萬歷五年三月二十八的大朝會結束時，除了撞柱子自殺的王用汲還在醫院里養傷，陸樹聲、張瀚、萬士和和王希烈也被免廷杖之外，其余三十二個參劾張居正，反對新政且當朝逼宮的官員，連同從詔獄里面提出來的劉台和傅應禎，共三十四人，被集體廷杖。
明代的廷杖是極為殘忍且羞辱性的肉刑。成化年以前，凡受廷杖者不用去衣，反而用厚綿底衣，主要目的是示辱而已，然受仗者猶臥床數月，而後得愈。
劉瑾專權時期，受杖者開始被去衣杖刑——此朱翊鈞“大白屁股”之謂也。
可能是皇權對臣子羞辱過頭之後，大臣反而有了斯德哥爾摩綜合征一般，到了明中期以後，受杖大臣立即以敢于廷爭面折而聲名播于天下，並且名垂“帛竹”——就是史冊。實際上，是皇權失去了輿論陣地，話語權被士紳剝奪所致。
由于屁股上挨幾板子就可以名垂千古，因此很多靠名聲吃飯的，冒險騙取廷杖的也大有人在。到了明中後期，皇帝也雞賊起來，廷杖之前一般要揣摩一下受杖者的心思，看看他是否有靠廷杖揚名之意，如果有——直接打死拉倒。
廷杖分“用心打”和“著實打”，至于采取何種打法由監刑官按皇帝的密令決定，如果監刑官腳尖張開，那麼就是“用心打”，最多會導致殘廢；如果監刑官腳尖閉合，那麼就是“著實打”，則受刑的大臣必死無疑。
由于朱翊鈞在朝會上定了調子，這次是略施薄懲，每人十杖讓他們“求仁得仁”——因此這次既不用心，也不著實，就是輕輕打了十下。
廷杖的工具本來由栗木制成，擊人的一端削成槌狀，包有鐵皮，鐵皮上還有倒勾，一棒擊下去，行刑人再順勢一扯，尖利的倒勾就會把受刑人身上連皮帶肉撕下一大塊來。
朱翊鈞盡管要做政治表態，但他不是變態。因此下旨，將廷杖尖端的鐵皮去掉，受杖者不僅不去衣，每人還發一塊羊毛氈子——示天下以仁。
但如此以來，被杖者就沒有了撕心裂肺表演鐵骨錚錚的動力，施杖的錦衣衛也沒有展示他們妙到毫巔廷杖功力的欲望，整個過程啪啪十下，所有人都覺得索然無味——有幾個心里蠢蠢欲動想要主動脫褲子的，看了看身邊難兄難弟如釋重負的表情，也沒好意思開口。
但隨後的皇帝下發的諭旨處分就重了，凡在殿中逼宮的臣子連同劉台、傅應禎兩個，除了陸樹聲歸籍閑住，退休待遇保留以外，剩下的全體一擼到底，成了白身——為了示天下以變法之意甚堅，還追奪了他們出身文字，也就是說這些人連秀才的免稅待遇也沒有了。
吏部尚書張瀚的失落感最大，他這幾年盡管當了吏部尚書，但基本上是張居正的牽線木偶，積壓了滿腹的怨毒。這次好容易雄起一把，卻把全部身家折個精光——從被罷官之後，他就開始自言自語，應該是半瘋了。
王希烈和萬士和兩位老兄，都是理學名臣，高官厚祿不放在眼里那種，因此還挺得住。但朱翊鈞的手段還沒有完，因為王希烈伴駕較多，兩人有點感情，皇帝給王希烈賜了臨別禮物，上書“危行言孫”的一幅大字——皇室精品裝裱，署名為御筆，還蓋了“聖余慎遜”的私章。
王希烈看到了皇帝這幅字，徹底灰心了。這四個字出自論語，全文是“邦有道，危言危行；邦無道，危行言孫。”皇帝給他這四個字的意思是，你既然覺得皇帝變法錯了，為“邦無道”之舉，那你也要做到“危行言孫”，就是謹慎正直做事的同時，要把嘴閉上。
他理解皇帝賜這字有兩方面意思，一是咱哥倆盡管政見不同，但有些私人感情，地方官要長點眼，不能欺負王希烈，這是好意；第二個意思是借著這四個字，警告所有被罷官的官員，回家後要把嘴閉上——在野非議朝政，也不行！
皇帝賜字那肯定不能扔，還要回家供起來。王希烈等人在京師喝了幾天大酒，被人吹捧了一番之後，就帶著這副大字收拾東西乖乖回家了。
被廷杖的“三十四君子”，根本沒受傷，僅僅是屁股紅腫幾天而已——因此這高名也有些注水，返鄉路上請他們參加文會的也不多，從此後泯然眾人矣。
這邊朱翊鈞暫時壓服了百官，還要去哄一哄張居正。張居正被門生劉台一本五千字參劾擅作威福，黑狗血淋了一身，真氣著了，有些的灰心意冷；而核心黨羽張瀚入骨三分的一刀，更把他砍的膽戰心驚，因此接連上兩本辭職。
當然，他被參劾後上第一本辭職奏章，本來就是臣子的該有的本分動作。因此在第一本內他說“朝廷庶事尚未盡康，海內黎元尚未咸若，而變法才興，確不是言去之時”。但“言者以臣擅作威福，而臣所以代主行政者，非威也，則福也取其近似而議之。事事皆可作威，事事皆可作福。”
張居正先說自己現在辭職，確實不是時候，那意思您要留我別走。隨後提出條件，劉台和這些人說我擅作威福，您得給個說法，要不我沒法出來做事。
出乎他意料之外的是，皇帝給他的說法已經超過了他最最樂觀的估計。張居正以為，皇帝能把劉台逮捕下獄，就已經夠可以了，沒想到皇帝召開臨時朝會，一口氣罷了兩尚書、兩個侍郎，一堆雜魚也全被廷杖！
張居正雖然可見皇帝要厲行變法的決心，然而王用汲的死諫，也確實嚇著他了。有明一代，大臣集體辭職逼宮張居正聞所未聞；而王用汲的當朝撞柱，張居正也僅從史書得見——這樣的人，史書記載全部都是忠臣，而被其彈劾的，基本上都是些反面人物。
本來應該立即復出的張居正有些退縮了，他深刻的體會到守舊勢力的強大，在家中對長子張嗣文說道︰“皇上雖然聖明，然讒言日嘩于耳，即使不能為之投杼，而為父以身俯謗，豈臣節所宜有乎？”——誹謗之言眾多，雖以曾參之賢，而其母投杼逾牆而走，皇帝對我的信心能保持多久呢？說完這話，張居正幾乎落淚。
張嗣文听了父親的真心話，哭道︰“父親為相五年，國事起衰振隳，以兒子觀之，您已躋身國朝名相之列。皇上此番操切為政，欲行大變法——兒子觀皇上給父親的變法綱要，翻天覆地之變也！您何必負疑謗于身，行不可為之事？”
于是，張居正在糾結矛盾的心情中，于大朝會第二天再上一奏疏求去。其言甚哀︰“伏望皇上憐臣之志，矜臣之愚，特賜罷歸。博求廟廊山林之間，必有才全德備之士，既有益于國而不惡于眾者，在皇上任之而已......”這回是真想撂挑子不干了。
朱翊鈞覽奏後，無奈之余親筆寫了一封信道︰“先帝以朕幼小，托付了先生。先生盡赤忠以輔佐朕，不辭勞苦，不避怨謗，不居功勞，皇天後土祖宗必共鑒知。些許畜物為黨喪心，狂發悖言，動搖社稷，自有朕為先生做主。先生不必如此介意，只念先帝顧命，朕所倚任，以保安社稷，興革天下為重，即出輔理......”
又派身邊管事太監孫隆，帶著表里八件，御酒四瓶以及玉佩一件，將信送到張府。
張居正見孫隆來，也在意料之中，吩咐擺香案接旨。孫隆道︰“皇爺特意囑咐奴婢，此非旨意，乃信也。”將朱翊鈞親筆信交給張居正看了，張居正淨手捧讀後，當著孫隆的面涕淚交流，雖未答應復出，但心意再次動搖。
此後幾天，朱翊鈞連續派身邊人送東西，傳口諭，溫言撫慰張居正。張居正推辭不得，且也有雄心，終于在四月初三日，對再次到來的孫隆表態，復出視事，開始變法！