馬尼拉有西班牙兵馬一千五百人左右，另有當地土著兵一千，還有日本人數百，總兵在三千出頭。
自從佔有大員，丁毅一直讓他們往呂宋那邊賣糖，同時打探消息，布置細作。
馬尼拉本身就是個海港城市,建立在巴石河上面，西班牙人入侵後登陸後，在巴石河南岸建立了城堡和炮台，整個城市橫垮兩岸，中間有六座橋梁連結兩邊，南邊有城堡和炮台,外敵如果想在馬尼陸,必然會遭到炮台的狂轟濫炸。
就算進入馬尼拉城，還有一個市中市,也就是西班牙王城在。
西班牙王城又名市中市，是西班牙殖民者19年建立的城堡，面積僅一平方公里，位于黎剎公園和帕西格河中間，當時只允許西班牙人和西班牙血統的人居住。
市中市的西北有座聖地亞哥堡，曾被海盜林鳳摧毀，但西夷又用石頭重建，歷時三年才築成。
現在是相當牢固，有諸多炮台和大炮，僅城牆厚度，達十米，放在後世的火炮，也無法打破。
丁毅沒走時和趙大山等研究了兩天，如何用最小的代價打進馬尼拉。
如果以船隊從正面進入，必然要遭到南岸炮台的轟擊，進去之後,還要被聖地亞哥堡的炮打。
像他們的三級戰列艦,都不能進去,因為這城是建立河的上面，中間有六座橋連結。
進去都可能撞到橋，橋斷了沒事，撞傷三級戰列艦不劃算。
最後大伙商量下後，還是決定用老套路，偷襲。
用偷襲，降低損失，就和打大員一樣。
前面說過，在大員北部基隆社寮地區之和平島，西班牙人于166年發現北大員三貂角，同年佔領北大員雞籠，並興建聖薩爾瓦多城。
然後丁毅攻佔了荷蘭，並且向西班人拋去了橄欖枝，當時丁毅的想法就是，不要同時得罪兩個歐洲大國，先穩住西班牙人。
但同時，丁毅采取的策略和荷蘭人歷史上相似，不準中國商人去和西班人做生意。
所有去過雞籠的中國商船，將得不到大員的白糖和鹿皮。
這麼一干後，雞籠那邊就沒什麼可以賺錢的,反而駐軍消耗太大。
所以原歷史上，1637年，為了減少開支，菲律賓總督科奎拉為減少開支，決定消減大員兵力，還拆了一個城堡，荷蘭人看到機會，1641年立刻派兵來攻，只是沒有打下，又退了回去，等到164年後，荷蘭人帶了大量的炮再來攻，終于逼降了西班牙人，獨佔大員。
這幾年丁毅當然沒有去攻西班牙，還時常向西班牙提供白糖，大員也有很多西班牙商船來往，他們與聖薩爾瓦多城建立了不錯的友誼。
聖薩爾瓦多城守將多爾還是趙大山賣鍋的第一個大客戶，雙方關系一直不錯。
但丁毅其實念念不忘要打下聖薩爾瓦多城，只是因為太遠，在北部，所以遲遲不動。
而聖薩爾瓦多城的西班人和歷史上一樣，因為丁毅的封鎖，讓他們只能從丁毅那得到少量白糖，沒什麼賺錢的機會，一直虧本，而多爾賣鍋的錢，都是自己的，不上交西政府，于是在1637年，他們和歷史上一樣消減了大員的兵力，拆了一個城堡。
這下雞籠的防守就空虛了。
于是丁毅和趙大山他們研究的結果是，先打聖薩爾瓦多城，然後以西班牙人的船和軍服，偷襲馬尼拉。
此時水師大部的船已經去了大澳，趙大山也不急著出兵，因為呂宋那邊華人和西夷還在打，沒有停，丁毅是不知道什麼結束，但最後一批華人投降已經接近八月到十月了。
並且這時正有三千多華人在大員為丁毅開新田呢，他自然不急著發兵，這麼早打下馬尼拉，這些人肯定又要鬧著回馬尼拉。
所以趙大山以水師出征，戰船不夠為借口，先拖著。
拖到七月份時，遠去大澳的船只也回來了。
隨船回來明軍五百水師和宋飛。
據宋飛說，他們還算順利，去時走的菲律賓西邊，經過馬尼拉，回程是從菲律賓東邊。
去的路上，正好踫到馬尼拉慘案，沿路有遇到華商船只，請求他們進攻馬尼拉，但宋飛以軍務為由拒絕，並說可以保護他們安全。
但他也比較聰明，華商問他們是誰的部下，宋飛說是鄭芝龍。
當時趙大山听的一臉黑線，你不能這麼干啊，讓鄭芝龍知道，又要誤會了。
宋飛擾擾頭，俺記得丁大人做壞事時，都是報別人名字啊，我也是學嘛。
趙大山無語。
但這時他也沒功夫管這事，宋飛他們一路上大部份時間都是順風，用了五十六天到大澳。
中間沒有損失船只，但死了十幾個人。
這些年丁毅水師越來越強，應付海上航行其實很有經驗，奈何很多蒙古人，女真人，和番人都沒經歷過這麼長的航海，還是死了一波。
到了之後，就在後世達爾文港登陸，還好有丁毅畫的圖給的位置，不然真不好找。
他們取名為大澳港，然後在港口附近，開始築城，扎營。
按丁毅的方式，先捕捉當地土著為民工。
在當地，他們是不會像在大員一樣用糧食和東西去換，他們將和歷史上的歐洲列強們一樣，用大炮和刀劍，征服土著。
在普利爾，穆圖，多琪，發動征服土著的行動時，宋飛休整了幾天，帶著船隊回來了。
按丁毅的吩附，以後每年，大員會派船隊去大澳一到兩次，都選在順風的季節，運些物資和人力過去。
“我們回程用了八十多天。”宋飛沉聲道︰“還好我們帶了大量的甘薯干和柑橘皮。”
柑橘皮是濟州特產，曬干後再處理下，比較甘甜，又能長久保存，關鍵在海上，能補充維生素，不容易得病。
“回來就好，明年再去看看成果。”趙大山也不管，現在對大澳鞭長莫及，他們得干好呂宋的事。
明軍戰船回來後，許功烈多次催他們發兵，被趙大山以天氣為由拒絕。
此時這三千多華人，已經在大員種下數千畝水稻和紅薯等，開墾了不少良田，前期丁毅只收十萬兩銀，大伙還覺的少，現在突然覺的丁大人真有智慧。
這些華人囤完田後，也未必會定居在這里，那以後這些田，有可能是丁毅的了。
一直拖到十月底，天氣微寒，趙大山終于決定發兵，但不是先打呂宋。
崇禎十三年（1640年）十月底，許爾顯，宋飛，皮魯特等大將帶水師戰船七艘（含三級戰列艦三艘），征用許功烈他們華商船十艘，帶兩千兵馬，除了船炮，另外帶了五十門炮，征伐聖薩爾瓦多城。
為一戰而下，宋飛把守城的3磅卸下了三十門，全是澳門葡萄牙人打造的，另外4磅炮因為太大，不方便移來移去，也就算了，因為趙大山評估差不多夠用。
十一月初，明軍的戰船在三級戰列艦台南號的帶領下，突然出現在和平島外。
西班牙人大驚。
此時呂宋發生的事情，早就傳到這邊，但西班牙人並沒有放在心上，因為明廷從來不會關心百姓和庶民的死活，連對岸的鄭芝龍都沒有反應，何況與他們關系較好的趙大山呢。
所以，當這麼多船突然出現，立馬打了他們一個措手不及。
特別是看到巨大的三級戰列船，他們在港口的兩艘戰船，根本不敢出港。
守軍指揮多爾岡薩雷斯看出是明軍戰艦，不明所已，完全不知道為什麼明軍突然會來打自己。
他可是大員賣鍋第一個客戶，和趙總督是鐵哥們。
他正準備一只小漁船，想派人來問明軍，突然，轟，轟，明軍三級戰列艦上的3，4磅巨炮先後開火。
三艘三級戰艦上面加起來有一百多門炮，僅一側的火炮打出也有七十多炮，幾乎是連綿不斷的呼嘯而來。
與此同時，另一邊的民艘帶著步兵和其他炮，從和平島以東登陸，繞到守軍背後。
聖薩爾瓦多城上的炮台俱是3磅炮和4磅炮，還沒有明軍的艦炮威力強，且只有八門炮。
關鍵明軍先發制人，第一波炮有一大半打中聖薩爾瓦多城，打的聖薩爾瓦多城千瘡百孔，數門火炮失去作用。
聖薩爾瓦多城這時才反應過來，趕緊回擊。
但明軍太多，又猛，他一個小小聖薩爾瓦多城那里頂的住。
關鍵他們之前為了減少開支，還拆了一個城，縮減了兵力。
整個聖薩爾瓦多城這時才兩百多人。
明軍重炮狂轟，第一輪就打死西軍十幾人，因為明軍炮火太猛，西軍炮台上幾乎不敢站人。
因為這個時代，沒有誰的海軍水師，像荷蘭人一樣，用兩層三級戰列艦，裝幾十門4磅，3磅的大口徑火炮。
前面說過，歐洲其他海軍這麼大的戰艦，基本都是旗艦，也不能進行遠洋。
而荷蘭人以前在大員也只有一艘，所以西班牙人的城堡設計，對抗一般火炮和少量巨炮是沒什麼問題的。
但丁毅先後得到荷蘭人三艘，自己又造了好幾艘，這次來的船少，卻幾乎是當世海軍最強的火力。
這些巨炮在打移動的戰艦或是不容易，但打固定的城堡，是非常強的。
每輪上百枚炮彈齊飛，打到第三輪時，西班牙人就頂不住了。
這時又看到明軍在陸地登陸，多爾不知道發生了什麼事，但趕緊選擇投降。
事實證明，歷史上荷蘭人把炮帶多了，果然有用，趙大山僅以艦炮，就逼降了多爾，連後繼步兵運炮都沒用的上，白費力氣。
聖薩爾瓦多城被明軍攻下後，多爾已經隱隱感覺到不妙。
特別在明軍要求他們脫下所有軍服時，多爾更知道要完蛋了。
十一月八日，留宋飛，朱向陽，姚新漢等守大員，趙大山親率許爾顯，皮魯特、俞亮泰等大將，另有三十艘水師戰船，五十艘華商的船，出動一千五水師，七千步營，一千五百番人和五百難民組成的輔兵，共計一萬多兵馬出征呂宋，趙大山還帶上了最新的武器，汽油彈。
這玩意丁毅造出來後，連在旅順那邊都沒有用過，實在是沒有敵人能值得他用。
丁毅現在把他當秘密武器，將來準備要打蓋州城的時候可以用。
蓋州等滿清的城池，現在被皇太極學著丁毅，挖的到處是坑，建了無數碉堡，普通明軍根本不可能攻下。
皇太極也以為丁毅不可能攻下。
卻不知道丁毅已經制造出這個時代的終極大殺器，汽油彈。
趙大山選十一月份出擊，也是因為天氣原因。
十一月份天氣降溫，明軍可以穿上鐵甲，以西夷這時火繩槍的威力，明軍在鐵甲內再套棉甲也好，鎖甲也好，基本超過三十米外不可能被重創，五十米外都不可能被打破兩層甲。
十一月中旬，聖薩爾瓦多號西班牙戰艦，率先出現在馬尼拉港口，上面高懸著西班牙王旗，迎面飄揚。
馬尼拉港口炮台上的守軍用望遠鏡看到，還有揮起手來，遠遠招呼。
此時馬尼拉的戰斗剛剛結束沒多久。
菲律賓總督科奎科在四月份時下令︰“凡華人格殺勿論”。
到崇禎十三年（1640年）八月，當局自己統計已殺了萬---4萬，華人財產損失最少七百萬比索，當局政府掠奪三百五十多萬比索，兵士個人掠奪不計其數。
當時整個馬尼拉存活有四千多華人，被按教徒和非教徒集中在聖克魯斯和比倫洛居住，西夷在華人居住的地方築上圍柵，要求不準離開半里之外，整個菲律賓其他省份，不得華人居住。
簡直是把華人當狗一樣圈養起來。
九月份總督科奎拉宣布平叛勝利結束，統計戰果的同時，表彰英勇的武士和有功人員。
但很快他們發現，華人都被殺光了，圈養了，馬尼拉也癱渙了。
十月份，連總督科奎拉也發現大事不妙，現在的馬尼拉沒有理發師、沒有裁縫、沒有鞋匠、沒有廚師、沒有農民和牧民，很多貴族都在叫，我們“沒有糧食吃，沒有鞋子穿，即使出極高的價錢也買不到。