到了黃藥師祖父這一輩，在高宗紹興年間做御史。
這一年，奸臣秦檜冤害大忠臣岳飛將軍，黃藥師的祖父一再上表為岳飛申冤。
高宗皇帝和秦檜大怒，不但不準，還將他貶官——所謂是賜金放還。
可黃藥師的祖父也是個執拗不屈的性子，忠心耿耿，便在皇宮大門外大聲疾呼，不依不饒地呼吁百官與眾百姓一起來保岳飛將軍，救國救民！
秦檜惱羞成怒，就將他直接下獄殺了，所有的家屬都流放去雲南。
所以黃藥師其實是在雲南麗江出生的……他從小就讀了很多書，又練成了極高的武功，從小就詛罵皇帝，說是要推倒宋朝，立志要殺了皇帝與昏庸的當朝大臣為岳飛將軍和祖父報仇！
可那個時候，秦檜早就已經死了，高宗皇帝也日漸年老昏庸。
黃藥師的父親還是一直教他忠君事親的聖賢之道，黃藥師听了很不服氣，不斷跟自己父親爭論，家里人都說他不孝。
後來，黃藥師的父親更是一怒之下，將他趕出了家門。
于是，黃藥師從雲南回到浙江祖宅。他非但不去考科舉，還以武功擊毀了慶元府的明倫堂，把當地學官都給揪了出來，狼狽不堪……
還跑到皇宮里和宰相、兵部尚書等衙門外以及衢州南遷孔府門外張貼大告示，指斥朝廷的惡政。說該當圖謀北伐，恢復故土，否則愧對祖宗雲雲。
朝廷大怒，派了幾百人馬晝夜捕捉黃藥師。
可以黃藥師的武功，又不正面與禁軍應戰，打游擊的話區區幾百人馬怎麼可能捕捉得到他？
就這樣，黃藥師的名頭在江湖上非常響亮。因為他謗罵朝廷，肆無忌憚，說的都是老百姓心里想說卻不敢說的話！就在江湖上得了個“邪怪大俠”的名號。
後來，黃藥師的父親在雲南去世，雖然和他關系不和睦，但終究是把所有家財留給了他……再加上浙江祖宅這邊的一些產業，黃藥師能賣的賣，不能賣的就打包帶走。
最後，他離開了陸地，來到東海上尋了一處無人知曉的小島安頓下來——也就是現在的桃花島了！
不得不說，黃藥師的家族也算是傳奇了……
“實際上，在下家族的這一段歷史，也算不得什麼真正的大秘密。朝堂之上和江湖武林中，有心人只要去打听和探尋一番，總是能知道的。只不過，我桃花島孤懸海外，和朝堂江湖都已經沒有太多瓜葛，一般也沒什麼人去打听。”
黃藥師的聲音淡淡的，似乎講述的是別人家事一般。只是吳雲還是從其中听出了一些不甘和怨念。
來自對宋國朝廷的失望，對當年祖父被奸臣所害的不甘，對父子關系不和睦的遺憾……
洪七公沉默了片刻，又道︰“不過黃老邪，這些似乎和你說的十三秘丹藥方沒關系吧？”
“自然有關系！我剛才就說過，這十三張藥方是被我叔祖帶走。實際上，當年我祖父還有一個弟弟。那是我曾祖父在外地為官時，和一個苗醫女子所生。由于既非明媒正娶，又非漢人女子，便一直隱瞞著。我這私生的叔祖便和他母親生活，長到十二歲才來到黃府。”
“當時黃家在朝堂和士林中都聲望正隆，自然不願聲張。但曾祖父也不是絕情之人，就把這私生子收入府中，和我祖父一起成長。說是她的伴讀書童，實則是同父異母的兄弟。”
“再之後，我祖父擔任御史大夫時為岳父將軍抱不平而被殺。族中人商議，便讓我這叔祖離開，以免到時候家族絕後。他本身就不在族譜中，朝廷也不會知曉。”
“于是，我這叔祖便帶著這十三張秘丹藥方離開黃家，不知所蹤了。所幸的時候，狗皇帝倒也沒有喪盡天良，殺了我祖父之後，其余人等流放到雲南……”
原來如此！！！
吳雲驚訝地看著黃藥師︰“所以，留下這十三張藥方的人……是黃兄你那位叔祖？”
“應該是了。”黃藥師點點頭，“據說那位叔祖醫術極高明，武功也還可以。沒想到他離家之後，還有這番際遇。只可惜，終究是被那異蛇所害。說到這事，吳弟你擊殺那異蛇妖蟒，也算是為我叔祖報仇雪恨了。”
黃藥師家族的故事說完了，三人走在密道中，都沉默了。
很快，密道盡頭，出現一個密室。
面積頗大，四周牆壁上都掛著許許多多的畫像，前面還供著牌位——想必都是黃氏先祖們了。
密室正中心有一個石台，上面放著一些精美古樸的箱子。
黃藥師走上前，把左邊的一個打開，從里面拿出了四張泛黃的紙卷，遞給吳雲和洪七公看。
“叔祖離家之後不知所蹤，後來局勢穩定下來之後，家族族老們想辦法靠記憶還原了四張最簡單的藥方。其余的太過復雜，光是用藥就超過上百種，且名字和外形描述極為復雜，所需藥草的年份也各不相同，不可能記得住。”
師徒倆接過他遞來的藥方一對照，果然和吳雲的那十三張其中四張幾乎是一模一樣的！只是極少數幾種藥材的年份和用量有點微小差距。
估計是當初黃氏族人再記憶默寫時，出了一些錯誤。
吳雲思索片刻，笑著道︰“既然這十三張藥方本就是黃兄祖傳之物，你我既已結為異姓兄弟，那麼現在便物歸原主了吧。”
黃藥師卻搖搖頭。
“這是吳弟你尋到之物，自然是屬于你的。為兄只是見到這些祖傳之物，心緒起伏，想起前塵舊事，便說與你和洪兄听听而已。”
他確實也並不貪慕這些藥方，只是和吳雲興趣相投，覺得命運冥冥中十分神奇，才帶他倆來密室一觀，並講出諸多過往。
吳雲心念一動，又建議道︰“可是黃兄，我和師父雖然勉強懂得一些醫術藥理，但和你比起來還是差很多。這些藥方留在我手里也沒用吧。不如這樣，能不能拜托你嘗試著看看能不能依照藥方制作成品出來？到時候，我們五五分如何。”