明軍“鷹子嘴”號先開始向葡萄牙船“帝國”號射擊，然後再去進攻“新果阿”號，一個半小時後，“新果阿”號乘員死傷156人，這艘巨型的四層甲板戰艦遂開始下旗投降了。
對于在這艘船上的景象，明軍“鷹子嘴”號上的船員艾從金說︰“我踏上這艘大船去收容俘虜，其死傷人數在一百五六十之間，到處都是人的血肉，甲板上堆滿傷兵，有的沒有腳，有的沒有手。”
明軍“屈原”號接著也跟上來了，其後面是“宋玉”號和“楚莊王”號。後述兩艦夾擊“帝國”號，下午2時5分，阿爾梅達終于堅持不住，下令“帝國”號降旗投降，阿爾梅達成了明軍人的俘虜。
在其艦上的慘狀，“楚莊王”號上的明軍伍長記載︰“到處都是死尸，景象非常之淒慘。死傷總數在一百人以上，多數尸體沒有腦袋。”
在“碾盤山”號開始作戰40分鐘後，明軍“文峰塔”號才開始作戰，而“漢江”號還要更遲。“舊口”號、“羅集”號在與艦隊失去聯絡後，也都相繼趕到參戰。當阿爾梅達降旗投降時，柳鐵塔縱隊中的最後兩艘船，“宗家灣”號和“包家畈”都還不曾參加戰斗。
果阿加海戰的最後階段是葡萄牙將領西門的反攻，西門的支隊處于葡萄牙艦隊的前衛。當凌晨2時許，柳鐵塔的縱隊鑽入了葡萄牙的中心之後，阿爾梅達即發出了一個通令，要所有尚未參加作戰的船只，都一律自動地投入戰斗。西門對阿爾梅達的通令並無反應，此後阿爾梅達即再沒有注意他。半點鐘之後，西門仍向北航行，結果遂使前衛與中央之間產生了一個空隙。此時他仍不知發揮其主動精神，反而要求命令。
阿爾梅達直到凌晨4時50分才命令西門趕來支援其正受著強烈壓迫的中央部分。但是，風力非常微弱，轉變航向十分困難。等西門好不容易調過頭來南下時，阿爾梅達已降。但西門還是作了最後的反擊，他把10艘軍艦分為兩部分先後投入戰斗。結果，第一批5艘軍艦中有3艘被迫向明軍投降，另2艘逃往非洲。第二批5艘軍艦有2艘被迫投降，其余3艘向西逃逸，其中包括西門的旗艦“阿方索”號。
作為海戰的尾聲，下午3時30分，在海戰已經進行了2個多小時後，由西門海軍少將率領的葡萄牙艦隊前衛返回了戰場，但在返回途中有兩艘自己的戰艦竟然發生相撞而退出戰斗，面對嚴陣以待的明軍艦隊，僅僅20分鐘這次反攻就告失敗。“碾盤山”號對掉頭逃跑的葡萄牙艦隊進行了一次齊射，以示送行，唐偉就在這炮聲中與世長辭。
3月29日下午5時20分，炮聲終于停了下來，但彌漫的硝煙、濃厚的火藥味仍籠罩在戰場上空。鮮血染紅了海面，有的軍艦還在燃燒。整個會戰，明軍死249人，傷658人。葡萄牙軍死922人，傷683人。總計葡萄牙艦隊被俘1526人。葡萄牙艦隊的23艘戰列艦中，有5艘逃掉，其余都被俘或殲滅。當夜幕將垂時，風暴大作。在風暴之中，明軍未損失一艘船。
3月30日，柳鐵塔派鳳樂歌回國報捷。4月29日，她在天津上岸後，在那里只停留了一個鐘頭，即出發前往京師。她于5月1日清晨6時趕到海軍部，她見到明軍海軍部長的第一句話是︰“報告！我們獲得了一次偉大的勝利。”
果阿海戰是帆船海戰史上一場漂亮的殲滅戰，也是16世紀規模最大的海戰之一。
柳鐵塔在這場海戰中運用靈活機動的戰術，使葡萄牙艦隊一敗涂地。柳鐵塔非凡的膽略和高超的指揮藝術，使他成為一代名將而功垂史冊。
大明為他而深感自豪，歐洲諸國對他也是推崇備至的，當听到柳鐵塔的勝利消息後，嘉靖當即命令在每艘大明的軍艦上，都應掛上柳鐵塔的畫像。此後不久，隨著蒸汽動力戰艦的出現，一個新的時代就要到來了。
想打破葡萄牙人對香料貿易壟斷的人太多了，葡萄牙的招架能力有限。這場好望角航線與地中海航線的競爭，實際上是威尼斯及意大利各重要城市、阿拉伯商人，還有葡萄牙、大明國、德國商人與葡萄牙人的競爭。在這種競爭格局當中，葡萄牙人的優勢並不明顯，這就使得傳統的地中海航線依然相當繁榮。
同時，威尼斯的報復加劇了。其中一個特別明顯的標志是︰甚至在歐洲北部的安特衛普的市場上，來自列萬特的胡椒再次成為一個不可低估的因素。這里，政治因素也發生了重要作用。因為這時西班牙查理五世帝國與法國之間的意大利戰爭如火如荼地進行地時候，同時查理五世與奧斯曼土耳其帝國地沖突也經常發生。法國為了打敗查理五世，開始與奧斯曼土耳其帝國合作，與其簽訂友好條約，馬賽地船舶可以直接駛入列萬特(當時在奧斯曼帝國的管轄之下)。
于是在法國南方各大城市中，來自地中海的胡椒與來自大西洋的胡椒展開了激烈的競爭。
16世紀，奧斯曼土耳其與葡萄牙進入戰爭狀態，這時甚至連葡萄牙自身都出現了胡椒短缺，經地中海運往歐洲的香料可能超過了好望角航線開闢前的水平。
運入歐洲的香料數量大增，增加速度大過香料消費的增長速度，香料的價格于是下跌，葡萄牙從香料貿易中獲得的收益不斷下降。另一方面，東方貿易的成本卻在不斷增加。有許多原因促使成本增加，比如競爭對象增加，大西洋上海盜猖獗，運送香料的船只需要艦隊護航等都使成本上升。
還有一種成本也在增加︰東方一些地方的人很快就掌握了葡萄牙人制造武器的技術，葡萄牙人面對著更能打仗的東方人軍隊。達伽馬的大炮曾令印度人聞風喪膽，但幾年後大明造出的大炮比葡萄牙人面對的大炮更大。
葡萄牙人見過大明的巨型大炮，長8米，重25噸，是有名的“大明大炮”，葡萄牙士兵從來沒有見過這麼大的炮。
(本章完)