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黑流派忍術的修煉，主要分為身體和精神兩部分。
身體部分的修煉，除了基本的耐力訓練、靈活訓練、平衡訓練、力量訓練、體質訓練這五種修煉方式，以及配合念力使用的忍術的體術修行外，還有更為特殊的特殊技巧訓練，包括潛水，搏斗，暗器，劍道，化裝術，藥物術，施毒術，解毒術，隱匿術等等。
其中化妝術和隱匿術是忍者的特長，也是每一個忍者都必須掌握的兩門技術。
化裝術能制造人皮假臉，改換外貌性別，甚至高矮胖瘦美丑等的變幻也都不在話下，可以說一名足夠優秀的忍者，就是一個變幻莫測的易容大師，當得上“千面人”的稱號，像是霹靂劇中的服部中將，已經超越了忍術意義上的“化裝術”的層次，達到了“變假為真”的驚人造詣。
而隱匿術則是能最大限度的令忍者與四周環境有機融合，哪怕不動用高深的念法和武道修為，也往往能極為巧妙的躲開敵人的追蹤，避免被人察覺，一般的武者即便從他們身邊路過，往往也壓根就發現不了他們的存在。
至于精神上的修煉，那就是明顯出自佛門東密的修行方法。
原本的忍者是為軍事行動服務而誕生的軍種，類似于後世強化版的偵查特種兵，他們所執行的大多是一去不回的高風險任務，可以說每一次戰斗都是生死攸關的惡斗，既然是以性命相博的死斗，培養出來的忍者以及忍者本身當然希望能發揮自己全部的實力和潛力為生存而戰，這時就需要一種能夠激勵自己的精神依托和讓身體充分展現機能的催化劑，而東密的教義和修行方法正好滿足了這種需求，因此東密的修行法門受到了所有忍者的推崇和修習，並在之後完整融入忍道當中，發展出各種流派的忍術。
密宗認為人的身體有許多奧秘和潛能，只要通過密宗法門的不懈努力就能使修行者發揮全部潛力，讓身體與宇宙溝通達到天人和一的境界。另外，東密對于人體念力的開發，向來有著自己獨特的傳承，在密教界一直以顯著快捷著稱，忍者通過東密秘法的修習，錘煉自己的意志，精神變得無比純粹和堅韌，體內的潛能將得到最大限度的開發，可以完全除去心靈的迷惑和恐懼，全神貫注的投入戰斗。
因此，無論是哪種流派的忍術，都尤其強調精神上的修煉，並將其整個的訓練體系，建立在超乎想象的精神修煉核心之上，如此訓練出來的忍者，才能擁有在獨自一人在敵人的巢穴中完成任務，要克服對死亡、孤獨、黑暗乃至于饑餓、寒冷、傷病等諸多困難的精神依仗和身體催化劑，從而迸發出強大的精神和身體力量，換而言之，忍術之所以無堅不摧，變幻莫測的真正原因就在這精神訓練之上。
黑流派忍術作為東瀛忍術流派中唯一能和忍者發源地的伊賀派相抗衡的大型忍宗流派，其精神訓練的方法自然是深得東密修行法門的精髓，且還融入了東瀛本土的文化與武道精髓，更顯得精密奧妙，而其最核心的修行法門，正是密宗界大名鼎鼎的“三密加持”與“九會曼荼羅真言”。
“三密加持”是密宗修行的一個重要組成部分，包括身密（手結印契）、語密（口誦真言）以及意密（心觀尊佛）。
身密的主要修行就是“結手印”與“跏跌坐”。
密宗理論認為雙手十指對外與法界佛性相通，對內與五髒六腑相通，所以修習密法時，結成“手印”，便可與法界中已經成就的諸佛菩薩的身密互相感召，產生加持的效力，增加自身速成效果，甚至最終自身也如同獲得了佛的神通。簡單的說，“結手印”的修行就是通過兩手十指相互交叉結成不同的形狀，並配合想象意念形成的修法。
而“跏跌坐”指的是修行精神念法時的坐勢，東密的坐勢與手印一樣種類繁多並且各具意義，不過被黑流派忍術繼承並發揚光大的坐勢就只有“吉祥坐”與“降魔坐”兩種，黑流派的弟子日常精神集中時就采用其中一種。
語密又稱真言，是通過修習者口誦一串咒文使其心中產生造化物並促使他們異變，利用這種特殊的音符震動身體中的氣脈，將心集中于一點上形成超乎尋常的潛能並啟發神通與高度的智慧。黑流派忍術繼承到的“九會曼陀羅真言”就是密宗數量種類繁多的真言中的一種，也就是最廣為人知“臨、兵、斗、者、皆、陣、列、在、前”的九字真言。
至于意密，這是三密加持中最重要的一個環節，在整個黑流派忍術修持過程中，身密和語密都要依靠意密才能發揮作用。意密通過“觀想”引發意識潛能而達到超然物外的境界。在這一神秘的境界下，結手印與誦真言的過程能令個人的精神更加的集中和凝練，從而忘卻了自身的諸多感官，感應到冥冥之中的偉大存在，與靈台之中悄然修成獨特的念力。
通過這種身體與精神的極端修煉，忍者能在相對而言很短的時間內修得不俗的念力和真氣，組合出效果奇詭的忍術，配合上相應的武學功底，直接的傷害力或許無法和同等層次修煉頂尖武學功法的高手相比，但是如果若論生存能力以及其他的綜合素質，忍者絕對勝出，甚至戰術使用的恰到好處的話，還更容易取得越級戰敗強大敵人的成就。
而這黑流派忍術的精神修煉法也是別具一格是要以三密加持的修行法修煉九會曼陀羅真言，在靈台中修出念力即是修煉入門，以念力結合真氣成功催動忍術就算是下忍，能開始在靈台中修出九會曼陀羅真言的佛印，熟練催動忍術並將其融入戰斗之中算是中忍，凝練出全部的九會曼陀羅真言佛印，又能將本流派的忍術全部掌握並操縱自如，那就是上忍，再往上的話，就是九種佛印合一的宗師級忍者，可以能夠開宗立派，劇中的神鶴佐木和服部中將都是這種級別的宗師級忍者。
“怪不得前世印象中的忍者使用忍術都要結手印，有的還要念動真言，原來其出身就是佛教的東密。”
素凌軒睜開眼楮，暗道這也算是解開了前世的一個疑惑。
那劇中的神鶴佐木看破世事出家為僧，而非是加入與忍術較為相近的道門，根本原因估計還是在其東密修行法的根基上。
腦海中默默地將黑流派忍術精神修煉的步驟與內容全部記住，尤其是結手印時的九張密宗佛門手印圖畫與觀想之法，更是一連看了好幾遍，把每一處的細節都反復牢記，直到再三確認無誤後，才決定開始正式修行。
輕輕閉上雙眼，集中精神，素凌軒在床上躺下，然後意識進入系統之中，徑直來到了系統供給他這個宿主修煉使用的練功室里。
畢竟是精神上的修煉，稍有不慎就容易引起靈魂意識上難以磨滅的創傷，就算對自己和系統都有信心，素凌軒也是不敢有半點的大意，反正意識體在系統中的修煉也能反饋到現實中的身體上，當然是在系統中修煉更加安全可靠，畢竟在這里就算把自己玩死了也影響不了現實中的自身。
從練功的安全性和效率兩方面來講，系統單憑這一功能就已經奠定其無可比擬的重要性和優越性了！