屬下官員看到這種情況，“面面相覷”，對于于謙的才智、精力，沒有一人不感到驚駭、佩服的；于謙號令嚴明，即便是勛臣、宿將，如果有不按章辦事的情況，于謙會立即向景泰帝請旨指責；只要是于謙的手書，那怕就是在離京城萬里之遙，沒有人不警惕、佩服的。
英宗皇帝的回歸，本是于謙之功，然而他從來不在別人面前提起自己的功勞；東宮太子設立後，景泰帝命兼職宮僚者支取二俸碌，諸臣皆接受，只有于謙推辭；于謙在朝堂中有很大的權利，然而他本人卻崇尚節儉，所居之處簡陋到僅僅只能遮蔽風雨而已。
景泰帝看到于謙生活條件如此艱苦，心里非洲過意不去，于是在西華門賜了一座裝飾得”富麗堂皇“的府第給于謙，于謙辭曰︰“國家正值多難之季，臣子何敢自安。“于謙將景泰帝前後所賜玉帶、金、帛、器皿、圖書、盔甲、蟒龍服飾，全部封起來，一年只是拿出來看一道而已，從來不在外人面前炫耀。
景泰帝對于謙的所論奏無有不從者；景泰帝曾經遣使往真定、河間采野菜，直沽制干魚，于謙阻止了他一次後，景泰帝便停止這些行動；景泰帝每用一人，必先秘密問于謙的意見；于謙亦具實以對，無所隱瞞，不避嫌疑、仇怨，諸多不稱職者皆怨恨他，而朝堂中功勞不如于謙的人，亦往往嫉妒他的才華。
于謙性情剛直，遇有不如意之事，動不動拍胸嘆曰︰“此一腔熱血，意灑何地！“于公謝絕交通，不立黨援，一以忠誠，上結主知，分謗任怨。但知有國，不知有身有家，平居未嘗言及于私；惟事有關休戚，雖違眾行之無所憚。不貸贓吏，不問小過，急于薦賢，惟恐沒人之善。凡公所甄拔，後皆一一知名，如巡撫時薦孫原貞、王來以自代，後二人皆官至尚書，令名彰彰，于謙知人之明大率類此。
敵寇剛剛退去，都御史羅通即上書彈劾于謙上的功勞簿不實，御史顧 、戶部尚書金濂亦上疏，言于謙太專橫，六部大事應同內閣一起商議，于謙據祖制予以駁斥，諸御史屢次上長篇大論彈劾于謙，景泰帝不顧朝臣們的非議，仍然重用于謙。
于謙自“土木堡之變”發生後，誓不與賊寇同生。他長期在辦公府衙留宿，不回自己的府弟，因為“積勞成疾”，于謙終于病倒了；景泰帝于是遣太監興安、舒良前往探望，听說于謙穿的衣服過于單薄，于是詔令為于謙制作衣服，又為他改善伙食；听御醫說于謙的病需要竹瀝（竹子放在火上烤以後所流出的液汁）來做藥引子。由于北方地區的竹林分布少，竹瀝不容易取得，景泰帝于是親臨萬歲山，親自為于謙伐竹取瀝。有人在景泰帝面前進言，說對于于謙的寵信太過分了，興安等曰︰“彼日夜分國憂，不問家產，即彼去，令朝廷何處更得此人？“
英宗皇帝的回歸，本是于謙之功，然而他對于謙始終不主和議，心里也頗為不滿；徐 因為在“土木堡之變”後議南遷，為于謙所斥。後來改名有貞，對于謙“切齒痛恨”；石亨本是渭南人，襲父職為寬河衛指揮僉事，善騎射。正統間，累官至都督同知，充參將佐朱冕守大同。也先犯境，守軍覆沒，石亨單騎奔京中報敗績，求救兵，收監入獄，待決秋日于謙知其冤，力保出獄為校尉，募兵勇，封都督，石亨心中敬畏于謙，因為于謙的存在，使石亨不能“為所欲為”，亦是表面尊敬于謙而已。
當年，京師保衛戰時，德勝門大捷，石亨功勞沒有超過于謙而得到世襲爵位，心中慚愧，于是石亨上疏推薦于謙兒子于冕。景泰帝下詔讓赴于冕京師，于謙一再推辭，不肯接受世襲爵位曰︰“臣果欲代子求官，自當乞恩于君父，何必假手于石亨？”，又言道︰“國家多事，臣子義不得顧私恩。且亨位大將，不聞舉一幽隱，拔一行伍微賤，以裨軍國，而獨薦臣子，于公議得乎？我本書生不知兵，惟聖主憂勤，吾分當死，遂不揣調度軍馬，區區犬馬之勞，決不敢以子濫功。“
石亨听了以後感覺很羞愧，于謙總督軍務漸久，凡各營號令、進退、賞罰皆由于謙而出，平日議論斷制，宿將斂伏，石亨等不敢置一辭，石亨素貪，多壞軍政，于謙恐誤大事，悉裁之以法，日久遂成嫌隙；石亨佷兒石彪作戰頗為驍勇，當時有人嫌其與石亨本是一門，又手握京城兵權，于謙于是奏以石彪充游擊將軍，往大同等處截殺賊寇，本是出于善意，石亨反懷恨于謙，思取而代之。都督張 因為在征討苗人的戰爭中失利，為于謙所彈劾，心中也深恨于謙，石亨、徐有貞、張 與內侍曹吉祥等皆想憾動于謙。
景泰皇帝曾經立過朱見濟作皇太子，可惜後來他卻不幸亡故了；不過景泰皇帝本身還很年輕，皇太子雖然死了，景泰皇帝暫時還沒有考慮到立儲的問題，所謂“天有不測風雲”，景泰八年正月十二日，景泰皇帝在舉行儀式時，忽然嘔血不能成禮而還。出居外殿，惟太醫董速與宦者二十餘人侍，日則進藥，夜則處榻前。群臣前往探望時，太監興安道︰“公等皆朝廷股肱，不能為社稷計，徒日日問安，有何益處？”
這時立儲的問題又迫切起來，當時以于謙為首的一批大臣主張立朱見深為太子，讓皇位仍由宣宗皇帝一系的子孫來繼承；而重病中的景泰皇帝卻”一反常態“的沒有听于謙的意見，是什麼原因讓原來合作無間，攜手渡過了大明立國以來的最大一次危機的這對君臣，出現了如此大的分歧呢？
這一切還要從當年英宗皇帝“北狩“說起，當時皇長子朱見深尚在襁褓之中，一個沒有被立為皇太子的嬰兒，沒有任何號召能力；面對也先氣勢如虹的大軍，明朝的朝堂一片“愁雲慘霧”，西晉、北宋亡國時的慘禍，似乎馬上就要降臨。