倉耀祖光和七年（184年），黃巾起義爆發，朝中公卿都推薦朱�y，說他有才略。于是，朝廷任命他為右中郎將，持節，與皇甫嵩共同出征。
朱�y先與黃巾軍波才部作戰，失敗。皇甫嵩退守長社（今河南高官葛縣東北）。波才率大兵包圍城。當時，城中兵少，眾寡懸殊，軍中震恐。皇甫嵩安慰部下，並打算使用火計。天遂人願，當晚大風驟起。皇甫嵩命令將士扎好火把登上城牆，先派精銳潛出圍外，縱火大呼，然後城上點燃火把，與之呼應。皇甫嵩借此聲勢，鳴鼓沖出。黃巾義軍缺乏戰斗經驗，驚慌散亂，被迫後撤。這時，曹操也奉命趕來，于是皇甫嵩、曹操、朱�y合兵，乘勝追擊。黃巾義軍頑強抵抗，斬殺數萬人。
接著，皇甫嵩又和朱�y一起乘勝鎮壓汝南、陳國地區的黃巾軍，並追擊波才、進攻彭脫，連連取勝，平定了三郡之地。皇甫嵩上表朝廷，推功于朱�y，朱�y被封為西鄉侯，遷鎮賊中郎將。
當時南陽郡黃巾首領張曼成起兵，自稱“神上使”，擁眾數萬，殺郡守褚貢，屯駐宛城（今河南南陽）百余日。繼任太守秦頡擊斬張曼成。黃巾余兵又舉趙弘為帥，人眾越來越多，達到十幾萬人。朱�y、荊州刺史徐 和秦頡合兵一萬八千人，進擊趙弘，從六月直到八月，始終不能取勝。有人建議要召朱俊回京。司空張溫上疏勸阻，他說“當年秦用白起，燕任樂毅，都是曠年持久，才能夠克敵。朱�y討潁川，已經有功效，率部南征，計劃已定，臨陣換將，這是兵家所忌的，應該給他時間，讓他成功。”靈帝依議。朱�y于是揮兵急攻宛城，殺死趙弘。
黃巾軍又以韓忠為帥，仍然佔據宛城。朱�y兵少不敵。于是解散城圍，扎下營壘，築造土山，面對城內。鳴鼓吶喊，擺出進攻城西南的態勢。黃巾軍全都趕赴應敵。朱�y卻自率精兵五千，進攻東北，將士鼓勇，登城而入，韓忠退守小城，驚懼非常，請求投降。
朱�y的司馬張超及徐 、秦頡皆欲听之。朱�y不同意，他說“出兵有形同而實異的地方。當初在秦末的時候，人民沒有穩定的君主，所以以賞附來勸降。現在海內一統，只有黃巾造反，納降他們不能使人向善，討伐他們足以懲惡。現在如果接受他們的投降，那就滋長他們造反的意念，給他們有利就進戰，不利就乞降的想法，這是縱敵長寇的策略，不是良計。”說完，下令急攻，但一連數日，都未能攻克。
朱�y登上土山， 望黃巾營壘，然後對張超說道“我知道了！賊人的外圍堅固，內營逼急，求降不得，想出也出來不得，所以他們殊死戰斗。萬人一心，尚且不可當，何況是十萬呢！強攻的害處太大了。不如把包圍撤除，集合部隊進城。韓忠看見包圍已經解除了，一定會自己出來，等他們出來，兵心就散了，這是易于攻破的方法啊。”
于是下令解圍。韓忠見圍解，果然引軍出戰，朱�y乘勢進擊，大破其軍，追擊十余里，斬殺一萬余人。韓忠等人只好投降。秦頡殺死韓忠，黃巾余眾不能自安，又以孫夏為帥，還駐宛城。朱�y進攻，孫夏敗走，朱�y縱兵擊殺上萬人。黃巾因此破散流離。
中平二年（185年）春天，朝廷任命朱�y為右車騎將軍。朱�y率兵回京，被任命為光祿大夫，增加食邑五千戶，改封錢塘侯，加位特進。後來因為母親喪離職。服畢起家，任將作大匠，轉任少府、太僕。
黃巾起義之後，各地農民紛紛起義。其中大聲的就自稱雷公，騎白馬的就自稱張白騎，行動輕便的就說是飛燕，胡須多的就號稱于氐根，大眼的就說大目，如此多的稱號，都各有原因。人多的聚眾二三萬，小的也有六七千人。其中，以常山人張燕勢力最大，他輕勇矯捷，軍中都號稱是“飛燕”，他善得士卒的愛戴。據眾百萬，佔據黑山，朝廷無法討平。後來，他遣使至京師，投降了朝廷，被拜為平難中郎將，領河北諸山谷事。
後來，張燕漸漸率兵侵犯河內郡，進逼京師。朝廷任命朱�y為河內太守，率領家兵擊退張燕。後來他們大多都被袁紹所討平。此後，朱�y歷任光祿大夫、屯騎校尉、城門校尉、河南尹。
中平六年（189年），董卓把持政權。因朱�y是功高望重的將領，董卓對他格外小心。外表與他親近交結，內心則對他頗為忌憚。
初平元年（190年），關東州郡起兵討伐董卓，推袁紹為盟主，兵鋒甚為強盛。董卓感到恐懼，想請公卿們商議遷都長安，朱�y屢次阻止。董卓雖然厭惡朱�y和自己作對，但貪圖他的高名，于是上表奏請朱�y為太僕，做自己的副手。
使者到朱�y府上後想要宣示詔命，朱�y堅決推辭，不肯接受，卻乘機說“國家西遷，必孤天下之望，以成山東之釁，臣不見其可也。”使者听了，很感奇怪，問他“召您受任，您堅決拒絕；沒問您遷都的事，您卻說了半天，這是為什麼呢？”朱�y說“副相國，我不能勝任，遷都計，也不是急事。辭卻不能勝任的職務，說點不關緊急的話，是我們做臣子的本分。”使者又問“遷都的事，我從沒听到過。就算朝廷有此打算，也還沒有透露出來，您怎麼知道的呢？”朱�y又煞有其事地說“這可是董相國告訴我的，否則，我怎能知道？”使者沒辦法，只好回去復命。此事于是作罷。
初平二年（191年），董卓進入關中後，留朱�y守洛陽，朱�y便和山東諸將通謀，想作內應。後來，朱�y害怕董卓襲擊自己，棄官逃往荊州。董卓任命弘農人楊懿為河南尹，駐守洛陽。朱�y聞訊，率兵還洛陽，楊懿退走。朱�y見河南殘破，無法作為屏障依靠，于是引軍向東面，屯駐在中牟縣。並傳信給各個州郡，召請部隊討伐董卓。徐州刺史陶謙派來精兵三千。其他州郡也派了一些兵來，陶謙便上表奏任朱�y代理車騎將軍。董卓聞知後，讓他的將領李�礡@ 崧柿焓 蛉送妥ォ幽系值倉 y。朱�y出擊，被擊敗。朱�y自知眾寡不敵，于是停留關下，不再前進。
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