以前，很多讀書人不敢投效秦川，因為以前秦川是反賊，他們怕朝廷收復靜樂嵐縣之後，對他們秋後算賬。
自從朱由檢親自拿掉秦川逆賊的罪名，並任他為游擊將軍之後，靜樂、嵐縣及附近州縣的許多落魄士子、窮酸書生便紛紛來投。
秦川參照朝廷的六部六房制度，建立了自己的內政體系，成立吏政司、戶政司、科教司、工業司、軍務司、刑律司，並增加了財政司，專門管錢糧賦稅。
吏政司管官員的任免考核，由秦川的老丈人文成任司長，文成雖然是新來的，但早已名聲在外，家里又有個當大官的老爹，相比于王繼宗，更能鎮得住那些落魄士子和窮酸書生。
明廷的戶部管土地、戶籍和錢糧賦稅等賬務財政，秦川把錢糧賦稅分出去給財政司，保留其他職能，並增加水利灌溉和畜牧業的相關職能，由王繼宗任司長。
科教司屬于文化部門，除了在各個縣城和村鎮建立學堂之外，還成立了幾個科研部門，秦川把那些專于奇淫技巧的，鑽研天文地理的，專于奇淫技巧的人，統統放進我，還有各樣各業比較專精的人也在那兼職搞科研，帶著一群學會搞物理化學機械醫療等等，由喜好丹青水墨和吟詩作對的宋知庭任司長。
工業司負責槍炮火藥、礦業、水泥、燒磚等一應苦力活，由名望最高的陳詹任司長，李學境和嚴三七任副司長。
軍務司統管軍隊大事，自然由秦川兼任司長。
刑律司管刑罰治安，由一個叫牛三春的九箕山老匪任司長，這家伙腿瘸了，上不了戰場，為人較善惡分明，做事有原則講道理，秦川便讓他管刑法。
財政司管財政大權，錢糧、賦稅、餉銀等所有開銷，自然由秦川自己兼任司長，日後打算交給老婆來管。
這七個部門以下，還有各種分管相應事務的部門，靜樂城和嵐城縣衙仍保留原有的部門和相應官吏，這些人仍然屬于朝廷命官，吃朝廷的糧餉，听秦川的話，按照秦川麾下七個部門的政令來施政，簡單講就是地方機構。
各個村寨和鄉鎮設村長或鎮長，還設一名書記官和財政官，負責文書和財物工作，這三名村官下面還有各個里長，以明朝的里甲制度為基礎，由一名里長和十名甲首維持村寨的治安，每年輪換一批。
之前負責維護個村寨治安的關帝軍，則逐漸退出各個村寨。
包括羅大牛、李頂梁、劉有柱、羅八、老黃等人，也逐漸退出民政管理，實行軍政分離，軍隊只負責打仗，民政交給王繼宗和文成等人去管。
以前人少的時候，秦川走的時候大鍋飯路線，他手底下的人吃喝拉撒全由公中支付，像王繼宗一個月五兩月錢，一日三餐由公中包了。
但地盤擴大，且手底下人數眾多之後這種法子就行不通了。
因此，秦川重新制定了一套薪酬體系，考慮到如今糧食的價格已經高達二兩銀子一石，他不可能把工錢提高到糧食價格的標準，于是便采用工錢加糧食補貼的方式，並建立明確俸祿的等級體系。
比如王繼宗等幾名司長的俸祿高達六兩，每個月補貼兩石糧食，而戶政司一名普通的主事，則只有二兩俸祿，糧食補貼一石，基層的小吏更是只有一兩俸祿和八斗糧食補貼。
明朝一個未入流的小吏，月俸祿就有三石糧食，相比之下秦川制定的俸祿並不高。
但他麾下一名小吏每個月一兩銀子能買五斗糧，加補貼也有一石三斗左右，能養活一家五口，對于很多落魄士子來說，已不算低了。