剩下的事情就很簡單了，安德從nerv總部帶走了初號機，還有一具綾波麗的身體，然後就帶著弟子明日香，還有被他重新賦予人身的綾波麗回到了咖啡店。
與他一同跟來的還有葛城美里，這女人一直叫嚷著被他欺騙了感情，要好好找他算賬，路上喋喋不休，大多是在罵安德如何如何渣，如何如何傷害她的感情之類的。
安德表示與我無關，然後根本不鳥她，把她氣個半死。
現在情況就是這麼個情況，安德吞噬了莉莉絲和亞當之後，使徒再也不是危險，而人類補全計劃也徹底流產，就算是現在殺了安德，這個計劃也不可能成功了，因為在前兩者被吞噬之後，莉莉絲與亞當只剩下靈魂，一位徹底變成的人類綾波麗，而另一個渚薰也徹底降格，墮落成了介于人于使徒之間的存在。
這種降格是不可逆的，人類補完計劃失去了成功的先決條件，從今往後擺在人類面前的就只剩下一條路，老老實實的攀科技樹，別想著再整個大計劃，了不起就是搞點戰爭的ど蛾子，但那已是與安德無關了。
有鑒于葛城美里太過嘮叨，安德直接就沒理她，讓她一肚子火卻沒處發，然後一發狠，就學明日香的做法，直接在安德這兒住下。
然後安德依舊沒理她，帶著明日香和綾波麗就去了實驗室，氣的她想罵人。
對于家里多了個葛城美里，明日香是無所謂的，反正她又沒辦法搶走安德的愛，明日香所在意的是綾波麗，這個走後門的為什麼會住在老師家里？而且老師還成了她的監護人？
對于這一點，明日香是非常在意的。
“老師，我是你的弟子吧？”
“嗯？”
“我可愛吧？”
“嗯？”
“我一直很乖巧吧？”
“嗯？”
“那我能不能提個小小的要求啊？”
“你想說什麼？”
“把這個走後門的趕走怎麼樣？”
“你在想屁吃。”
“啊啊啊，老師我不喜歡你了，你傷害了我。”
“哦。”
安德進行著手上的工作，理都懶得理，然後明日香不爽了，就想去找綾波麗的麻煩，可惜後者是個三無，任由明日香如何說，綾波麗就是不理，更是氣的明日香牙癢癢。
“身體年齡應該在三十二歲左右，相貌的話，跟綾波麗有七成相似，茶色頭發，身高是多少來著？算了，就設定成176吧，至于碇源堂受不受得了，那就不是我的事了。罩杯呃，算了，就這樣吧，其余什麼的，一切從簡，至于他收到貨會說我老婆怎麼縮水了？那跟我有個毛線關系。”
沒錯，安德現在就是在催熟綾波麗的克隆人身體，將之改變成碇唯的模樣，既然答應了人家再看到老婆的願望，那就要說到做到。
做完這一切，安德就把初號機給拆了，拆的很徹底，直接將初號機的肉身粉碎，化成最精純的ll液，感受著其中那近乎消散的靈魂，他直接動用身為造物主的能力，將之補完，使之恢復到正常狀態。
造物主的能力怎麼說呢？對安德來說，就是奇怪的知識增加了，很好用，但也僅是如此了，並沒有什麼秒天秒地秒空氣的能力。
碇唯的新身體，本身就是以她的基因為藍本克隆出來的，所以與靈魂的契合度極高，加上安德的手段，成功將碇唯的靈魂放進了新身體中，然後就是等著其自然甦醒了。
畢竟是死了十多年的人，靈魂以量子狀態存在于二號機體內，只有近乎本能的一些反應，要與新身體完全融合，這是需要點時間的。
好在這個時間並不長，不過大半天的時間，碇唯就醒了過來。
“嗯”
營養槽中，碇唯睜開了眼，首先看見的就是抱著膀子的安德，還有身後的綾波麗與明日香。
“老師老師，她醒了呢。”
“我知道，都看見了。”
安德敲了敲營養槽的玻璃，吸引到了碇唯的注意，他道︰“你的靈魂與新身體的契合度很好，恢復的也很好，不過因為這具身體是催熟的，所以最開始會顯得很虛弱無力，一會兒我抽掉營養液，你不要有其他動作，能明白的話點下頭。”
碇唯下意識點頭。
她現在帶著呼吸器，整個人都泡在營養液中，對于才復生的她來說，記憶還存在她在實驗時候出了意外的最後一刻，現在完全不知道怎麼一眨眼，自己就出現在了這里，還有那個人身後的淡藍色短發的女孩是誰？為什麼和我長的這麼像？
安德按下按鈕，營養槽里的液體迅速的被抽了出來，碇唯全身癱軟在其中，此時渾身無力，氣喘吁吁的。
“明日香，去將衣服拿來。”
“哦。”
明日香悶悶不樂的將衣服拿了過來，雖然有點小性子，但不用安德吩咐，她就進入營養槽中將衣服給碇唯穿上了，然後撫著她坐上了專用的輪椅。
安德對其微微一笑︰“我知道你有很多事情想問，但我不會跟你說太多，你想知道的，可以去問你的丈夫碇源堂，他會告訴你的，現在，我會將你送到他面前。哦對，還有你們的兒子碇真嗣，現在已經是個十四歲的小伙子了，我就不打擾你們的團聚了。”
說著他就拉著綾波麗走了，留下一臉呆愣的兩女。
碇唯發愣是因為她听到兒子已經十四歲了，不明白這中間到底發生了什麼。
而明日香發愣，是因為安德走的很徹底，這明顯是要讓她去送碇唯了。
“啊啊啊啊，老師，你太可惡了。”
明日香非常生氣，但最終她還是妥協了，只能咬牙切齒，卻又老老實實的將碇唯送走。
另一邊，安德帶著綾波麗，兩人在咖啡店里相對而坐，他道︰“接下來就是重新給你安排入學了，還是原來的學校和班級，怎麼樣？”
“好。”
綾波麗答應的很干脆，對她來說，這些根本不是她所在意的。
“唉，雖然你現在是個真正的人了，但你這性子，還得好好改造啊，听話，到了學校多與人溝通，多交朋友。”
“好。”
安德能說什麼，也只能搖頭，這丫頭想要成為一個正常人，還有很長的路要走。
“嗯，先將現在的狀態，傳給其他世界的自己吧。”
東京市澀谷區上井大學，這里有著著名的忠犬八公雕像，商業活動興旺。著名的百貨店、時裝專賣店、飲食店、咖啡店、游技設施、風俗設施等密集如雲，是與新宿同樣被列為24小時不眠之街的城區。
另外，這里還素來有著“年輕人之街”之美稱，使得澀谷成為面向全國內外各種流行的發源地。
安德是上井大學生物學大二的學生，身份是留學生與其他人正常的學校生活不同，安德的日子過的很自在，沒事出去溜達溜達，在咖啡店坐坐，去街上逛逛，即便曠課都快兩個月了，學校卻是根本不管他，原因也很簡單，他已經把四年的學分全都修滿了，甚至還發表了一篇在國際專業學術期刊的論文，反響強烈。
所以，學校給了他想要的自由，對他沒有什麼約束。
“今天該去哪里逛逛？去咖啡店？嗯，先去看看吧。”
（大伙兒別擔心戰斗力崩壞，我沒打算將戰斗力細分到一個個級別，會合理的解決這方面的，所以大伙兒放心看就是了。）