這種簡單粗暴的收稅方法當然會有弊端，而且已經暴露了出來，那就是大小船只一體納稅，大船就比小船劃算，所以目前駛入各大港口的，基本都是大船，小船、漁船，根本就不敢進港停靠，寧肯在附近外海進行海上交易，也不願意到港口貿易，因為進去交一次進出港稅後，小商船就可能虧損了。
但從效率的角度來講，這種征稅方式，何嘗不是把資源留給了最有競爭力的使用者呢，大海船更有實力承擔進出港稅，才得到了港口的使用權力，小船無力承擔，就只能把這些資源拱手讓出來。
固定商鋪稅的征收還沒出現弊端，但可以想象肯定會出現一些弊端，比如因為同樣長度的商鋪門臉，就繳納同樣的稅額，所以商家更願意做利潤最豐厚的生意，導致那些薄利、微利的行業無法維持。久而久之，最優質的商業地段，就會把低利潤的行當趕出去。最優質的商業資源，會配置給最優質的行業。
周瑯想過這個問題，所以他當初跟荷蘭人進行創制稅制討論的時候，並沒有說不會開征交易稅之類的稅種，只是告訴他們暫時沒有條件開設。那些分門別類的交易稅，其實就是一種商業之外的調配手段。比如對高收入行業，征收較高的交易稅，低收入行業，征收交底的交易稅，這樣調整之後，利潤率不同的行業，才有可能位于同一個商圈。
這雖然不符合效率之上的商業配制法則，可在其他方面卻有相當大的意義。比如有一些利潤很低，但卻離不開的行當，一條街上總得需要飯館、理發店之類的低利潤服務行業，如果不用稅率調整，那麼昂貴的商圈中，就會充滿高效率金融業，飯館、理發店之類方便民生的行業，只能被擠進犄角旮旯里去，效率是出來了，人卻活的不太舒服。
不過這都是以後要考慮的問題，周瑯現在還沒有足夠的人才儲備去執行這些事，已經培養出來的稅官們，最多做到基于簡單稅制的基礎上，覆蓋福建所有州縣。
于是在嘉慶元年清明時節（1796年），周瑯強力推動的商稅制度在福建全省鋪開，也包括周瑯控制的台灣的鳳山縣，從建制上來講，鳳山縣就屬于福建管轄。
對周瑯強行通過的征稅方案，王輔 是不滿意的，但他確實無法阻擋。為此他是很不滿的，但他這個人很有意思，有的清高文人，對自己服務的君主或者幕主不滿，有時候是會甩袖子不告而別的，可王輔 卻是不滿之後，馬上去做自己的工作了。
這種態度讓周瑯很滿意，這說明在此人的認識中，是將他現在做的事情，當作是他自己的事業，而不是周瑯一個人的事業，取代滿清這件事，在王輔 心中，至少也是他跟周瑯共同的事業，而不僅僅是周瑯個人的功業。
王輔 眼前的工作進度，開始轉入拉攏當地勢力，爭取取得他們的支持。
王輔 的剿撫並用戰略，隨著大股佔據交通要地和縣城的土匪先後被清剿，剩下的土匪都是些流竄山林的頑匪，靠清剿一時很難消滅掉。如果有當地勢力的配合，清剿起來就事半功倍，甚至能通過當地勢力跟土匪集團的關系，直接詔安這些頑匪。
由于成功在福建招募了十萬新兵，王輔 跟當地宗族、豪強勢力建立起了一定的聯系，這也是選擇從福建招募新兵，而不是武裝鳳山縣那些更听話的難民的原因。
不從鳳山縣招兵，並不是鳳山縣招不來人，鳳山縣的人口現在已經嚴重過剩。
在陳周全的打擊下，繼被陳周全清洗的第一波地主階層難民之後，台灣中部地區的廣東籍、漳州籍族群普通人，也開始大量逃亡到鳳山縣，讓鳳山縣人口增加到了六十萬，已經是周瑯來之前的兩倍。鳳山縣舊有的土地等資源不可能為這些以青壯為主的難民們提供生計，只能由鳳山縣官府將難民組織起來，深入到屏東平原開荒，他們本就一直在官府的組織下，一旦發了武器，立刻就是士兵。
這些人在健全的官府組織下，在周瑯大量真金白銀的投入下，保持了穩定的秩序，在這種情況下，招募他們就真的只有增加兵力這點好處。
在福建本地招募士兵，不但可以增強周瑯集團跟福建本地的聯系，二來經過這次戰亂，本就人多地少的福建省，不知道又多出了多少無業游民，這些人在社會上浪蕩只能制造不安定因素，反倒不如將他們招募進入 隊，加以訓練，不但能增強周瑯的兵力，還能增強跟當地社會的紐帶，降低社會混亂程度，能更快恢復正常的社會秩序。
所以王輔 的工作重點，開始轉向跟 隊配合，將從福建招募的新兵安排下去。同時跟地主勢力溝通，希望這些勢力會願意接受跟福建籍士兵為主的新兵部隊配合。
這些新兵顯然不可能馬上就擁有強大的戰斗力，因此周瑯從老軍隊中抽調了一萬人充任軍官，建立組織架構的同時，讓軍官對新兵進行訓練，暫時不讓他們參與任何戰斗，只負責進駐主力軍收復的一座座縣城，幫助王輔 維持治安，努力恢復地方的穩定。
以縣城為據點，控制福建全境之後，這時候才能考慮到剿滅頑匪的問題。
匪患有老匪有新匪，那些經年的老匪，在清治時期就跟官府周旋，他們熟悉當地環境，藏匿于山林沼澤之地，清剿他們甚至比正面進攻堅城還要困難，因此依然以招撫為主，剿殺為輔。
好在大多數老匪過去就是反官府力量，周瑯以反清的身份到來，讓他們有了洗白的機會，大量希望借助社會顛覆的時機洗白的山大王，投靠周郎顯然是一個最好的選擇。
但也有一些頑匪，當年反抗清軍，現在又反抗周瑯，還有一些看到周瑯的成功，竟然也想趁勢而起，自立為王，攻略附近州縣，做起了逐鹿中原的豪杰夢。
新匪則主要是因為動亂造成的失去原本生計的群體組成，一部分是八旗綠營的潰兵，一部分是遭到 隊或者土匪洗劫後活不下去的平民。
這些新匪也跟老匪一樣，有願意投誠的，比如過慣了當兵吃糧生活後，並不太適應朝不保夕的土匪生活的綠營兵匪，比如本就是迫于無奈落草為寇的底層百姓，能轉變成官兵，他們求之不得；但也有頑固的，比如那些潰逃的八旗兵，這天下是旗人的天下，他們的認同感極高，很難接受向大清的逆賊效忠。
全面控制福建之後，軍事工作的重點就放在了剿滅頑匪上來，在福建這樣一個多山河湖澤地帶進行剿匪，比在鳳山縣要難的多，規模也大的多，誰也不知道匪患會持續多長時間。
王輔 才一直建議聯合地主豪強，周瑯猶豫了很久，王輔 建議聯合福建的地方團練，跟官兵（王輔 現在自我認知為官方）一起困死頑匪。
在鳳山縣剿匪的時候，周瑯都沒有聯合地主武裝，因為他擔心一旦通過剿匪讓地主武裝成熟起來，他們現在可以剿匪，將來就能剿周瑯，畢竟在正統文人眼中，周瑯也是一個匪。
但今時不同往日，周瑯已經佔領了一個省，正式拉開了更滿清全面對抗的序幕，他此時就需要跟滿清爭正統，爭國勢，就需要將自己在天下人心之中的“匪”轉換為“官”，既然周瑯需要給自己樹立一個“官”的形象，那麼就不能繼續跟傳統社會精英階層，鄉村社會的中堅力量，地主階層繼續站在對立面，或者繼續防備他們，而是應該努力爭取他們，跟他們進行合作。
另一方面，中國是一個宗法社會，任何組織都跟宗族脫不開關系，天地會這種組織都不例外，陳周全多次起義，核心力量還是陳氏宗族。周瑯敢肯定遍及福建全省的土匪，肯定也跟宗族勢力有千絲萬縷的糾葛。一個個土匪頭子，肯定跟當地的地主豪強有密切關系，如果周瑯不爭取地主的合作，這些土匪就會個地主合作。得到地頭蛇的支持，不管老匪、新匪，很容易就會成為頑匪，遺禍無窮。
如果能得到地主階層的支持，反倒有可能通過宗族關系，將土匪扭轉過來，為我所用。
這一加一減之間，可就是事半功倍的效率。
反正遲早都要聯合地主，現在又正是一個機會，周瑯思慮透徹之後，終于同意了王輔 的建議。
可進行的很不順，就跟鳳山縣的情況一樣，一開始地主階層對周瑯勢力保持的是敬而遠之的態度，王輔 親自走訪各地的名門望族，試圖說服他們站出來幫助官府剿滅匪患保境安民，但越是有名望有身份的地主豪強，就越是不願意出頭。
他們也不願意得罪王輔 ，你來，好酒好茶，你走，十里相送，但就是不願意出頭。（101novel.com）