戰斗中被燒毀了十多艘漕船，它們的殘骸沉入了河底，夜襲時劉良佐派出船只堵塞了南北的航道，也必須把沉船打撈出來，船隊才能繼續前行。
河面上浮尸數千，河底里到處都是掉落的刀槍武器以及各種物質。浮尸需要打撈上來掩埋，刀槍物質撈起還能使用。
整個戰斗中，受傷的士兵一千多，輕傷的需要包扎救治，重傷不能繼續行軍作戰的則派人送回淮安養傷。
最麻煩的是俘虜的處理，一萬五千余的俘虜，這個人數太過龐大。
第一步要做的就是淘汰老弱病殘，這些不能打仗的一律發放二兩銀子放其還鄉，無家可歸者可到淮安，有官府負責安置。
高杰軍中士兵都是從陝北一路逃亡過來，老弱病殘大都死在行軍途中，活下來的都是強壯年。不過劉良佐軍中就有些良莠不齊，為了擴充軍隊，攜裹了很多百姓從軍。最後，刷下去的老弱約有一千多，這些人都發放了一筆安家銀子讓其還鄉。
然後，陳越再次下令，所有不願繼續從軍的降軍也可以領取二兩銀子還鄉，當下里又走了一批，剩下的卻依然有一萬二千多。
因為對于大多數士兵來說，他們已經習慣了當兵吃餉從軍打仗，讓他們放下武器反倒不知道干什麼。而且對于很多人來說，他們之所以當兵基本上是活不下去，即使回到家鄉也無法謀生。特別是高杰的屬下，他們的家鄉遠在數千里外，根本是無家可歸。
當然，也有願意領銀子回鄉者，比如李本深和高進庫。
路振飛答應高杰不會株連，所以李本深和高進庫並沒有因為是高杰的親信而受到牽連。不過這兩人自知無法在平南軍混下去，便帶著高杰的妻子刑氏和幼子離開了。陳越也沒有為難他們，給了一筆銀子放行，當然只是他們本人離開，不允許他們帶走武器和軍隊。
對這些降軍的使用，陳越很是為難，最省事的辦法當然是還讓原來的軍官領兵，一切都如以前，這些降軍不需要怎麼訓練就可以拉上戰場。可那樣自己也就喪失了對軍隊的控制力，而這些軍隊說不定什麼時候還會再次背叛自己。就像投降李自成的明朝軍隊，當李自成敗了之後，又紛紛投降了滿清，就是因為李自成根本沒有對這些軍隊進行改編。
所以，必須對這些降軍進行整編，然後才能使用，當然這很麻煩，也需要時間。
明末的軍隊，從來都是兵為將有，士兵幾乎是將領的私產。為了打破這種模式，為了割裂降軍中軍官和以前的家丁親衛的聯系，陳越下令，所有總旗以上的軍官都跟從大軍攻打南京，當然，這些軍官不許帶任何親衛。
這批軍官人數有四百余人，陳越把他們和六百平南軍步兵編制成一個營，號稱教導營，由陳越自己親自擔任統領，調陳平為副將。
不管是降軍中的副將還是參將游擊，入了教導營都從小兵做起，學習平南軍的軍制以及軍規戒律。
陳越告訴他們，平南軍和其他明軍不同，想要在平南軍任職，就必須先適應平南軍的各種條例。陳越許諾他們，等他們適應了平南軍之後，依然會在新整編的軍隊中任職，至于官的大小要看他們的能力，以及是否立下戰功，當然他們從前的官職也會被參考。
當然，不肯從小兵做起也行，也可以離開軍隊，拿著銀子走人。對懷有野心很難駕馭的人，陳越不願遷就他們。
出乎陳越意料的是，大多數軍官都選擇留了下來，哪怕現在只是當個小兵。這讓陳越很是不解。
其實也沒什麼不能理解的，因為對這些軍官來說，拿錢離開後他們將會一無所有，失去了軍隊想活下去都難。而留在軍中，好歹還有重新當官希望，而且這希望非常之大，因為整編過後的降軍肯定需要大量的軍官，而以陳越被崇禎信任的程度和崛起的勢頭，以後的軍隊肯定會越來越多，跟著陳越，他們的前途還是很光明。
不過再想像以前那樣把軍隊看作自己的私產，侵吞軍餉欺壓士卒的事情就不能再想。
離開則一無所有，留下來還有希望，這選擇不難做。
把降軍中所有軍官掌控在手里，接下來就可以放心大膽的整編降軍了。陳越下令，從降軍中挑出兩千面相老實者編入軍隊，補充各部損失。把步兵又恢復了左右兩營，分別由李奕金鑫任指揮，其中李奕營基本是原來的西山軍老營，共一千五百人，以保證戰斗力。金鑫營則有五百老兵一千降兵。
剩下的一千降兵一半補充入呂泰的水營，在運河里的戰斗中，他的水營損失很大，兩千士兵損失將近一半。另一半降兵則補入了金聲桓的團練營，現在團練營的規模達到了一千五百余人。
剩下的降兵還有一萬，命令楊正平為新編軍總兵，帶領五百平南軍老兵負責對這些降兵進行編制訓練。等訓練數月改造好後，會對這些降軍重新編制，那時也是平南軍急劇擴張之時。
楊正平帶著一萬降軍去了淮安，在那里進行整訓，這些未經整編的降軍，陳越不願也不敢帶他們直接上戰場，索性打發回淮安。崇禎下旨，命令淮安知府徐庸全力配合楊正平，一應軍餉糧草暫時由淮安府撥付。
淮安是重鎮大邑，又是鹽糧集散之地，其富庶不下揚州，養一萬軍隊應該沒有問題。為了整編的順利進行，陳越又私下里交給楊正平二十萬兩銀子，只這些銀子就夠軍隊半年所用。西山軍歷年的積攢，一路經海上陸運的辛苦，好不容易帶到南方的五十多萬兩銀子，現在終于派上了用場。
現在，軍中的兵力有兩營步兵三千人，一營騎兵一千二百，金聲桓的團練營和呂泰的水營各一千五，再加上由副將王燮帶領的淮揚巡撫的標營一千五百余人，以及陳平帶領的教導營，總兵力九千多人不到一萬，這就是用來攻打黃得功，奪取南京的全部兵力。
盡管兵力遠少于敵人，可是一場勝利之後，全軍士氣高漲，根本沒有把前面的敵人放在眼中。