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青海南山，因位于青海湖之南而得名，又叫庫庫諾爾嶺。位于青海湖、布哈河、哈拉湖之南，沙珠玉盆地、德令哈盆地之北；東從倒淌河與拉脊山分界，西在阿讓郭勒河源頭與土爾根達阪山、黨河南山過渡。青海南山長500公里，寬20-90公里。山峰海拔一般在4000-500。米，西北高、東南低。最高峰位于西部的哈爾科山，海拔5139米。整個山地以巴音郭勒河干流分為東西兩段︰東段位于青海湖南岸，東西長300公里，寬20-40公里，山脊脈絡清楚，山峰海拔一般4000-4500米，最高峰為塔漫山，海拔4592米。西段由于水系切割較為破碎，又可分為南北兩支，南支宗務隆山，北支哈爾科山。宗務隆山位于塔塔稜河、阿讓郭勒河與巴戛柴達木湖盆地、德令哈盆地之間。長200公里，寬30-40公里，山峰海拔一般4000一4500米，最高峰位于德令哈西北，海拔5030米。哈爾科山位于阿讓郭勒河與哈拉湖之間。山嶺主體位于西北部，東部和南部由于水系切割，脈絡不甚清楚。山峰海拔在5000米左右，最高峰位于西部，海拔5139米。
拉脊山，曾稱小積石山或唐述山。位于湟水和黃河干流之間，西起干子河口，東到qh省界。長260公里，寬20-40公里，山峰多在海拔4.000-4500米之間，最高峰野牛山海拔4832米。由于水系切割已形成很多山口。青沙山口、拉脊山口、日月山口均是出入西寧的重要交通要道。拉脊山總體走向北西西—南東東，東段近東西向，是拉脊山的主體，西段近北西—南東向叫日月山。日月山又叫納喇薩喇。古稱赤嶺。位于日月山口與干子河口之間。長90公里，寬10-20公里。山峰海拔多在4000米左右，最高峰阿勒大灣山海拔4455米。日月山自古以來是qh省東西之間的交通要道，西寧至格爾木的公路、鐵路由此通過。
榮達木盆地北緣諸山，位于柴達木盆地北緣的賽什騰山、綠梁山、錫鐵山、阿木尼克山、耗牛山總體上均呈北西西—南東東走向，山嶺極為低緩，山脊多不連續，主要由古生代及其更老的岩系構成。它們與祁連山脈的主體為一系列小盆地分隔，在自然地理上已屬柴達木盆地範圍，在地質構造上屬祁連山地槽褶皺系，所以把這些山嶺合稱柴達木盆地北緣諸山，從大的山系上仍可劃歸祁連山脈。賽什騰山位于甦干湖盆地與馬海盆地之間，西起冷湖鎮以東15公里，東至敖勞河谷。長90公里，寬一般20一500－4000米之間。山坡上部陡峭，下部和緩，山脊連續性差，兩端均已形成孤立山峰。最高峰位于東部，海拔4576米。綠梁山，位于柴達木盆地北部，依克柴達木之南，西起魚卡河谷，東至塔塔稜河谷。長60公里，寬一般10公里。山峰海拔多在3500-4000米，山坡上部較陡，下部和緩，山脊不連續，多呈獨立的塊狀山地。最高峰位于西段，海拔4111米。錫鐵山位于柴達木盆地北部，巴戛柴達木湖之南。是典型的塊狀山，長寬均在15公里左右。山坡陡峻，山峰海拔4037米。山嶺主要由古老變質岩構成，有多種金屬礦藏。阿木尼克山位于北霍布遜湖盆地之北，北與布依坦烏拉山之間有寬約20公里的平坦寬谷分開；西起全集河谷，東到托索湖盆地西緣。長100公里，寬一般10-20公里。山峰海拔一般為500米，山坡和緩，山頂渾圓，山脊不甚連續。最高峰位于山嶺中部偏西，海拔4166米。耗牛山位于柴達木盆地東北角，德令哈—希里溝盆地西南。長70公里，一般寬5－10公里。山峰海拔多在3500-4000米之間，山脊不甚連續。西段較低叫南山，東段較高是耗牛山的主體，最高峰位于東段，海拔4472米。耗牛山主要由早古生代地層組成，煤的蘊藏較豐富。
祁連山為昆侖秦嶺地槽褶皺系的一個典型加里東地槽，褶皺迥返于陸相泥盆系磨拉石建造之前。北祁連山及河西走廊見中、下泥盆統不整合于下古生界及加里東晚期花崗岩之上；拉脊山見中、下泥盆統不整合于中、上奧陶統之上；南祁連山烏蘭大阪見上泥盆統不整合于下志留統之上，代表祁連山主要于加里東晚期褶皺成山，基本由地槽變為地台發展階段，故晚古生代一中、新生代均為地台蓋層沉積。
祁連山的北界為塔里木一als地台，以大斷裂分界。南界與東昆侖和西秦嶺褶皺系間也為大斷裂所切，兩者沉積地層不同，如中吾農山一青海南山石炭、二疊系為冒地槽沉積，局部夾火山岩，而歐龍布魯克隆起帶寒武一奧陶紀時為地台型砂頁岩碳酸鹽建造，厚700-2000余米，假整合于上元古界全吉群之上。
祁連山脈西段由︰走廊南山、黑河谷地，托萊山，托萊河谷地，托萊南山、疏勒河谷地，疏勒南山、哈拉湖盆地，黨河南山、喀克吐郭勒谷地，賽什騰山、柴達木山、宗務隆山等一系列山脈與寬谷盆地組成。祁連山脈東段有︰冷龍嶺、大通河谷地，大通山、大阪山。在一系列平行山地中，南北兩側和東部相對起伏較大，山間盆地和寬谷海拔一般在3000-4000米之間，谷地較寬，兩側洪、沖積平原或台地發育。疏勒南山以東的北大河、黑河、疏勒河、大通河和布哈河等五河之源所在的寬谷盆地海拔高達4100-4200米。祁連山海拔4500-5000米以上的高山區現代冰川發育，現代冰川和古冰川作用的地貌類型都較豐富。祁連山區由于多年冰土的下界高程一般為700米之間，使大多數山地和一些大河的上游都發育著冰緣地貌。在凍土帶以下的地貌作用中，東部以流水作用為主，西部風成作用較為明顯。
祁連山素有“萬寶山”之稱，蘊藏著種類繁多、品質優良的礦藏，有石棉礦，黃鐵礦、鉻鐵礦及銅、鉛、鋅等多種礦產，八寶山的石棉為國內稀有的“濕紡”原料。祁連山區冷濕氣候，有利于牧草生長，在海拔2800米以上的地帶，分布有大片草原、為發展牧業提供了良好場所。
祁連山位于中緯度北溫帶，深居內陸，遠離海洋，它又處于青藏、蒙新、黃土，三大高原的交匯地帶，由于青藏高原對大氣環流的特殊影響，使夏季來自東南季風的濕潤氣流得以北進西伸，波及本區；冬季受nmg干冷空氣，西北寒冷氣流的影響，致使本區冬季降溫幅度大，氣溫年較差較大。
多種因素的疊加構成了祁連山林區主要的氣候特征，即大陸性高寒半濕潤山地氣候。表現為冬季長而寒冷干燥，夏季短而溫涼濕潤，全年降水量主要集中在5∼9月，本區由淺山地帶向深山地帶，氣溫遞減，雨量遞增，高山寒冷而陰濕，淺山地帶熱而干燥。隨著山區海拔的升高，各氣候要素發生有規律自下而上的變化，呈明顯的山地垂直氣候帶。自下而上為︰淺山荒漠草原氣候帶、淺山干草原氣候帶、中山森林草原氣候帶、亞高山灌叢草甸氣候帶、高山冰雪植被氣候帶。
在林區，隨著海拔的增高，大氣中的水汽含量和塵埃減少，大氣透明度增加，太陽總輻射量加大。該地區4∼12月份山上的雲雨比山腳地帶顯著增多，日照時間顯著減少，山區的總輻射，反不如山腳地帶高，因而太陽總輻射和日照年總量山上比山腳少。月總輻射及日照時數最大值均出現在4月。最小月總輻射量出現在太陽高度角較小而日照又較短的2月。同時，光照和幼樹的生長的關系也十分密切。光照充足的地方一般溫度較高，郁閉度較小，營養空間較大，有利于幼樹的生長更新。