
此外，在數理上，也合于易理。易卦陽為九，又以第五爻為“飛龍在天”稱得位。皇帝稱為“九五之尊”（而尚未即位的稱為“潛龍”）。
在中軸線上的皇帝用房，都是闊九間，深五間，含九五之數。九龍壁、九龍椅、八十一個門釘（縱九，橫九）、大屋頂五條脊、檐角獸飾九個。
九龍壁面由270塊組成（含九），角樓結構九梁十八柱。為此，明代洪武三十五年又明文規定軍民不許九五間數。“九五”為皇帝專用，成為一種規定。
故宮內總共房間數為9999.5間，亦隱喻“九五”之意。甚至在建築細部裝飾上，都處處含有風水布局，宮廷古建築，高低錯落，勾心斗角，為化解風水上的煞氣，多取太極化解法（而很少用鎮壓法，反射法的暴逆制法）。
如梁、柱之間的雀替，梁枋上的彩畫，多以s形曲線表現，此形是太極的陰陽分界線，是太極圖形象的抽象簡化，是風水學中常用的化煞法，符合“曲生吉，直生煞”的風水觀念。
故宮廣用紅色，紅主火、主明，符合“光明正大”的寓意，也符合易理和風水原理。
整個宮城位于內城中部偏南地區，周長六里一十六步，南北長960米，東西寬760米，面積0.72平方千米，為南北向的長方形。
宮城設置八門，南五門，即承天門、端門、午門、左掖門、右掖門，東為東華門，西為西華門，北為玄武門。
宮城內壓在中軸線上的有七座主要建築物，以乾清門為分界，分為前後兩部分，即前朝後庭。
前三殿為奉天殿（嘉靖四十一年改為皇極，清改為太和）、華蓋殿（同上改為中極，清改為中和）、謹身殿（同上改為建極，清改為保和）。
後三殿為乾清宮、交泰殿、坤寧宮。宮城周圍有護城河，寬達52米，稱為御河。
皇城在宮城之外，周長十八里有奇，缺其西南角，南北長2.75千米，東西寬2.5千米，面積6.87平方千米。
東部為宮城，西部為西苑（元為西御苑），中部為太掖池（即元太液池，增開南海）。
皇城有六門，“正南曰大明，東曰東安，西曰西安，北曰北安，大明門東轉曰長安左，西轉曰長安右”。
內城即元大都城改建而成，周長45里，9門，東西長6.65千米，南北寬5.35千米，面積35.57平方千米。
正南為正陽門（即前門），左崇文門，右宣武門；東之南為朝陽門，北為東直門；西之南為阜成門，北為西直門；北之東為安定門，西為德勝門。
嘉靖時築“重城，包京城之南，轉抱東西角樓，長二十八里。門七，正南曰永定，南之左為左安，南之右為右安；東曰廣渠，東之北曰東便；西曰廣寧，西之北曰西便”。
北京內外城的街道格局，以通向各個城門的街道最寬，為全城的主干道，大都呈東西、南北向，斜街較少，但內、外城也有差別。
外城先形成市區，後築城牆，街巷密集，許多街道都不端直。通向各個城門的大街，也多以城門命名。
如崇文門大街、長安大街、宣武門大街、西長安街、阜成門街、安定門大街、德勝門街等等。被各條大街分割的區域，又有許多街巷。
根據《京師五城坊巷胡同集》的統計，北京內、外城及附近郊區，共有街巷村1264條左右，其中胡同457條左右。
比較而言，以正陽門里，皇城兩邊的中城地區街巷最為密集，達三百余條。這是由于中城地理位置優越，處在全城的中部，又接近皇城和紫禁城，人口自然稠密。
居民區仍以坊相稱，坊下稱鋪，或稱牌、鋪。居民住宅就是典型的四合院。
中城區（正陽門里，皇城兩邊）有9坊，68鋪；東城區（崇文門里，街東往北，至城牆並東關外）有5坊，朝陽、東直關外，鄭村霸，37牌，199坊。
西城區（宣武門里，街西往北，至城牆並西關外）有4坊，河漕西，朝天宮西，阜成、西直關外，20牌，101鋪。
南城區（正陽、崇文、宣武三門外，新城內外）有8坊，49牌，247鋪。
北城區（北安門至安定、德勝門里並北關外）有7坊，安定、德勝關外，90鋪。全城及附近郊區共有33坊，106牌，705鋪。
以北安門街和棋盤街（正陽門里）為界，以西屬宛平縣管轄，以東屬大興縣管轄。
西城全屬宛平，東城全屬大興，中、北、南三城兩縣分治。其中宛平縣有坊13，胡同312條。由此可見，明代北京城西部坊少胡同多，東部恰好相反，坊多胡同少。
明代北京城除設置二縣外，還設置與二縣地位相當的五城兵馬司，名為專理“刑名盜賊”。
中城兵馬司在仁壽坊（東安門外東北），東城兵馬司在思城坊（東安門外東南），南城兵馬司在城外正陽街，西城兵馬司在咸宜坊（西安門外西南），北城兵馬司在教忠坊（北安門外）。