朱燮元慷慨言︰“我誓與此城共存亡！”，賊薄城，朱燮元使土司坤汝常乘賊，指揮常恭等火炮助之，賊稍卻，斬賊先鋒一人。次日，賊數千人，障革裹竹牌進，矢石不得近，朱燮元命架七星炮，火箭火磚沖擊之，殺數百人。至暮，賊擁鉤梯數千，攀城欲上，朱燮元命士卒第放火炮、矢石，至天明，賊積尸陵城下。時冬，濠水涸，賊帥降民，持篾（劈成條的竹片）束薪，載濠土壘如山，上架蓬蓽，形類行屋，以避銃石。伏弩仰射，城中垂簾蔽矢石。
朱燮元夜縋壯士，持芻涂膏，殺守者縱火。火舉山 （倒下），賊大阻。朱燮元又遣人決都江堰水至濠，濠滿，賊乃治橋，得少息。因緝獲城中與賊通者二百人，懸其首陴上。賊又于城四面立望樓，高與城等。朱燮元曰︰“賊設高樓望，必四出剽掠，其中實空虛。”遂命死士五百人，突出擊之。賊果無備，斬三賊將，燒樓而還。當是時，諸道援兵相繼至，十二月二十四日復安岳縣，二十八日復樂至縣，與賊戰于倒流鎮、石橋、永清鋪，俱有斬獲。
各路兵或轉戰得至城下，或潰敗去。秦良玉兵三千亦至。然賊兵亦日益增，無退意。賊圍城八十余日，歲且盡，城中人伏臘不祭，王正不賀。賊城外日發諸人冢墓，城上望見皆泣。會有俘民脫歸者，言賊旦夕須旱船一決勝負。
朱燮元知道《文選．楊惲．報孫會宗書》有言︰“歲時伏臘，烹羊炮羔。”因為被賊人圍城，城中物質缺乏，本來好好的節日是過不成了。
賊人數千自林中大噪而出，視之有物如舟，高丈許，長五百尺，樓數重，簟左右板如平地。一人披發仗劍，上載羽旗，中數百人，各挾機弩毒矢，牛數百頭運石轂行，旁翼左右兩樓，高聳入雲，俯視城中，老幼婦女皆哭。
朱燮元曰︰“此呂公車也。破之非駁石不可。”駁石者，巨木為桿柱，置軸柱間，轉索運桿，千鈞之石飛擊如彈丸，賊舟不得近。朱燮元復募敢死士，以大炮擊牛，中其當軛者，牛駭返走，乘勢縱擊敗之，然城中亦力竭矣。 將劉養鯤言有諸生範祖文、鄒尉陷賊中，遣孔之譚來約。賊少卻。有諸生陷賊中，遣人言賊將羅象乾欲反正。朱燮元令與羅象乾俱至，呼飲戍樓中，不脫其佩刀，與同臥酣寢。
羅象乾誓死報復縋而出，自是賊中舉動無不知，乃遣部將詐降誘奢崇明至城下，羅象乾因自內縱火，奢崇明父子遁走瀘州，羅象乾遂以眾來歸，成都城圍百二日而解。
初，朝廷聞重慶變，即擢朱燮元僉都御史，巡撫四川，以楊愈懋為總兵官，而擢河南巡撫張我續總督四川、貴州、雲南、湖廣軍。未至而成都圍解，奢賊據新都，繕城積粟為守計，因克安岳，攻保寧，聲言直取潼關，人心震動，安綿副使劉芬謙、湖廣監軍楊述程合兵攻之。兵至牛頭鎮，賊以騎數千、步萬人來援。秦良玉、譚大孝等夾擊敗之，遂復新都。
賊退入蘭州，復遵義府。時有湄潭叛民王倫引賊焚掠。湄潭為川、貴險要。都司陳一龍追至水西境，降之。諸軍進駐遵義。官軍乘勢復州、縣、衛所凡四十余，惟重慶為樊龍等所據。重慶，古渝州地也，三面臨江，春水泛漲，一望彌漫不可渡。其出入必經之要道，惟佛圖關至二郎關一路。賊自通遠門城濠至二郎關，連營十七座，宿精兵數萬。監軍副使丘志充、楊述程，總兵杜文煥帥兵進攻之，再戰，幾入其壘。
翌日，杜文煥帥參將楊克順等直抵賊營，石柱宣撫官秦民屏率部兵繞出其後，賊驚敗，遂連復佛圖、二郎二關，殺賊三千余人，積尸深溝，兩岸俱平，乘勝進逼重慶。
其地三面阻江，一面通陸，副使徐如珂率兵繞出佛圖關後，與秦良玉攻拔之。奢崇明發卒數萬來援，徐如珂迎戰，檄同知越其杰躡賊後，殺萬余人。監軍僉事戴君恩令守備金富廉攻斬賊將張彤，樊龍亦戰死。天啟皇帝告廟受賀，進戴君恩加官三級。朱燮元所遣他將復建武、長寧，獲偽丞相何若海，瀘州亦旋復。朝議錄朱燮元守成都功，加兵部侍郎，總督四川及湖廣荊、岳、鄖、襄、陝西漢中五府軍務，兼巡撫四川，
當是時，奢崇明未平，貴州水西土目安邦彥叛。安邦彥，安堯臣別枝也。安堯臣冒隴姓，並隴地，受撫，得襲其兄安強臣世職。安堯臣死，妻奢社輝、子安位年幼，安邦彥挾之反。時四十八馬頭與頭目安邦俊、魯連、安若山、陳其愚、陳萬典等，蜂起和之。都司楊明廷以三千人敗沒于畢節。參將尹啟易等自烏撒奔回沾益，炎方、松林皆不守，平夷衛亦為賊黨李賢所破。
賊圍普安、安南。雲南都司李天常帥兵四千救之。賊將羅應奎偽降，誘至迭水鋪遂發動，伏兵四動，李天常全軍皆沒。于是交水、曲靖、武定、尋甸、嵩明之間，騷然苦兵矣。賊分遣王倫、石勝俸下甕安，襲偏、沅以斷我軍。王倫等，楊應龍余孽也。洪邊土司宋萬化糾苗仲九股，據龍里，安邦彥自統蜀賊苗仲數萬，進圍貴州。
自二月初九日薄城下，造雲梯，制滾廂，築墩台，百計攻城。按臣史永安悉力御之。賊沿山札營，四面伏路把截，以斷城中出入，盡掘環城墳墓，殺掠甚慘。置木柵壘戶牆，鳥雀不能飛渡。鎮將張彥芳將兵二萬赴援，隔龍里不得進。貴州總兵楊愈懋、推官郭象儀與賊戰于江門白杵營，死之。
先是，水西未叛，管良相私與人曰︰“奢氏反，安必繼之。黔中無兵餉，猝然有變，計將安出？宜招兵萬人，積二年谷，用許成名將之，以觀其變。”以力不能止。後管良相以祖母病乞假去，部下泣而曰︰“烏撒孤城，且與安效管良相仇，水西有難，禍必首及。“管良相亦泣︰”我只身無子，願以死報國。乞圖長策，保此一方。”管良相遂留守，甫一月而難起。烏撒衛被安邦彥攻破，管良相自縊死。