崇禎帝遂罷刑部尚書喬允升，曹于汴也歸入閹黨論罪；崇禎帝命閣臣辦理閹黨案，閣臣以外廷不知內事對。崇禎帝曰“豈皆不知，特畏任怨耳。”崇禎帝明白閣臣們不敢得罪同僚的心態，但是他手上有秘密武器；于是，同日，崇禎帝召閣臣入，手指黃袱所 章疏若干，曰“此皆 實跡也，宜盡按入之。”于是，發原奏及前紅本未入各官六十九人，各令酌定。于是案列甚廣，幾無遺矣。
崇禎皇帝又將劉志選、許顯純等十九人的發配罪行全改為斬首，這才頒示天下詔曰魏忠賢逆案，首逆凌遲者二人魏忠賢，客氏；首逆同謀決不待時者以崔呈秀為首五人；交結近侍待秋後處決者劉志選等十九人；結交近侍次等充軍者魏廣微等十一人，交結近侍又次等論徒三年輸贖為民者大學士顧秉謙、馮銓、張瑞圖、來宗道，尚書王紹徽、郭允厚、張我續、曹爾禎、孟紹虞、馮嘉會、李春曄、邵輔忠、呂純如、徐兆魁、薛風翔、孫杰、楊夢袞、李養德、劉廷元、曹思誠，南京尚書範濟世、張樸，總督尚書黃運泰、郭尚友、李從心，巡撫尚書李精白等一百二十九人。交結近侍減等革職閑住者，黃立極等四十四人。魏忠賢親屬及內官黨附者又五十余人。“
罪犯按其罪行，死、戍、罷職，輕重有差；許顯純辯稱自己乃是嘉靖皇帝之女嘉善公主的孫子，他爺爺是駙馬都尉許從誠，真正的皇親國戚，按律不當斬，崇禎帝親批執行斬刑曰“該犯罪惡滔天，不容寬恕！”行刑之日，黃宗羲、楊之易等一干忠臣之子，眼見大仇得報，均焚香設案，哭奠忠魂，圍觀群眾見到這一幕也“淚如雨下”。
大學士顧秉謙回鄉後，昆山民積怨顧秉謙，聚眾焚掠其家，得其窖藏銀四萬獻于朝；顧秉謙年八十，倉皇竄漁舟得免，“隱姓埋名”寄居他縣以待死。
毛一鷺亦以忠賢黨被罪家居，白晝見周順昌乘輿，顏佩韋等騎而從，直入坐中堂。毛一鷺大怖，遂病死。周順昌之長子周茂蘭刺血上書白公冤，詔贈太常寺正卿，謚忠介，予特祠。
魏 敗，好事者作傳奇十數本，多失實，張岱為刪改之，仍名《冰山》。城隍廟揚台，觀者數萬人，台址鱗比，擠至大門外。一人上，旁白曰“某楊漣。”眾人齊曰“楊漣！楊漣！”聲達外，如潮涌，人人皆如是。杖範元白，逼死裕妃，怒氣忿涌，噤斷��。至顏佩韋擊殺緹騎，� 秈 恚 諦詒牢蕁 br />
沈青霞(沈煉)縛橐人射奸相嚴嵩，以為笑樂，不是過也(此一節前文有述，不復述)。是秋，張岱攜之至兗州，為大人賀壽。一日，張岱宴守道劉半舫，劉半舫曰“此劇已十得，惜不及內操菊宴、及逼靈犀與囊收數事耳。”張岱聞之，是夜席散，遂填詞，督小�膃珓I ４穩眨 戀朗鳶嵫藎 言鋈肫叱觶 緦醢媵逞浴Ａ醢媵炒蠛б歟 煲璐筧耍 胝裴範 弧 br />
朝野奸黨清理完畢，崇禎帝可以大展拳腳了，在用人方面他提出朝臣們要廢虛務秉公辦事，反對官員結盟，民間人士結黨、創復書院以滋紛擾；革除女子纏腳；崇禎帝強調應該以法冶國，國家以法制為先，法制以遵行為要，能動性遵行而後有法制，有法制而後有國家。其事大關世道人心，如綱常倫紀、教養大典，則宜立法以為準焉，針對已經實施三百年之久的大明律存在的積弊，組織官員針對性進行討論、修改。
在政冶方面，在加強輿論方面的監督，兩京十三省開放報紙以議政論政；制定相應財政預算，稅收方案；嚴禁貪污，崇禎帝表示各官贓私可恨，皆紗帽下虎狼也。若不嚴懲，民生何賴？
崇禎帝又任命徐光啟為工部尚書，徐光啟向崇禎皇帝建議提升工匠地位，成立獨立的科學研究院，研制紅夷大炮、改進火槍、氣球等軍用物品，研發紡織機、蒸汽機、火車、四輪馬車等機器設備，重獎技術發明、強化專利意識；
在經濟方面，研發水泥用來修建各省、縣的道路，整理城市交通，疏浚河道，興修水利，大興車馬、舟楫之利；制定法律保護私人財產，建立銀行、保險公司，鼓勵民間慈善事業；同時報紙開設國際大勢專欄，介紹西方的先進經驗，強化中西交流，允許正常的中外人員交流，但不得干涉朝政，也不得于預宗教自由。
“唐宋八大家之一的甦軾曾雲‘豐財之道，惟在去其害財者。’今日，大明之傷害最大者有二，冗吏、冗費是也。歷代官制，大漢王朝不過七千五百員，盛唐也只有一萬八千員，宋朝實行冗官制度，幾乎翻了一番，至三萬四千員。”
徐光啟笑著侃侃而談道“本朝自成化五年起，武職官員已逾八萬。加上文職官員，十萬有余。今邊功升授、勛貴傳請、曹局添設、大臣恩蔭，加以廠衛、監局、勇士、匠人之屬，歲增月益，不可悉舉。多一官，則多一官之費。請皇上清革冗濫，減俸降薪。”
徐光啟的分析透徹，說服力強，滿朝文武知道徐光啟所說的乃是正理，武職官員人數太多，反而影響行政效率，贊成他意見的人很多。對于徐光啟的這些建設，崇禎皇帝皆允許。
崇禎皇帝又任命畢自嚴為戶部尚書，畢自嚴生于隆慶三年（公元一千五百六十九年），字景曾，號白陽，山東省淄川（今淄博市）人。萬歷二十年（公元一千五百九十二年）中進士，授松江推官。年少有才干，征授刑部主事。歷工部員外郎中，遷淮徐道參議。內艱闋，分守冀寧。改河東副使，引疾去。起洮岷兵備參政。以按察使徙治榆林西路，進右布政使。泰昌元年（公元一千六百二十年）時，召為大明九卿之一的太僕卿。