木戶作為戰犯被關進監獄後，想到自己作為天皇的親信，曾努力說服天皇避免戰爭，並且自己也有親英美傾向，日本發動侵略戰爭，完全是軍部的軍國主義分子及部分國家主義的政治家推動的，自己應該是屬于無罪的那一類吧。-------瀏覽器上打上-看最新更新他曾將這些內容寫成一份自供書，提交給了審判長韋勃。所以當審判長韋勃在宣讀完起訴書，詢問木戶是否認為自己有罪時，他顯得很憤怒的樣子，高聲回答︰“無罪。”
“對于起訴書中對我的54項指控，我不能說自己完全無罪，但需要有確鑿的證據來證明我有罪，請法庭出示證據。”
木戶的供詞長達373頁，詳述了他從“三月事件”、“十月事件”到“滿洲事變”、“日中戰爭”以及結束戰爭期間，如何反對軍部專橫，如何為和平作出了努力，其結論就是他沒有戰爭責任。木戶列舉的證據就是他的日記。隨後，他的美籍辯護律師也為木戶做了長篇辯護。
木戶的證言引起多數軍人被告的恐慌，他們群起對木戶進行反擊。但重光葵、南次郎、俊六、小磯國昭、白鳥敏夫等七名被告的律師則對木戶的證詞表示好感，甚至直接詢問木戶，想找出對他們更有力的證據；大島浩、東條英機、板桓征四郎等被告則堅決反對。一時間被告之間產生了深刻而又微妙的相互排斥的關系。
木戶站在證人席上，他的兒子則在辯護席落座，父子同台在法庭上與法官對峙，實屬少見。
到了快要宣判的最後時刻，基南檢察官宣布25名被告全部有罪，而且要嚴加懲處。木戶的罪行由起訴書上的54條減至50條。
即便如此，木戶仍成為與東條並列，罪名最多的一個。
為了防止戰犯服毒自殺，從法庭回到巢鴨監獄後，又進行了一系列嚴格的身體檢查。戰犯們在樓道里脫光衣服，在醫生的帶領下進行x光透視、牙齒檢查及身體各部位的檢查。房間也作了調整，木戶搬到了一棟二樓。緊靠入口的一號室是重光，其次是平沼騏一郎、南次郎、佐藤賢了，中間是東條英機，靠里邊的是俊六、小磯國昭、土肥原賢二、廣田弘毅。木戶的11號室緊挨著東條，住在12號室的是板垣，然後是田、東鄉、松井，周圍都是些“大人物”。東條的門前有三名憲兵晝夜監視，他是罪孽最深重的一個，且必死無疑。木戶的房間緊鄰東條，他預感到自鳥山己的前途極不樂觀。
在等待判決的日子里，每個戰犯心里都忐忑不安。一天，木戶幸一與重光葵聊天︰“我估計有1/3的人要被判處極刑。”
重光對此不以為然︰“我看不然，日本的情況與德國納粹不同，即便有極刑也不過1/6以下。”
木戶推測︰剩下的25名甲級戰犯中可能會有8人被處以極刑。
他預感到，即便7人中有2個人，那麼他也難以逃脫。
11月12日，終于到了最後判決的日子。
開庭前，木戶幸一見到了他的兒子木戶孝彥。木戶孝彥在前晚詢問了中國中央通訊社的李嘉及內外十幾名記者，他們幾乎都認為木戶幸一必定是死刑無疑。
“哦，知道了。”
木戶幸一听罷，靜靜地點了點頭。
9時30分，遠東國際軍事法庭開庭。韋勃審判長開始宣讀判決書。
就在馬上要開庭的時候，木戶孝彥在二樓的休息室里看到中國中央通訊社的李記者，李飛奔過來對木戶孝彥說︰“我問了梅汝法官，據說你的父親被免于死刑。”
“真的？”由于過于意外，木戶孝彥一時竟說不出話來。
李記者還告訴他，下午將宣告判刑的內容，死刑的有東條、板垣……無期的有木戶……對木村和重光的處罰尚未決定，要中午開會研究。不一會兒，傳來《紐約時報》和中央通訊社取消原定去木戶家拍攝鶴子夫人收听審判結果的行動，由此看來木戶被免除死刑應該是真的。
中午11點休庭，孝彥以律師的身份要求與木戶見面，他把這一喜訊悄悄地告訴了父親。
“是嗎……”木戶幸一看著孝彥，輕輕地點了點頭，與平時敖王一樣，看不出任何變化。
下午1時30分，法庭再次開庭，審判長按著英文字母順序，宣讀對每一個戰犯的判決。木戶幸一被判處無期徒刑。
11個法官的表決結果，決定了他的命運。六票對五票，木戶幸一“幸免一死”，被判無期徒刑。
木戶認為無期等于無罪。他說︰“內務大臣無罪，陛下也就無罪；內務大臣有罪，陛下也就有罪。”內務大臣有罪必然追究天皇的責任，為了避免這一點，木戶拼死為自己辯護。他覺得他的努力沒有白費，常侍輔弼的內務大臣不是死罪，那麼他背後的天皇自然也不會被殃及。好一個“天皇忠貞不貳的臣子”！
宣判後，木戶幸一等人又搬到了原來的女囚監區，通稱“藍棟”。這里實行自治的生活，白天鐵門開放，吃飯時，犯人可同桌就餐。木戶每天圍著運動場散步，有時一天能轉上95圈，上下午各四公里。
一周後，木戶孝彥與木戶幸一會面，他向父親轉達了天皇和高松宮的問候。
判決後的第九天也就是21日，報紙刊登了基南法官的講話︰“沒有審判天皇，是聯合國出于政治目的決定的，這一決定就連甦聯的斯大林首相也是同意（但並非本意）的。作為首席檢察官，我認為起訴天皇為戰犯，證據不足。而事實證明，天皇始終都是希望和平正在接受宣判的木戶幸一的……”基南在講話中，對于近年來人們談論的焦點——天皇的退位問題沒有觸及。
12月23日，東條等七名戰犯被處決。
剩下的木戶等“禁錮族”在巢鴨的天地里日夜盼望著“出頭之日”。
最終結局1954年美國與日本單方面簽訂和約，日本恢復了國家主權。
自從日本政府接管巢鴨監獄以來，政策寬松多了，戰犯也可以申請回家。
6月2日，木戶的母親壽榮子去世，終年82歲，木戶回到逗子的家中參加了葬禮。他在家里滯留了兩天，旋即又返回了巢鴨監獄。
1955年12月16日，木戶幸一被假釋，同一天被假釋的還有原駐德國大使大島浩。上午10點，木戶的長子孝澄和次子孝彥等人在監獄門前迎接了木戶。木戶與前來迎接他的人一一握手寒暄，不住地說著“謝謝”。同時，他還接受了記者的采訪。
“我沒有什麼可說的，也沒有什麼可寫的，一切都讓歷史來評判吧。”
木戶回到家以後，很少與人接觸，過起了隱居生活。同住在西小磯的還有剛剛從總理大臣位子上退下來的吉田茂。與吉田同居的女人叫板本喜代子。吉田在停戰那年曾經在憲兵隊呆了一個半月。木戶與吉田聊天，從不提及政治與審判。
從巢鴨監獄出來的時候，木戶66歲，吉田77歲。他們都有牢獄生活的體驗，都堅信自己能活到90歲。說來也怪，被關在巢鴨的那幫人都是長壽。在被起訴的28名甲級戰犯中，繼鈴木貞一、島田繁太郎、大島浩、荒木貞夫和賀屋興宣之後，木戶幸一是第六長壽之人。
1959年4月，皇太子與正田美智子小姐成婚。皇太子在民間選妃引起舉國轟動。1958年春天，宮中派人悄悄拜訪木戶，就皇太子要娶民間小姐的事征求了木戶的意見，木戶當即表示贊成。
不過，征得吉田的理解頗費了一番周折。
木戶被假釋後，從逗子的別墅搬到了大磯，與木戶家隔一條馬路的對面住著作家岩田豐雄，岩田的妻子幸子與木戶家是親戚關系，他們有一個共同的愛好就是打高爾夫球。他們往往不是事先約好，而多半是早晨起來心情好了就打個電話︰“怎麼樣？現在就去吧？”一拍即合，于是出發，中午到達俱樂部，吃過午飯，他們悠閑自得地打一局，非常放松。雖然技術不如從前，但心情舒暢。木戶解嘲道︰“這是因為監獄生活時間太長的緣故。”
1966年4月，《木戶幸一日記》上、下兩卷出版。緊接著于11月又出版了《木戶幸一有關文書》，摘錄了從1930年到1945年期間木戶向東京法庭提交的有關文書。據說，木戶日記的英文版至今還收藏在美國國會圖書館。
日記的出版給木戶的心境也帶來一些變化，翌年2月，應國會圖書館政治史料調查事務局的邀請，錄制了六次“政治談話”。
國會圖書館從1961年開始收集重要人物證言，起初，他們就把木戶作為候補，足足懇請了五年，終于在1966年秋得到木戶的應允。木戶說︰“我有責任和義務給後代留下一些紀錄。”歷經30年，1997年5月，這10盤帶子才得以公開。
1969年7月，木戶迎來了他80歲的生日。第二年的2月7日，天皇邀請木戶陪同他去參加日本萬國博覽會會長石阪泰山在新宮殿“蓮翠”舉行的招待會，並賜以鳩杖。手握的部分是用金子做成的鴿子形狀，這種宮中杖是天皇送給80歲以上有功之臣的，而天皇特意將此鳩杖送給木戶，自然包含了天皇對木戶的感謝之情。
一年後，木戶因患半身不遂和腦血栓，住進了醫院。由于搶救及時，40天後便出院了。出院後，他寄居在女兒阿部由喜子東京青山的家里。此前，鶴子夫人先得了神經痛和腦血栓，手腳不便，臥床不起，如果夫婦二人都住在大磯，生活很難自理。5月，他們又搬到離女兒家很近的南青山公寓。木戶開始進行康復訓練，他像在巢鴨監獄時一樣，每天散步，圍著公寓轉來轉去，不久就恢復了健康，又可以去打高爾夫球了。他在練習場一氣打了三箱球，大概是由于右腦的緣故，左手握桿總感乏力，球也飛不出多遠，但日常生活尚可自理。此後，木戶幸一沒有再去見過天皇，但皇室的事情他卻始終掛在心上。1977年2月，他還作了一次有關皇族教育方法的講話。
搬到南青山兩年半後，1976年8月，木戶再度感覺身體不適，連續發燒不退，他再次住進宮內廳醫院，診斷結果為高血壓及肝功能障礙。天皇讓主治醫生給木戶最好的治療，並經常送水果和湯。病床上的木戶始終把日記本和鳩杖放在身邊，秋季病情惡化，新年到來時，病情有所好轉，並開始練習走路。體重由健康時的52公斤降至38公斤。
1977年3月8日，皇太子前來探望，木戶在日記中寫道︰“皇太子的親切探望，使我感到榮幸至極。”這就是他的絕筆。從學習院中等科開始，持續70幾年的木戶日記到此畫上句號。
1977年4月5日，木戶幸一死去，終年87歲。
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