阿思本艦隊還沒來中國，就引起了軒然大波，各大勢力集團為奪取該艦隊的控制權開始角逐，這是曾家第一次擁兵自重，和朝廷斗爭。曾紀澤早就提醒曾國藩，要特別注意這支艦隊，千萬不能讓此艦隊落到恭親王或滿清朝廷手里。
剛開始，對控制該艦隊，曾國藩也是大有興趣，翹企之至，他從一開始就上書朝廷，堅持三條對該艦隊的期望，其一輪船駛至安慶、漢口其二配用楚軍水師之勇丁其三，有關事宜由“臣與胡林翼商定”。
當時胡林翼還沒死，曾國藩的三點期望都是有很大目的性，第一條駛至漢口是假，但漢口在湘軍的實力範圍卻是真，他想借助艦隊駛至漢口，對恭親王和洋人來一個既成事實，把艦隊的控制權納為己有。後兩點中，也有含糊其詞，準備把該艦隊收歸己有，“稱霸”一方。
恭親王則反對艦隊上駛至安慶，他則要求該艦隊駐守在上海，用于襲擊南京之用。而曾國藩硬說“用之于江面”，“所部兵丁並非生長海上，勢不能于重洋用武，不敢不據陳奏。”
曾國藩從1861年1月起就強調“是皖、吳官軍之單薄，在陸而不在水，金陵發逆之橫行，亦在陸而不在水”，以後又不斷重復此論，想用這支艦隊武裝湘軍水師。但是恭親王對曾國藩本來就有所忌憚，堅決不同意湘軍水師接管這支艦隊。
曾紀澤率淮軍抵滬後，羽翼漸豐，只好親自爭取，上海相對優勢的條件是他頗為躊躇。從籌夠該艦隊起，上海到處處于近水樓台的地位。最重要的是曾紀澤掌握了上海這個財賦重鎮上海當時號稱“月收百萬”，僅海關稅收就佔全國海關稅收的一半以上，艦隊的軍餉大半要從上海出，他極力爭取阿思本艦隊留在上海。
而恭親王集團也想得到該艦隊。恭親王身為先帝咸豐的弟弟、當朝皇帝同治的叔叔，又是議政王之尊，主持軍機處、總理衙門、內務府、宗人府，為臣者無出其右者，清政府這時的外交、政治、軍事以至皇室事務都歸其秉持，可謂軍國樞紐在握，他想代表清政府名正言順地控制該艦隊。
而且慈禧太後頒發的上諭也與奕欣為此事的湊請完全一致。其實慈禧太後也是在利用恭親王這個人，才在很多事情上順著他。其中有很多原因，首先是在不久前的“麒祥政變”中，恭親王幫了嫂子慈禧太後的大忙，慈禧不得不在某些事情上感恩戴德。當時滿洲大員當眾有能力的人已經不多，能夠有恭親王這樣一個辦事得體的人也確實難得，所以在很多事上兩宮太後也不得不多想著小叔子。
但是曾國藩和曾紀澤堅決不同意朝廷指派的崇厚接管這支艦隊，崇厚本人也不懂海軍，朝廷這時還要給湘軍和淮軍面子，不好翻臉，為此，恭親王頗費心機，提出折衷方案，一是擬拆開艦隊，把艦隊一分為二北洋、南洋各半。他奏請兩宮太後艦隊運到後，酌分數只，駛趕天津，以備北洋防守之用。二是名與器不假人，裁奪之權不放，盡量不讓曾國藩和曾紀澤得益過多。三是借重洋員，頗有寧付客卿、不托家臣的味道。
曾紀澤從這次爭奪艦隊的控制權中，提醒曾國藩，朝廷對湘軍和淮軍還是有所忌憚。
恭親王給李國泰的信件中有行乎不清的“一手經理”字樣，同李國泰簽訂了輪船章程五條，沾沾自喜于該戰爭中規定的空洞的統帥權，對出讓最重要的實際指揮權不以為然。
恭親王告訴曾紀澤，經費上“自不能專令江海關一關支應”，行政上要李國泰、赫德“均著听候曾大人預為酌定”，“此船板就，駛赴上海听候撥用”。
曾紀澤覺得恭親王這種行為十分無知，阿思本艦隊尚未離開英倫三島。清政府欲構建現代化海軍，好不容易與洋鬼子“串通一氣”，可連他的汽笛聲還沒听到，長毛未滅，抑制湘軍和淮軍的司馬昭之心就昭然若揭，他讓曾國藩靜觀其變。
1863年夏天，這支“英中聯合海軍艦隊”由6艘驅逐艦、1艘炮艇、1艘供應船組成，分別“中國”號，“江甦”號，“北京”號，“廣東”號，“廈門”號，“天津”號，“遐荒”號，“巴拉萊特”號，它們從英國利物浦港啟碇，繞道好望角的漫長的歐亞航線，到達了上海。而當時清政府則命名其中的7艘為“一統”號，“金台”號，“廣方”號，“得勝”號，“三衛”號，“百粵”號，“鎮吳”號。
在這支艦隊到上海前幾個月，李泰國由倫敦回到北京，向總理衙門遞交了他以“中國政府全權代表”身份私自與阿思本簽訂的“合同”等文件，說他在英國訂造的8艘艦只共支出銀107萬兩招募英國海軍軍官兵600余人，議定以4年為期，並訂有合同共13條。李阿合同的主要內容有
一中國建立外海水師，阿思本允做總統四年。除阿思本外，中國不得另延外國人做總統。中國所有外國樣式船只，或內地雇外國人管理者，或中國調用官民所置各輪船，議定嗣後均歸阿思本一律管轄調度。
二阿思本只執行李泰國轉交的中國皇帝命令。若由別人轉諭，則未能遵行。如有阿思本不便照辦之事，則李泰國未便轉諭。
三所有此項水師各船員弁、兵丁、水手均由阿思本選用，仍須李泰國應允，方可準行。
四此項水師，俱是外國水師，應掛外國樣式旗號。
當總理衙門見到李阿合同時，恭親王和總理衙門諸公目瞪口呆“其意竟思借此一舉，將中國兵權、利權全行移于國外。”
按照這個合同，大清帝國花了100多萬兩銀子買來的艦隊，完全成了掛外國旗，听命于外國人外國艦隊。而且阿思本不僅是這支艦隊的司令，還成了中國海軍的總司令。總理衙門原來希望的是讓英國人幫助購買船炮，聘請外國官兵來組建一支新式海軍艦隊，但事權指揮權歸自己。
在接到這份合同後，恭親王大吃一驚“原來英國人想借此一舉將中國兵權、利權全奪走。”
消息傳出後，朝廷內外立刻一片嘩然。但因急于用艦隊鎮壓太平軍，恭親王命總理衙門仍做了極大的克制和讓步，與李泰國再三談判，經過反復討價還價，雙方另行議定了火輪師船章程五條，規定由中國人充任艦隊的“漢總統”，阿思本降為“幫同總統”，作戰時必須听從地方督撫大員的指揮調遣。同時，雙方還訂了攻打太平軍的分贓協定攻佔南京後，所得財物“以三分歸朝廷充分，以三分半歸阿思本賞外國兵弁，以三分半歸中國兵弁作賞如果阿思本率艦隊獨佔南京，則“七分阿思本充賞。”
這個章程一簽訂，立即被認為直接威脅到湘軍的切身利益。曾國藩和曾紀澤等湘、淮系實力派人物一致反對。經過多路清軍經過十年浴血奮戰，已經屯兵南京城下，大功告成之際。曾國藩、曾國荃、曾紀澤等，都對總理衙門與李泰國的協議大為不滿。
曾國藩致函總理衙門說“購船的人把所購的船看成是自己的東西，中國得到的不是船而是指揮船的洋人。”他還抱怨說，“輪船和湘軍水師的長龍、舢板相比，大小已很懸殊，速度也有天壤之別，如果都停泊一處，輪船好比華岳高聳，湘軍的船則象眾山之上，低列像似兒孫一般。”
曾紀澤請曾國荃上奏說“湘軍已包圍南京，兵船入江無用武之地，而且各船都由洋人指揮，未必肯受地方督撫節制。”
曾國藩再次上奏說“以中國之大，區區170萬白銀之船價，每年90萬白銀之用款，簡直可以視之秋毫，了不介意。或者干脆將這些船分別賞給各國，不要別人給錢，讓李泰國失去其依靠而殺殺他的驕氣。”
其實在湘淮系實力派人物中，曾紀澤是與阿思本艦隊打交道最多的人。在這艦隊到達上海前，曾紀澤就同李泰國發生了一場激烈的爭吵。
1863年5月，在阿思本艦隊到達前幾個月，李泰國從倫敦回到上海。第一件事，就是找曾紀澤要錢。
當李泰國來到江甦巡撫衙門時，曾紀澤外出視察他的兵工廠去了。李國泰只得再巡撫衙門里苦等了兩個時辰，在中國大大小小的衙門里，李泰國從來還沒受過如此冷遇，正當他要大發脾氣時，突然巡撫大人曾紀澤回來了。
爭吵的起因就是李國泰要購買艦隊的欠款，毫不讓步。
曾紀澤大怒說“本巡撫握有重兵10萬，自進駐上海以來，掃平周圍的長毛，攻佔無錫、寧波、揚州等地，從來沒有求過別人幫助。如果你一定要為買船的欠款要挾我，一旦激怒了我手下的將士，你這幾艘破船恐怕到不了天津就沉了。”
李國泰受辱，怒氣沖沖地走出了巡撫衙門。雖然李泰國跑到總理衙門去告狀，但是曾紀澤就是堅持不給一兩銀子，他花錢的地方多了去了。
曾紀澤雖然想控制艦隊，但又不打算自己掏一分錢，曾紀澤所想的，是朝廷出錢購買艦隊，自己對艦隊有控制權。
在沒有要到一兩銀子的情況下，氣急敗壞的李國泰竟然出爾反爾，向總理衙門又提出了他的十三條，並堅持以十三條未辦事準則，而他竟說自己與奕欣等議定的輪船章程五條和他毫不相干。
後來，阿思本向奕欣提出了最後通牒，揚言若不同意十三條各項規定他就拒絕從事任何活動，如果不在四十八小時內，收到他想得到的一種希望的答復，那麼他就將這支艦隊解散，阿思本希望以此來威脅清政府，令清政府作出讓步。而這一事件就是在該案中著名的“一字不可更易”照會。
事情到此，已經非常明朗，清政府連最後一點虛名都保不住了，最肯讓步的恭親王也是進退兩難。
曾紀澤覺得解散阿思本艦隊的時機成熟了，便請曾國藩上奏朝廷，說該艦隊“有害無利，已屬顯然，若或勉強從事，中外將恐不能相協，將來勝責彼此爭功，敗則互相推諉，設一旦激發聲辯，于大局關系匪輕”。
這意思有點像是說惹毛了湘軍，老子就不打南京了。
接著，曾國藩上奏朝廷，提出阿思本“意氣凌厲，視輪船奇貨可居，視漢總統如堂下廝役，倚門之賤客”，“水陸將士皆將引以為恥”，曾國荃亦提出“長江水師帆檣如林，無須輪船會剿金陵。”
曾紀澤還將此事透露給美國的紐約時報等報紙，說“阿思本艦隊”是推出了英國妄圖獨霸中國的殖民主義底牌。因此這個陰謀被曝光後國際輿論嘩然，美國、法國強烈反對，在華的大多數英國人都認為李泰國等過于狂妄。
恭親王主持的總理衙門只得退讓，幾經周折，終于決定“解散阿思本艦隊”。
當日，清朝政府變法了上諭答復了曾國藩等人的奏折。而恭親王也親自給曾國藩寫了一封信，謝其“惠書詳論輪船辦法，足征成竹在胸，藎謀宏遠”。
而曾國藩給恭親王的回信里也恭維他“尊處博采公議，委令撤退”。事件期間，左宗棠集團雖然與阿思本艦隊一案關系厲害不大，但也與湘軍抑制聯系此事，協調行動。
于是來也匆匆，去也匆匆，上述的斗爭結果就是“阿思本”艦隊壽終，最終在清政府“博采眾論”後，痛下決心，“將輪船撤退”，並在新一輪談判中采取強硬姿態，解散艦隊。此時，清政府已為這支艦隊支付了9個月的薪工銀，為了遣返艦隊，又支付了37萬多兩的遣散費，還額外送給阿思本1萬兩，送給李泰國14000兩。
最終，大清帝國極有氣度而不明不白地扔掉了67萬白銀之後，大清水師的全部家當還是只有800多艘木制風帆船，大清國海軍的進步停滯了二十年之久。
而在曾紀澤的幫助下，二十九歲的赫德在中、英政府間上下其手，藉此擠走一心要為中國海軍做“貢獻”的李泰國，自己如願以償成為第二任總稅務司。
艦隊解散後，按負責調停的美國公使蒲安臣安排，各船返回倫敦拍賣，曾紀澤讓李鴻章幫忙找一個人，協調買下阿思本艦隊。
李鴻章問道“找誰？”
曾紀澤說“容閎，第一個畢業于美國耶魯大學的華人留學生，現在上海做茶葉和絲綢生意。”。