奧卡王子幼子阿帕蒂在庫斯科登基為王，事實上造成了印加南北分裂。
宋洲在完成自己的牽制阻敵任務後，隨即撤兵。阿帕蒂立刻命令庫斯科軍隊接替防御，與基多軍隊在後世秘魯胡寧湖附近相持。
基多一方兵多將廣，庫斯科一方得到宋洲的全力支持，擁有更加先進的武器盔甲，兩方有過幾次交鋒，互有勝負。
新世界70年，西元1549年，春。
南方貴族中的領頭人阿圖科因病離世，作為自己一生最尊敬的老師，阿帕蒂為其舉行了最高規格的厚葬，並親自舉辦了祭祀儀式。
基多城得知消息，趁此時機，派大將基斯基斯與盧米尼亞維率八萬之兵南下，準備一舉平定南部的叛亂。
收到軍情，阿帕蒂急匆匆在庫斯科征召了四萬軍隊，對于誰堪大任，領兵出征，這讓他猶豫不決。思前想後，阿帕蒂再一次前往監牢，看望了牢中關押的原印加大將查爾庫奇馬。
查爾庫奇馬被關押的近兩年時間，除了人身不自由外，並沒有受任何皮肉之苦。相反，他利用這段時間學習了阿帕蒂發明出來的印加繩結字，閱讀了翻譯出的《孫子兵法》，簡直使他如獲至寶。
這一次探望，阿帕蒂與查爾庫奇馬交談了什麼，沒人知曉，但可以肯定的是查爾庫奇馬被說服，轉而投效了阿帕蒂，並在這次出征中擔任了暗地里的統帥。
庫斯科四萬大軍里大部分是銀礦奴隸出身，經過一番整訓，這些人紀律組織度較高的優點體現了出來，至于堪不堪戰，還有待實戰檢驗。
五月上旬，基斯基斯與盧米尼亞維率領的基多八萬大軍陳兵于胡寧湖畔，庫斯科軍隊隨後趕到。兩軍對壘，基多軍隊始終佔據著上風。
胡寧湖海拔4000米以上，後世該湖泊因附近盛產一種據說有壯y作用的植物——瑪卡，以及湖水重金屬污染而聞名世界。
這場大戰打了足足三個月，到八月份，庫斯科軍隊由于兵力不足，漸漸露出頹勢。
基斯基斯與盧米尼亞維也不輕松，連續收到基多城盡快一決勝負的催促，見己方優勢已定，兩人不敢再拖延，決定發起最後一戰。
于是，在這種背景下，印加版的“背水一戰”上演。
庫斯科軍隊背靠胡寧湖列陣，若不能取勝，只能淹死于湖中。在這種“拼死方能求生”的心態加持下，庫斯科軍隊爆發出了驚人戰力，將兵力兩倍于己的基多軍隊打得潰不成軍。
基斯基斯被俘虜，只有盧米尼亞維帶著殘兵遁走。
後來，疑心病極重的基多國王知曉查爾庫奇馬與基斯基斯在南方效力，認為三位前朝老將必有陰謀，他不顧盧米尼亞維的申辯，下令將其處死，可謂自斷臂膀。
經過嚴格訓練的銀礦奴隸兵在此戰中發揮了中流砥柱的作用，不少低級將領表現得悍不畏死，有勇有謀。
此戰後，基多一方暫時騰不出兵力繼續南下，庫斯科一方得到了重要的休養生息機會。
捷報傳到庫斯科時，寢食難安的阿帕蒂才稍稍松了口氣。
有功則賞，有過責罰，阿帕蒂想抬升那些作戰勇猛，但出身奴隸的低級將領為貴族，卻遭到了南方貴族們的集體反對。
當初攻取庫斯科，阿帕蒂將內亂中被殺死的貴族財物賞賜給作戰有功的奴隸，就令貴族們十分不爽，現在又讓這些卑賤之人與自己平起平坐，試問他們如何肯答應。
老師阿圖科臨終時，曾言貴族們靠不住，今日他們能擁戴自己，明日便能擁戴別人。現在看來，塔萬廷甦尤的確到了需要改變的時候，不然將來哪有什麼能戰之兵，阿帕蒂最終下定決心。
見反對力量勢大，阿帕蒂只好選擇暫時妥協，命人送信給前線的查爾庫奇馬，令其帶領有功將士盡快返回庫斯科，以防庫斯科劇變。
查爾庫奇馬率軍趕回後，阿帕蒂旋即于王宮中舉行了一場慶祝酒宴。
宴會中，他再次提及封賞之事。不懂何為鴻門宴的庫斯科貴族又一次跳出來，堅決反對。
阿帕蒂摔杯為號，宮中衛士聞聲闖入，將眾貴族一一拿下，由此揭開了南印加轟轟烈烈的改革。
阿帕蒂主持的改革包括正治、軍事、文化、經濟四個方面。
正治上，印加將使用統一的組織和管理模式，不在區分核心統治區與非核心統治區，這會改變以往核心統治區由來自庫斯科派遣官員直接管理，而非核心統治區，則由地方貴族自管的情況。同時，取消早已走樣的“禮品交換”傳統，允許職業商人存在，確立白銀為貨幣；全果的土地與財物名義上屬印加，印加賞賜給個人，即為個人所有，任何人不得搶奪侵佔……
軍事上，編煉新式軍隊，即增加刀盾兵、火器兵、騎兵等兵種，軍隊最高統帥是印加；新式軍隊分為禁軍與地方軍，地方軍主要負責地方維w，禁軍負責機動作戰……
文化上，所有祭司與官員必須學習掌握印加繩結文字，用繩結文字編寫歷法、律制；最高祭司為印加，印加可以指派一位德高望重者代替自己主持祭祀活動；廢除活人祭祀，以牲畜取代……
經濟上，鼓勵手工業者參入交易貿易；完善農業灌溉系統，鼓勵百姓開墾，明確土地所有……
南印加的這場改革雖談不上徹底，比如並沒有廢除奴隸的存在，但給了奴隸擺脫身份的途經，觸及到了生c關系的改變，仍具有積極的意義。
改革措施推行下來，南印加頓時陷入到動蕩，查爾庫奇馬再一次充當救火隊員，四處撲火。
到西元1549年年底，動蕩才大致結束，大批反對改革的貴族被貶為奴隸，丟進了波托西銀礦。
銀礦開采恢復後，阿帕蒂從宋洲大規模引入了耕牛、耕犁等農業工具，以及小麥，大麥等農作物，將其借貸給百姓，使得南印加糧食生產迅速恢復，為之後的北伐打下了物資基礎。