西元1518年3月22日，西班牙國王查理一世和麥哲倫簽署了協定。
協定中，國王答應為麥哲倫裝備五艘議定噸位的船只，兩年內保證充分供應船只所需的全體船員、糧食和火炮。
麥哲倫的遠航探險計劃獲得西班牙國王贊助與賞識的消息，很快被葡萄牙奸細探听到。葡萄牙國王曼努埃爾一世得知此事，異常擔心本國的獨家香料貿易利益受損，因此，他立即密令葡萄牙駐塞維利亞領事阿爾瓦利什，用盡千方百計也要破壞這個計劃。
阿爾瓦利什的軟硬兼施，並未使麥哲倫的遠航探險計劃擱置。計謀沒有得逞，阿爾瓦利什又唆使敵對分子給艦隊裝載了不少發霉的面粉、食糖和發臭的咸牛肉等。在招募海員問題上，他還大動手腳，安排敵對分子上船。組成艦隊的人員共265人，其中西班牙100多人，葡萄牙人37人，意大利人30人，此外還有德、法、英等6、7個國家的水手。人員如此復雜，阿爾瓦利什輕而易舉在葡萄牙人中安排了奸細，並謀劃暗殺麥哲倫。這便是後來遠航探險隊為何動不動就叛變，動不動就自行脫離船隊的主要原因。
1519年8月，遠航探險隊的準備工作終于就緒，全體人員待命起航。遠航探險隊由5只艦船組成，每條船上都備有槍炮火器和小艇。這5只艦船分別是“特里尼達”號，為船身最堅固的旗艦，載重量為110噸；“聖安東尼奧”號，載重量最大，為120噸；“康塞普遜”號，載重量90噸；“維多利亞”號，載重量85噸；“聖地亞哥”號，載重量75噸。
1519年9月20日，麥哲倫探險船隊駛離了西班牙。到11月19日，探險船隊利用東北季風和赤道海流，沿非洲西海岸南下。在行駛到佛得角群島時，船隊轉向西行，橫渡大西洋，到達南美洲巴西海岸。此時，麥哲倫探險船隊沿著南美海岸南下，航行了4個月。
1520年3月31日，麥哲倫發現了一個平靜的港灣，為其命名為“聖胡利安港”，船隊駛入港灣，在當地拋錨。阿爾瓦利什安排的刺客忽然在此時動手，幸好麥哲倫有所察覺，並未受傷，但經此事，船員損失不小，探險船隊不得不在“聖胡利安”港度過了一整個冬天。
5月中旬，為了找到通往太平洋的航線，麥哲倫派出一艘遠洋帆船向南航行，探索航路，但該船不慎觸礁受損。因此，當麥哲倫率領探險船隊再次揚帆起航時，船隊只剩下四艘遠洋帆船。
1520年10月21日，探險船隊沿著南美洲海岸向南航行，發現了一條通往太平洋的海峽。海峽兩岸峭壁林立，風急浪高。船隊沖向海峽，駛入一個比較寬闊的海港，穿過海港向前航行，又發現了一條海峽，在海峽外又有一個寬闊的海港。
麥哲倫船隊向南航行幾天，接連穿過幾個海港，發現兩條水道，一條朝東南，另一條朝西南。麥哲倫讓“聖安東尼奧”號和一艘海船向東南航行，他自己乘坐的旗艦“特里尼達”號帶領另一艘海船向西南航行。結果，朝西南航行的海船發現了一個海角和一片海洋。在旗艦“特里尼達”上的麥哲倫見此一幕，激動得掉下眼淚，穿過海峽時，麥哲倫看到南側的島嶼上到處有印第安人燃燒的簧火，便給該島嶼起名“火地島”。
而向東南航行的“聖安東尼奧”號卻走進了死胡同，在返回途中又找不到船隊，“聖安東尼奧”號船上的主舵手乘機嘩變，駕駛風帆船返回西班牙。麥哲倫對此一無所知，只以為它失蹤了。
經過28天的艱難航行，探險船隊在1520年11月28日走到水道盡頭，進入了太平洋。
接下來，麥哲倫船隊只有沿著南美西海岸，順秘魯寒流航行一條路，而友誼港（後世智利瓦爾帕萊索）是他繞不開的點。
宋洲自進入工業大發展時代，增強的可不只是經濟與軍事實力，人類將蒸汽、電力運用于生產，那股“人定勝天”的精神頭便翹了起來。
隨著宋洲探險船對太平洋東西兩岸的了解加深，海軍中開始有人鼓噪，要把太平洋變為宋洲的內湖，南太平洋是宋洲人的南太平洋。
在這種背景下，果防部制定了太平洋“封鎖”計劃，自然不可能再讓其他果家染指自己的海疆。
當麥哲倫船隊駛入友誼港附近，一觀察塔哨兵發現了情況，隨即匯報給了上級。
停泊在友誼港的快速艦船緊急出動，對這三艘西班牙船展開了天羅地網的追捕。
麥哲倫站在船頭，同樣看見了海上的異樣，數艘來歷不明的船只正向自己這邊快速駛來。
“麥哲倫艦長，正前方有三艘敵船！”
“該死，後方也有，我們被包圍了！”
望斗中的水手大呼小叫道。
待敵船越靠越近，麥哲倫終于看清對方船上的旗幟。
“是宋洲人的船！”麥哲倫略感驚訝道。
“特里尼達”號的舵手歌朱什急忙向麥哲倫詢問︰“艦長，我們現在是突圍，還是應戰，或者……”歌朱什沒敢把投降說出口。
麥哲倫想了想，做了個今生最讓他後悔的決定︰“打白旗，告訴敵船，我們是西班牙國王派遣的船隊，與他們並無惡意。”
其他兩艘船看到“特里尼達”號的信號，紛紛降下船帆，等待著宋洲快速艦船靠近。
見三艘西班牙船還算老實，宋洲艦船並沒有開火，圍攏後，宋洲海軍立即登船，將船上的所有人控制。
“我是西班牙國王任命的海軍上將，我要見你們的長官，你們不能這樣無禮地對待我！”麥哲倫見宋洲士兵毫無客氣地往自己身上套繩索，立刻掙扎起來。
“你現在是我們的俘虜，給我老實一點，別讓我丟你入海喂鯊魚！”海軍軍官也不管麥哲倫能不能听懂，自顧自地說道。
麥哲倫還想反抗，這時卻听“嗚”的一聲，一艘吐著黑煙，比旗艦“特里尼達”號還要大50倍的巨船正緩緩靠近。
“哦，我的上帝！”
“這一定是魔鬼的船！”
被綁起來的船隊船員各個目瞪口呆，被面前的場景嚇傻。
“怎麼現在才來？”
“鍋爐升溫不要時間嗎？還以為有仗要打了，想不到就這樣繳械投降了！”
“這三艘船交給你們拖回去，我先帶人走了！”
海軍軍官朝蒸汽船船頭一人大聲喊著，揮了揮手，海軍士兵將人一一押走。