軍艦派出的蛙人被消滅後，來不及派出第二批，陳萌萌便帶著陳波沖出水面，軍艦甲板上站立的武裝人員朝著兩人進行射擊，軍艦上的近防炮也開始鎖定兩人。不過陳波更快，陳萌萌把陳波扔到了甲板上，周圍的武裝人員便被陳波吸引了注意力，陳萌萌則有了機會對付他們，依靠動力裝甲的戰斗ai，陳萌萌抬起電磁步槍，朝著甲板上的武裝人員發動攻擊，陳波也沒閑著，踹飛了幾名試圖靠近自己的敵人後，也拿起步槍朝著其他敵人開火。
和計劃中的一樣，一旦登上軍艦後，上面的電磁炮就失去了作用，沒了重火力威脅的兩人可以輕松的屠戮軍艦上的船員，很快甲板上的敵人就被兩人消滅干淨，陳波示意陳萌萌去對付另一艘軍艦，由自己來對付軍艦內部的敵人。陳萌萌會意，便朝著不遠處的一艘軍艦飛去。
軍艦的近防炮開始對陳萌萌進行攔截，不過陳萌萌很快就潛入水底，靠著海水的掩護接近軍艦，靠近軍艦後陳萌萌再次沖出水面，攻擊甲板上的敵人。另一邊陳波也進入了軍艦內部，在軍艦內部狹窄的過道中，陳波快速前進，尋找著躲藏在里面的教會成員。
“報告！一號艦已被入侵，敵人已經進入一號艦內部。一號艦請求炮擊。重復，一號艦請求炮擊。”此時沒有遭到攻擊二號艦的指揮中心接到了一號艦的炮擊請求。
“馬上對一號艦進行炮擊，消滅入侵者。”
接到命令後二號艦上的電磁炮開始對準一號艦，進行最大功率的充能。處于軍艦內部的陳波對此一無所知，繼續搜索著漏網之魚，打開一間艙室，陳波仔細的搜尋起來，找遍各個角落。
“陳波！”通訊裝置傳來了陳萌萌的聲音。
“什麼事？”陳波問道。
“快躲起來，軍艦的電磁炮對準了你，趕緊離開。”
陳波听了一個機靈，想都沒想就穿越躲開了，陳波消失的一瞬間，他所在的艙室便爆裂開來，火焰和沖擊波在軍艦內部炸開。鋼鐵鑄成的軍艦直接被一炮轟成了兩半，艙內開始進水，兩半軍艦都開始緩緩下沉。
一分鐘後，陳波再次出現，發現艙室里一片狼藉，並且已經涌入了大量海水，因為船只是傾斜的，所以陳波只能爬著出去，有了教會幫忙，陳波也不用費心一個個的檢查軍艦內部了，只是可惜了這艘軍艦，陳波在擬定好計劃時就已經把這三艘軍艦視為了自己的囊中之物了。
“報告！已經摧毀一號艦，但無法確認目標是否被消滅。”
二號艦艦長看著正在三號艦甲板上激戰的陳萌萌，說道︰“轉移目標，瞄準三號艦甲板上的敵人。”
“明白！”
三號艦上的陳萌萌也發現自己被二號艦的電磁炮鎖定了，來不及多想，背部的導彈模塊瞄準了二號艦上的電磁炮，發射兩枚小型導彈，想要摧毀電磁炮以阻止二號艦的攻擊。二號艦也發現陳萌萌發射過來的導彈，三艘軍艦互相之間保持的距離不是很遠，所以導彈很快就接近了二號艦。
不過二號艦的近防系統做出了反應，對陳萌萌發射的兩枚導彈進行了攔截，近防炮朝著兩枚導彈噴射出密集的金屬洪流，試圖擊落兩枚導彈，其中一枚導彈瞬間被擊中，在半空中被引爆，接著另一枚導彈也在被擊中後引爆。陳萌萌的攻擊雖然受阻，但也給了她躲避的時間，靠著兩枚導彈吸引了二號艦的注意力，陳萌萌一頭扎進了海里。
“開火！”
在陳萌萌跳進海里的一瞬間，二號艦上的電磁炮也開火了，不過因為時間緊急，所以只進行了一半充能。炮彈射進了海水里，因為海水的阻力，不一會就失去動力沉入海底。在躲掉了二號艦的炮擊後，陳萌萌沒有急著出現，而是在海底潛伏了一會。
一會後陳萌萌浮出水面，直接摧毀了三號艦上的電磁炮，便再次扎進海里，朝著二號艦游去。順便帶上了在水里爬了好一會的陳波。
“你那邊結束了嗎？”被陳萌萌抓著朝二號艦游去的陳波問道。
“還沒有，只是清空了甲板，不過我直接搗毀了船上的電磁炮，這樣我們就能安心的對付剩下的一艘船了。”
二號艦看著聲吶上快速接近的兩人，不知道該如何是好，一時間各種手段齊出，但這都不能阻止陳波和陳萌萌兩人的接近。
當陳萌萌帶著陳波登上二號艦的時候，港口上工會在顧泉的幫助下扳回了局勢，開始朝著教會的武裝人員展開反擊，而教會沒有了軍艦的火力支援後，只能被工會打的節節敗退。特別是顧泉沒有了軍艦的威脅後，直接沖進了教會武裝人員的中間。
為了節省子彈顧泉已經把天皇大帝放回了背上，左右手各拿了一門30毫米機炮，這還是教會的武器，現在被顧泉拿來使用。兩門機炮構成的強大火力清掃著教會的武裝人員，許多試圖攻擊顧泉的教會人員剛剛露頭就被機炮撕成了碎片。
教會見敗局已定，便下達了撤退的命令，這些武裝人員接到命令後，便開始有序的撤離，一部分人負責殿後，另一部分則登上了快艇。
不過失去了軍艦的他們一個也別想走掉，陳波和陳萌萌已經清空了二號艦上的敵人，見到向這邊駛來的快艇，自然不會給他們好果子吃，軍艦上的武器系統全部開啟，很快就擊沉了所有的快艇。海上的路不通後，教會就開始空運，直升機開始運載港口的武裝人員撤離，在被擊落了幾架直升機後，依舊有不少直升機帶著武裝人員撤離。
但港口依舊滯留了大量教會的武裝人員，看樣子教會已經放棄了他們，這些武裝人員見逃生無望，便開始不顧生死，朝著工會發動進攻，工會對此早有準備，加上這些武裝人員執意尋死，所以很快就被全部消滅。
在失去了海軍和陸軍後，教會的空軍便沒有了用處，兩架戰斗機改變了航向，飛回了南方，至此抵御教會的戰斗便結束了。
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