當軌道轟炸的蘑菇雲散去，幾個J10戰術機中隊伴隨著一架雷鷹戰機向著重慶巢穴飛去。他們是前往清理巢穴的先頭部隊。
原本的計劃是遠征軍的突擊部隊負責斬首，但計劃趕不上變化，軌道轟炸直接摧毀了統一戰要面對的BETA，所以現在由他們負責將巢穴中的渣宰們清除。
崔亦菲駕駛著帶領風暴小隊飛翔在雷鷹周圍，她看著戰術機外被轟炸摧毀的大地。到處是撕碎燒焦的BETA尸體，原本崎嶇的山地被炸成深坑，茂密的樹林只留下碳化的殘骸。
崔亦菲，這位戰績驚人的隊長只感覺有些喘不過氣，僅僅一輪攻擊就摧毀了一片大地，她無法想象如果軌道上的戰艦持續攻擊會發生什麼。
在一段時間的飛行後，機群終于接近巢穴所在的區域，或者說像巢穴建立的區域，軌道轟炸造成的地形改變太大了，導致以前的地圖完全失去了作用。
雷鷹發射了一枚熱熔導彈，巨大的熱量熔穿了坍塌的岩石，露出了通往地下巢穴核心的洞口。
機群逼近洞口，雷鷹進入低空，隨後穿著鐵騎式終結者裝甲的凱倫瓦爾和他的三名榮譽護衛從腹部的艙門一躍而下。崔亦菲將她的戰術機停在洞口前，她朝著洞口內望去，只有一片黑暗。
根據之前的情報，統一戰線知道巢穴中還有被BETA捕獲的人類，他們被囚禁著，等待戰士們的拯救。
以風暴小隊為先鋒，戰術機中隊依次進入BETA巢穴的下層，很快，他們就和巢穴內參與的BETA展開了遭遇戰，巢穴內的通道十分復雜，每一次轉彎都可能和BETA迎頭踫上，進入巢穴的戰士不斷擠壓BETA的活動空間，一點一點將巢穴內的BETA清理干淨。
終于在強行炸開一條通道後，清理小隊見到了之前被BETA捕捉的人類。凱倫瓦爾緊握手中的戰術突擊炮，眼前是一排排他在月球上見過的那些繭，里面包裹著被俘獲著的大腦和脊椎。
凱倫瓦爾舉起突擊炮對準這些繭，默念了一聲抱歉隨後就要給予他們仁慈。
“請等一等，”一架戰術機的擴音器傳來聲音，“你們有那種可以維持生命的設備對吧，我們願意……”
沒等她說完，突擊炮就噴吐出火舌，爆彈撕裂了包裹大腦的繭，將整個生物裝置摧毀。
“他們已經沒救了，我們在月球上就見過這樣的人，再先進的科技也救不了連靈魂都消散的人。”凱倫瓦爾無情的說。
所有人都陷入了沉默，巢穴中只有凱倫瓦爾說話的回音。
“繼續前進，我們要找到頭腦級”隨後清理小隊接著清理整座巢穴，接下來一小時中沒有一人說話。
終于在巢穴的最下層，清理小隊見到了一個巨大的發著藍光的卵狀有機體，那就是頭腦級。
所有人都將武器對準眼前的巨卵，這時一陣聲音從四面八方傳來，其他人都覺得刺耳，但凱倫瓦爾和他的護衛卻听見了機油佬一樣的聲音，“你為何同這些礦物一起與我為敵，造物主的工具？”
“造物主的工具！”凱倫瓦爾緊緊盯著頭腦級，他已經按耐不住開火的欲望了，但為了獲取更重要的情報，他強耐著毀滅欲，等待頭腦級繼續說。
“你身上的信號和基因編碼證明你屬于造物主們的制造序列，只是和我等的工具種類不同罷了。”
“是嗎，我可不這麼認為”凱倫瓦爾的突擊炮炮管開始轉動，緊接著巨大的轟鳴回響在巢穴下層中。
在被爆彈撕成碎片之前，頭腦級依舊用它那毫無感情的聲線說︰“更上一級單位在E01號開采點等待。”
凱倫瓦爾收起戰術突擊炮，對著身邊的跟隨他奮戰的戰士們宣布結束了。
重慶巢穴的頭腦級徹底死亡，而他所屬的BETA也被徹底消滅，人類在長江以南的BETA威脅已經被消除。
在巢穴中的最後一聲槍響後，遠征軍與統一戰線發起的重慶戰役結束。
從九月五日至九月二十一日，整場戰役持續16天，消耗炮彈兩萬噸，等離子炸彈一萬六千枚，反擊縱隊傷亡10381人，戰術機損壞230台，衛士傷亡接近65，以重慶為中心方圓13萬平方公里的土地在三十年內都無法恢復。
雖然損失是如此巨大，但戰果也是豐厚的，長江以南的全部國土被統一戰線奪回，該地區99.98的BETA被消滅或被迫撤退，重慶巢穴被徹底毀滅無法再生。
在十月一日，統一戰線在南京恢復原有的國名，逮捕反動分子。他們在灰燼遠征軍的幫助下穩定了長江防線，並開始了沿海地區的重建工作。
十月五日，國與遠征軍簽訂協議，加入聯合國家政府，並獲取了遠征軍的技術支持，一些先進的生產線被設立，科研人才開始和機械教人員展開科研交流活動。
同年，西方國家在要求技術分享無果後，以美利堅為首多國集團對進行經濟與技術制裁，只有甦聯依舊保持原有態度。
回到重慶戰役剛結束時，凱倫瓦爾連長正在向荷魯斯匯報。
“情況如何？”荷魯斯坐在椅子上問之前跟隨進攻的凱倫瓦爾。
“毫無疑問，他們的決心相當堅定，我相信他們是這顆星球上最有希望的一群人，當然，還是不免有一些敗類，但相比其他勢力已經非常好了。”說完，凱倫稍微斟酌了一下，“大人，關于我提到的情報……”
荷魯斯坐直身軀，嚴肅的說︰“我會處理好這件事，但你要嚴格保密，有多少人知道這件事？”
“只有我和我的三個護衛。”
荷魯斯松了口氣，“還好知道的人只有你們，否則將引起巨大的政治麻煩和信任危機。凱倫，這是絕密情報，你懂的。”
“當然，我會讓我的護衛刪除這段記憶。”
“不，我的意思是保密即可，不要留下任何文字資料。”荷魯斯駁回了這種想法。
刪除記憶，這是他父親和人類帝國的常用手段，荷魯斯並不想向他們一樣。
“準備好戰機，你來開，我們去一趟KS。是時候揭開那群異形的謎語。”