當時曾有官員向天啟皇帝提名內閣的幾位大佬，可他們都知道遼東是個難攤子，誰都不願意去；王在晉也不傻，他也不願意去坐這個火藥筒，可王在晉作為朝堂中一個技術型人才，論人脈深厚、皇帝恩寵自然比不過內閣的幾位大佬，王在晉不是解經邦，他不會直接冒著被解職為民、永不錄用的風險，拒絕天啟皇帝的任命，所以在經過廷議這個程序後，遼東經略的人選就定王在晉了。
天啟二年（公元一千六百二十二年）三月十八日，天啟皇帝任命王在晉為兵部尚書兼右僉都御史，王在晉這個遼東經略管轄的範圍除了遼東外，還包括薊鎮、天津、登萊等地。
王在晉去了遼東後沒多久，他就給天啟皇帝上了一道奏章，內容是這樣的︰“伏念東事離披，一壞于清撫，再壞于開鐵，三壞于遼沈，四壞于廣寧。初壞為危局，再壞為敗局，三壞為殘局，至于四壞，捐棄全遼，則無局之可布矣。……。試問通國人情，誰肯直任經略？臣若不行，使奴酋奸細聞之，是羞中國也；謂當世真無御侮之士、滅奴之人，是輕當世也。臣不敢為毛遂之自薦，亦不敢效王陽之逡巡，拜命即行，以壯本朝士大夫之氣。故知臣者與臣，憐臣者慰臣，而𠶖黃U咚濟僥醭繼戎鴣級 怪 椋 賈 笮乙病２蝗歡 蹌憊苟罰 樸詮 賈 蝗濤乓病！ br />
天啟皇帝看了王在晉的奏折後，為顯示對他的恩寵之情，天啟皇帝特地贈給王在晉蟒玉、衣帶和尚方寶劍，胡子睿听完後，笑道︰“好一個王在晉，真是個滑頭，看來他這封奏折里話中有話啊！”
胡子睿是這樣分析王在晉的奏折，他所說的“一壞于清撫，再壞于開鐵“，指的乃是楊鎬當經略時侯的事情，楊鎬領著杜松、劉鋌這樣的天下名將，將近十萬百戰老兵、各邊精銳卻慘遭薩爾滸之敗，自身也被萬歷皇帝囚禁；
”三壞于遼沈“，指的是袁應泰這位水利專家、民政天才，此人雖然有報國之志，可憐他不是將才，白白斷送了童仲揆、陳策、戚金這批將才，還有戚家軍和白桿兵這種天下精銳，自己也失敗自殺；
”四壞于廣寧“，書生意氣的王化貞和能左、右手射箭，精通兵法的熊廷弼也失敗了，解經邦這樣的名臣，寧可回家種田，也不願意接這個爛攤子！我王在晉才能不可能超過以上這些人，所以我來任這個遼東經略是趕鴨子上架---吃力不討好的！皇上你心里要明白，還有那些朝堂上的大佬們，你們可別想像黑熊廷弼那樣黑我，我王在晉可是具體經辦過錢糧的人，手里可有你們的把𠍿，把我逼急了，你們也落不到好！
徐光啟佩服地點了點頭道︰“王在晉此人為官三十多年，他本身是辦過軍務的人，在任遼東經略前又曾經任過戶、兵、工三部侍郎，對官場上的種種積弊，可謂一清二楚！”
胡子睿知道王在晉是想及時從遼東這個爛攤子里抽身，但他更關心的是王在晉具體怎麼操作，欣然道︰”王在晉去遼東後，又做了什麼事呢？“
王在晉出任遼東經略後，他做的第一件事是就是主持儀式，祭奠歷年來因建虜作亂，亡于遼東的文、武官員，這些人有的是王在晉的相識好友，有的則是素未謀面的人，他們是薩爾滸之戰，英勇殺敵，最終亡于陣前的杜松、劉鋌、馬林；“三元及第歷朝有，文武解元自古無”，大明王朝三百年來空前絕後之人，在薩爾滸之戰後，強力壓制奴爾哈赤，讓他不敢冒進，最後卻被閹黨誣陷冤死的熊廷弼；渾河之戰，面對建虜八旗全出的優勢兵力，殺得敵人膽寒，戰至全軍覆沒，猶如殺奴的童仲揆、陳策、戚金；沈陽、遼陽失陷後，自殺殉國、“慷慨捐軀”的袁應泰、張銓、何廷魁；“赤膽忠心”、廣寧之戰被孫得功、李永芳這兩個狗漢奸坑害的劉渠、祁秉忠、羅一貫；還有誓與廣寧城共存亡的高邦佐等等
“慘不忍視！“王在晉看著堆得“層層疊疊“的牌位回味著他們的音容笑貌，也想起”千千萬萬“慘死起建虜之手的軍士、百姓們，再想起天之降割于遼人也，有拋荒之田地而不得耕，有燒殘之廬舍而不得處，有破壞之城郭而不得居。降者已削發而成禽，奔者且離鄉而為鬼，老羸委身溝壑，少艾轉眼從人。
王在晉想起一路經行，見其遷徙無常，流離載道，流至真保、山東、河南等處者，人數甚多，此皆挈有行資，稍能自活者也。惟是貧民無歸，不能行路者，群聚薊永一帶，州、縣投狀投揭于臣，動以數百計，其散居村落者且數倍焉。王在晉不禁“痛苦流涕”道︰“嗚呼！遼禍之烈，一至是哉！”
胡子睿在心里暗自點了點頭，同大公無私的熊廷弼相比，王在晉更像是個普通人，他雖然是個“想方設法”保著自己生命，“全身而退”的滑頭，然而王在晉畢竟也是個有血有肉的大明人，王在晉深深地愛著大明這個生他、養他的國家。
死者已逝，而活者的人仍然要堅強地面對這一切，目睹著遼民們沿待乞討、葬身溝壑的慘狀，從王在晉的話中，胡子睿可以想到一個朝堂官員對遼事的深深無奈和痛苦。
王在晉不愧是個實干派，他做的第二件事，便是毅然為入關遼民求情；王在晉給天啟皇帝上疏曰︰”“請將入關遼民務在撫恤防閑，沿海間田有可屯種者，即以安插其人，毋令為患；永平之民腳根站定，則薊鎮植其藩而都城藉為障，一切征輸不得不緩，歲課不得不寬，逋賦不得不免，倉谷不得不留，抽扣不得不蠲，參罰不得不恕；”
在解決了入關遼民的問題題後，王在晉然後提到防守的具體困難︰“馬� 鍘 ┘摯鍘 盜究鍘 ヵh空、甲仗之庫空；試問什麼物質都沒有，那什麼去守關。我仔細問過永平守撫寧令，結而他卻給我大答苦水，說銅鐵無、硝黃無、工匠無、芻草無、豆粟無；”