朱翊鈞在二月初要求內閣、兵部盡快整理出南苑宮室，成立武學，以百日為限完成。
但朱翊鈞忽視了一個問題，這南苑宮室他帶著人去住沒問題，但改成學校——這違制之處多如牛毛，甚至可以說拆了重建都比改建輕松。
內閣移文禮部、工部，組織精通禮制官員和匠工，參與到改建計劃之中，這三個部一起共事——每日扯皮之事就讓張居正焦頭爛額。
直到王國光入閣，專責抓總南苑武學興建之事，這進度才大大加快。到了六月底，這南苑武學才有了大模樣。但萬歷二年京師雨水多，這油漆等項裝修掃尾現在還在施工。
不光建設進度不如朱翊鈞的意，按照他提出的辦學指針，這機構架子搭的也慢。三月底，領導人選才基本選定，教材開始編撰。
武學按照朱翊鈞的設置，設山長一名，皇帝親任；副山長五人，常務副山長戚繼光，已經履職；副山長定國公徐文壁，分管訓練和招生，已經履職；副山長譚綸，負責武器裝備和教學設置，兼職；副山長葛守禮，分管教務，兼職；副山長張鯨，負責後勤。
因為這武學領導眼見著是皇帝重要核心圈人選，各方勢力為了這副山長職務幾乎打破頭。連李太後都接了命婦好幾次請托。
張居正因要避嫌，在武學副山長選定一事上基本不參與意見，朱翊鈞問了幾次都不得要領。後來，只能乾綱獨斷，選了上述自家了解比較深的幾個，暫時做了副山長。
大架子搭起來以後，指揮系、工造系、後勤系先後搭建。系主任人選為也重中之重，各邊、各地總督，又是一輪你搶我奪。
內閣和兵部經過幾輪討論，僅指揮系就報王崇古和殷正茂、劉應節三人給朱翊鈞，朱翊鈞最後選擇了兩廣總督殷正茂為指揮系主任，但此時尚未就位。後勤系選了漕運總督王宗沐；工造系人選，朱翊鈞別有想頭，由張鯨手下負責內府工造的周宣暫代。
而各系下設的馬步協作科、水軍科、火器科等科也都設置好，人選待三大系主任到任後，還需要一輪討論，報朱翊鈞批準抽調，此時尚未進行。
最後，朱翊鈞在低效率下只能妥協，將開學日期定在萬歷三年的二月。這一年，除了興建校舍之外，各衛所、邊軍的學員逐步就位。朱翊鈞讓戚繼光領著跟著京營一起訓練，要把紀律性先鍛造出來。
此前，朱翊鈞為向朝廷表示重視，幾個月工夫已經視察兩次。此際心情有些小郁悶，就叫上王國光和譚綸兩個，各部官員和翰林若干。不用大駕鹵簿，輕車簡從，定于七月二十六日晨出發，到南苑校場視察。
內官早就提前一天出發，告訴南苑武學並協助準備接駕。等朱翊鈞“輕車簡從”的千多人到了，戚繼光領著京營兵和學員已經在校場列隊，做好了接駕準備。
此際正值酷暑，朱翊鈞早上坐小馬輦出發，到了南苑時正是隅中，大太陽曬的校場升煙。陪同的官員見武學員和京營士兵軍服兵器齊備，在操場上靜靜站立，個個滿頭大汗卻紋絲不動，都暗自點頭。
雖然大伙兒對朱翊鈞選擇戚繼光為常務副山長，位在系主任這些總督之上都一肚子意見，但見了戚繼光的練兵成效，不得不在心底寫個服字。
朱翊鈞見軍容整肅，表揚了戚繼光幾句。戚繼光這幾個月以薊州三千兵為骨干，老京營留下的八千人加上又招募的兩萬五千精壯，重建了三萬六千兵的新京營。
這新兵訓練，最是磨人。朱翊鈞做甩手掌櫃，戚繼光一邊忙著籌備武學事，听著各大員的冷嘲熱諷；一邊帶著薊州老兵訓練新兵，幾個月工夫瘦了好幾圈，黑瘦黑瘦的。
朱翊鈞看了不忍，又笑道︰“這些日子元敬辛苦了。”戚繼光听了，單膝跪地，紅著眼圈，舉起右拳放在自己左胸道︰“謝皇上掛懷，臣不辛苦。”