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《黃帝內經》基本理論精神包括:整體觀念、陰陽五行、藏象經絡、病因病機、診法治則、預防養生和運氣學說等等:
1“整體觀念“強調人體本身與自然界是一個整體，同時人體結構和各個部分都是彼此聯系的。
2“陰陽五行“是用來說明事物之間對立統一關系的理論。
3“藏象經絡“是以研究人體五髒六腑、十二經脈、奇經八脈等生理功能、病理變化及相互關系為主要內容的。
4“病因病機“闡述了各種致病因素作用于人體後是否發病以及疾病發生和變化的內在機理。
5“診法治則“是中醫認識和治療疾病的基本原則。
6“預防養生“系統地闡述了中醫的養生學說，是養生防病經驗的重要總結。
7“運氣學說“研究自然界氣候對人體生理、病理的影響，並以此為依據，指導人們趨利避害。
歷代醫家用分類法對《黃帝內經》進行研究。其中分類最繁的是楊上善，分做18類;最簡的是沈又彭，分做4卷。各家的認識較為一致的是髒象(包括經絡)、病機、診法和治則四大學說。這四大學說是《黃帝內經》理論體系的主要內容。
折疊髒象學說
髒象學說是研究人體髒腑組織和經絡系統的生理功能、相互之間的聯系以及在外的表象乃至與外環境的聯系等等之學說。
髒象學說是以五髒六腑十二經脈為物質基礎的。當然有關解剖學之內容還遠不止此，但更重要的還是通過大量的醫療實踐不斷認識、反復論證而使此學說逐漸豐富起來的，最終達到了指導臨床的高度。
《黃帝內經》充分認識到“有諸內必形諸外“的辯證法則，使髒象學說系統而完善。髒象學說主要包括髒腑、經絡和精氣神三部分。髒腑又由五髒、六腑和奇恆之腑組成。
五髒，即肝、心、脾、肺、腎。
六腑，即膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。
奇恆之腑也屬于腑，但又異于常。系指腦、髓、骨、脈、膽和女子胞。這里邊膽即是大腑之一，又屬于奇恆之腑。
髒腑雖因形態功能之不同而有所分，但它們之間卻不是孤立的，而是相互合作、相互為用的。
經絡系統可以分經脈、絡脈和腧穴三部分。經脈有正經十二:手太陰肺經、手陽明大腸經、足陽明胃經、足太陰脾經、手少陰心經、手太陽小腸經、足太陽膀胱經、足少陰腎經、手厥陰心包經、手少陽三焦經、足少陽膽經、足厥陰肝經。十二經脈首尾相聯如環無端，經氣流行其中周而復始。另有別于正經的奇經八脈:督脈、任脈、沖脈、帶脈、陰蹺脈、陽蹺脈、陰維脈、陽維脈。(注:“奇經八脈“一名始于《難經•二十七難》)
經脈之間相交通聯絡的稱絡脈。其小者為孫絡不計其數;其大者有十五，稱十五絡脈。《靈樞•經脈》敘述的非常詳細。
腧穴為經氣游行出入之所，有如運輸，是以名之。《黃帝內經》言腧穴者，首見《素問•氣穴論》，再見于《素問•氣府論》，兩論皆言三百六十五穴。實際《氣穴論》載穴三百四十二，《氣府論》載穴三百八十六。
精氣神為人身三寶。精，包括精、血、津、液;氣，指宗氣、榮氣、衛氣;神，指神、魂、魄、意、志。精和氣是構成人體的基本物質，氣和神又是人體的復雜的功能，也可以認為氣為精之御，精為神之宅，神為精氣之用。
折疊病機學說
研究疾病發生、發展、轉歸及變化等等之內在機理的學說稱病機學說。
《素問•至真要大論》所說“審察病機，無失氣宜“、“謹守病機，各司其屬“都是此學說的內容。
1病因:引起人發病的原因很多，《黃帝內經》將其歸納為二類。風雨寒暑實為“六淫“的概括;陰陽喜怒乃“七情“的概括;飲食居處即“飲食勞倦“。可以認為這就是後世三因說之濫觴。
2發病:正邪雙方力量的對比，決定著疾病的發生與發展，這就是“正氣存內，邪不可干“之意。《素問•上古天真論》所說“精神內守，病安從來“，《素問•評熱病論》所說“邪之所湊，其氣必虛“等，都論證了這一點。
3病變:疾病的變化是復雜的，《黃帝內經》概括病變也是多方面的，有從陰陽來概括的，用表里中外歸納的，用寒熱歸納的，從虛實而論者，實指邪氣盛，虛指正氣衰。概括說來，有正虛而邪實者，有邪實而正不虛者，有正虛而無實邪者，有正不虛而邪不實者。
折疊診法學說
望聞問切四診源于《黃帝內經》。
1望診:包括觀神色、察形態、辨舌苔。
觀神色者，如《靈樞•五色》、《靈樞•五閱五使》和《靈樞•五色》所載，這些在臨床上都很有意義。
察形態者，是察看人的骨肉皮膚而推斷病情，在臨床上虛實是錯綜復雜的，只有知其常，才能達其變。
辨舌苔者，如《素問•熱論》、《素問•刺熱論》和《靈樞》所載等等。
2聞診:包括聞聲和嗅氣味。
聞聲音者，是听患者的聲音而診斷病情。
其次是嗅氣味，如《素問•金匱真言論》所說，肝病其臭臊，心病其臭焦，脾病其臭香，肺病其臭腥，腎病其臭腐。
3問診:問訊患者的自覺癥狀，以診斷病情。
4切診:包括切脈與切膚。《黃帝內經》言切脈最詳，主要為:
(1)三部九候法:即分頭手足三部，每部分天地人三候。
(2)人迎寸口脈法:即兼診人迎和寸口兩處之脈，互相比較。
(3)調息法:即調醫者之呼吸，診病人之脈候。
(4)謂胃氣脈:脈象之中有無胃氣，至關重要，有胃氣則生，無胃氣則死。
5)六綱脈:《黃帝內經》所載脈象很多，如浮、沉、遲、數、虛、實、滑、澀、長、短、弦、細、微、濡、軟、弱、散、緩、牢、動、洪、伏、芤、革、促、結、代、大、小、急、堅、盛、躁、疾、搏、鉤、毛、石、營、喘等等。但常以六脈為綱加以概括。
其次是切膚:膚泛指全身肌膚，按肌膚而協助診斷的內容很多，如“按而循之“、“按而彈之“等等。但論之最詳細的是切尺膚。因為脈象與尺膚有必然的聯系，故診病時亦可互相配合。
折疊治則學說
研究治療法則的學說稱治則學說。
1防微杜漸:包括未病先防和已病防變。如“春夏養陽、秋冬養陰“等皆言預防疾病，有病早治防其傳變。
2因時、因地、因人制宜:
因時制宜者，是告誡醫者用藥勿犯四時寒熱溫涼之氣。
因地制宜者，在治療時不可一概而論，必須加以區別。而《素問•異法方宜論》論述東南西北中“一病而治各不同“的因地制宜甚詳，如東方之域，其治宜砭石;西方之域，治宜毒藥;北方之域，治宜灸 ;南方之域，治宜微針;中央之域，治宜導引按� br />
因人制宜者，如《素問•五常政大論》和《素問•征四失論》所載。
3標本先後:即因病之主次而先後施治。有關標本先後施治的在《素問•標本病傳論》中敘述最詳。
4治病求本:這是《黃帝內經》治則中最根本的一條。《素問•陰陽應象大論》說:“治病必求于本。“
5因勢利導:在治病求本的基礎上巧妙地加以權變。
6協調陰陽:此為治療之要義。
7正治反治:正治亦稱逆治，是與病情相逆的直折的治療方法。比如“熱者寒之，寒者熱之，虛者補之，實者瀉之“之類;反治也稱從治，如“寒因寒用，熱因熱用，通因通用，塞因塞用“之類。
8適事為度:無論扶正還是祛邪都應適度，對于虛實兼雜之癥，尤其應當審慎。切記“無盛盛，無虛虛“，即使用補，也不能過。
9病為本，工為標:《素問•湯液醪醴論》指出:“病為本，工為標。“這是說病是客觀存在的，是本;醫生認識治療疾病，是標。醫生必須以病人為根據，這樣才能標本相得，治愈疾病。
10辨證施治:《黃帝內經》雖未提出“辨證施治“一詞，卻有辨證施治之實。上述幾點均含此意，而書中已有髒腑辨證、經絡辨證、八綱辨證、六經辨證的內涵。
11制方遣藥:《黃帝內經》雖載方藥無多，但其方藥之理已具。
12針刺灸 :《黃帝內經》言經絡、腧穴、針刺、灸 者非常多，僅僅補瀉手法就有呼吸補瀉、方員補瀉、深淺補瀉、徐疾補瀉和輕重補瀉等，這些手法一直被後世所沿用。
折疊編輯本段學術思想
《黃帝內經》接受了中國古代唯物的氣一元論的哲學思想，將人看作整個物質世界的一部分，宇宙萬物皆是由其原初物質“氣“形成的。在“人與天地相參“、“與日月相應“的觀念指導下，將人與自然緊密地聯系在一起。
一、“氣“是宇宙萬物的本原
老子在《道德經》雲:“有物混成，先天地生。寂兮寥兮，獨立而不改，周行而不殆，可以為天下母。“認為構成世界的原初物質是形而上者的“道“。宋 、尹文將這種原初物質稱之為“氣“。《黃帝內經》受這些學說的影響，也認為“氣“是宇宙萬物的本原，“太虛寥廓，肇基化元，萬物資始，五運終天“。在天地未形成之先便有了氣，充滿太虛而運行不止，然後才生成宇宙萬物。這其實是揭示天體演化及生物發生等自然法則。在宇宙形成之先，就是太虛。太虛之中充滿著本元之氣，這些氣便是天地萬物化生的開始。由于氣的運動，從此便有了星河、七曜，有了陰陽寒暑，有了萬物。陰陽五行的運動，總統著大地的運動變化和萬物的發生與發展。
二、人與自然的關系
《黃帝內經》認為人與自然息息相關，是相參相應的，自然界的運動變化無時無刻不對人體發生影響。《素問•寶命全形論》說:“人以天地之氣生，四時之法成“。是說人和宇宙萬物一樣，是稟受天地之氣而生、按照四時的法則而生長。人生天地之間，必須要依賴天地陰陽二氣的運動和滋養才能生存。
人體的內環境必須與自然界這個外環境相協調、相一致，這就要求人對自然要有很強的適應性。《靈樞•五癃津液別》說:“天暑衣厚則腠理開，故汗出。……天寒則腠理閉，氣濕不行，水下留于膀胱，則為溺與氣。“這顯然是水液代謝方面對外環境的適應。人的脈象表現為春弦、夏洪、秋毛、冬石，同樣是由于人體氣血對春夏秋冬不同氣候變化所做出的適應性反應，以此達到與外環境的協調統一。如果人們違背了春生夏長秋收冬藏的養生之道，就有可能產生病變。就是一日之內、日夜之間，人體也會隨天陽之氣的盛衰而相應變化。如果違反了客觀規律，也會受到損害。
人與自然這種相參相應的關系在《黃帝內經》中是隨處可見的。無論是生理還是病理，無論是養生預防還是診斷與治療，都離不開這種理論的指導。
三、人是陰陽對立的統一體
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