新官府在江戶城成立，很快初步的官僚名單便由傳令兵通告各地城堡、山城、村落，讓各個地方仍然保存實力的大名們以及上次幕府改革中任免的官員解散當地的兵力，並前來江戶城接受新官府的任命。
新官府的名單除了九州軍、西國大名、華夏會、紅巾武士，還預留了一定的空缺來拉攏東國的大名，吸引他們放棄抵抗，融入官僚體制之中。
與此同時宣布出去的還有“秩祿處分”和“廢刀令”兩條徹底引發整個東瀛大地震的法令。這兩條法令的宣布，將徹底宣告武士時代的逝去！
“秩祿處分”，即廢除所有武士的身份，藩主、官府不再向武士發放薪俸！武士不再享有當兵的特權，所有的平民都可以參軍，享受由官府發放的俸祿。
就連東瀛身份最高的天皇還有奈良、平安時代遺留下來的朝廷貴族也一同被廢除。本來武士集團的地位都要在天皇、貴族之上，德川幕府可以奪取實際控制權，但是名義上還是要擔任朝廷的文官。
然而九州軍是以宗主國朝廷的身份廢除天皇、貴族，這樣一來東瀛的平民就很難比較其合法性了。天皇是人間的神，而貴族的血統在當地十分高貴，廢除天皇和貴族的卻是來自大陸的最高統治者，涉及到有沒有資格廢除的問題。他們東瀛的神，與華夏的統治者，到底誰的血統更加高貴？
即使是在平民中都產生了巨大的爭議。廢除已經喪失實權但是血統高貴的天皇，比起廢除掌握擁有實權的武士集團在民間引發的爭議更大。
在天皇被廢除的十年內，新官府仍然會給天皇發放救濟金，以幫助皇室適應平民的生活。
廢刀令，禁止一般人和昔日的武士帶刀！武士刀、長矛、火繩槍等一系列兵器等成為管制品，新官府將收繳所有的兵器防止社會動亂，並且由治安部隊來保護所有人的安全。
如果說廢除天皇和貴族在平民之中引起了軒然大波，那麼最慘的要屬于武士階級了。
不但武士的身份被廢除，沒有了當兵領俸祿的特權，而且連武士刀也不給帶了，所有可以反抗新官府的兵器都要被收繳。一旦“秩祿處分”和“廢刀令”兩條法令得以實施，他們將徹底淪為平民，連反抗的能力都沒有。
東瀛出羽國山形藩，許多武士聚集在昔日的藩主保科正之宅院外圍，抗議江戶官府發出來的新法令。
“西國大名擁護的官府廢止武士身份也就罷了，連武士刀都要全部沒收，豈不是要我們再也無法反抗官府？新官府之所作所為，簡直就是對我們的侮辱與壓迫。天下本是我們武家的天下，為何要自廢手足，給平民讓利？”家臣們來到保科正之家中，代表山形藩的武士表達他們的不滿。
年輕的保科正之遇到東瀛翻天覆地的變化，顯得有些不知所措。
保科正之是第二代幕府將軍四子，也是現任幕府將軍德川家光之弟，他被封藩到出羽國，其中的使命就是為了幫助幕府監視東北部的大名們。結果現在他的哥哥被抓到了華夏京城，他本人也要面臨順從還是反抗的抉擇。
“出羽國、陸奧國的大名們是什麼樣的態度？”保科正之問道。
“陸奧國的仙台藩是百萬石的大藩，按理應當由伊達家起兵反抗新官府，但是仙台藩的兩代藩主伊達政宗、伊達忠宗都被九州軍擒獲，仙台藩的家臣們均不知所措，多半是要選擇歸順。”
“其余出羽國、陸奧國的大名多數在觀望，如果家督閣下能夠站出來，所有遭到迫害的武士都會一呼百應，凝聚成一股強大的力量反抗新官府的統治。我們的大軍從沿著東部向江戶城進軍，一舉奪回江戶城，重振武家的風采。”
知道此時東北地區詳情的家臣們義憤填膺地向保科正之陳述利害，無不慫恿保科正之起兵反抗新官府。
保科正之是德川家康之孫，在德川家光被抓住以後，他起兵的話還能夠聚攏一批忠于德川家的家臣和對“秩祿處分”和“廢刀令”不滿的武士團體。
“可是連我的兄長都在大阪之陣戰敗，我又如何與他們進行作戰？”保科正之苦惱道。
“原本天下之爭是西國與東國大名之爭，並沒有秩祿處分和廢刀令。如今新官府奪取我們的武士的權力，天下間所受其苦的武士成千上萬，我們陸奧國和出羽國的武士就有數萬人，足以組建一支強大的軍隊南下攻取江戶城！請家督閣下立即下令反抗新官府，讓天下武士匯聚出羽國，一同參與南伐！”眾多武士家臣們紛紛請命。
“新官府可是擁有大量火槍和火炮的新式軍隊，怕是出羽國和陸奧國還有各地匯聚而來的武士軍隊都無法擊敗他們……”保科正之還在猶豫。
就在保科正之猶豫之間，他的庭院外面不斷抗議的武士們突然沖進了庭院之中，不約而同地拔出武士刀。
“新官府要收繳我們的武士身份和武士刀，吾等寧願戰死也不願苟且偷生！”
“刀在人在，刀亡人亡！”
狂熱的武士們大聲叫道，喊聲此起彼伏。
保科正之被眾多武士挾持，眼見此景怕是不起兵反抗新官府的話，狂熱的武士們會將這里夷為平地，只好說道︰“我願意率領各位起兵討伐新官府，重新恢復我們武家之地位。”
“攻下江戶城，重新恢復武士制度！”
在新官府宣布“秩祿處分”和“廢刀令”過後僅僅五日的時間，出羽國山形藩就在中下層武士和家臣的脅迫下高舉反叛的大旗。
很快出羽國米澤藩的上衫家、陸奧國會津藩的加藤家陸續響應山形藩的號召，不少仍然認可德川幕府的大名、武士向出羽國進軍，準備形成反抗新官府的聯盟，聚集在出羽國的武士人數達到了數萬人之多！